Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (7)

1. Damijan Knez: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje potencialnih učinkovin za zdravljenje Alzheimerjeve bolezni z multiplim mehanizmom delovanja
2. Samo Lešnik: Razvoj računalniške baze bioizosternih zamenjav in programa za virtualno rešetanje na osnovi liganda
3. Kaja Rožman: Strukturno-podprto načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih zaviralcev biosinteze peptidoglikana
4. Urban Košak: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih zaviralcev holin-esteraz
5. Boris Brus: Strukturno-podprto načrtovanje in vrednotenje spojin s potencialnim imunomodulatornim in nevroprotektivnim delovanjem
6. Matej Sova: Načrtovanje in sinteza hidroksietilaminskih inhibitorjev biosinteze peptidoglikana
7. Andreja Kovač: Odkrivanje novih inhibitorjev bakterijskih ligaz z virtualnim rešetanjem in sintezo substratnih analogov

Magistrska dela (27)

1. Diana Simončić: Sinteza 4'-cikloheksilsubstituiranih zaviralcev imunopreoteasoma s psoralenskim skeletom
2. Julija Lipušček: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih piperidinov kot potencialnih zaviralcev butirilholin-esteraze in monoamin-oksidaze B
3. Eva Koren: Biokemijsko vrednotenje novih antagonistov receptorja TLR4
4. Aljoša Jelenko: Razvoj metode za detekcijo aktivnosti in zaviranja butiril-esteraze na možganskih rezinah
5. Mateja Ferfolja: Sinteza potencialnih zaviralcev encim InhA s tetrahidropiranskim skeletom
6. Matej Janežič: In silico načrtovanje in ovrednotenje 1H-indazolnih zaviralcev človeške topoizomeraze [alfa]
7. Matevž Černigoj: Ločba enantiomerov in encimsko vrednotenje zaviralcev butirilholin-esteraze
8. Damijan Knez: Sinteza novih cianotiofenskih zaviralcev bakterijskega encima MurF
9. Samo Lešnik: Načrtovanje, razvoj in testiranje računalniškega programa za 2D in 3D virtualno rešetanje na osnovi liganda
10. Nina Heindler: Načrtovanje in sinteza novih potencialnih zaviralcev proteina KRAS
11. Pia Rančnik: Vrednotenje substituiranih psoralenov kot zaviralcev LMP7 podenote imunoprotesoma
12. Domen Kutoša: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih N-alkil naftalensulfonamidov kot potencialnih zaviralcev holinesteraz
13. Alja Janković: Načrtovanje in sinteza kovalentnih zaviralcev imunoproteasoma
14. Andreja Pirnat: Vrednotenje 1,3-substituiranih piperidinov kot potencialnih učinkovin z multiplim delovanjem na zdravljenje Alzheimerjeve bolezni
15. Eva Luznar: Vrednotenje derivatov nitroksolina kot potencialnih multiplih ligandov za zdravljenje Alzheimerjeve bolezni
16. Alja Selič: Sinteza 4'-heteroaril substituiranih derivatov psoralena kot zaviralcev imunoproteasoma
17. Maja Lukić: Sinteza in vrednotenje zaviralcev katepsina B z 2-substituiranim nitroksolinskim skeletom
18. Urša Jarc: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih naftalensulfonamidov kot potencialnih zaviralcev holineasteraz
19. Boštjan Lukan: Sinteza derivatov 4-((3,5-dimetilpirazolil)metil)benzojske kisline kot potencialnih zaviralcev InhA
20. Marko Pucko: Optimizacija načrtovanja konformacijskih knjižnic za uporabo v virtualnem rešetanju
21. Marko Ključevšek: Razvoj sintezne poti za pripravo 4-hidroksifenilglicinskih derivatov monobaktamov
22. Peter Grutschreiber: Sinteza in karakterizacija derivatov morfina kot intermediatov pri razvoju novih učinkovin za zdravljenje kronične bolezni
23. Matevž Černigoj: Ločba enantiomerov in encimsko vrednotenje zaviralcev butirilholin-esteraze
24. Aljoša Jelenko: Razvoj metode za detekcijo aktivnosti in zaviranja butiril-esteraze na možganskih rezinah
25. Julija Lipušček: Načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih piperidinov kot potencialnih zaviralcev butirilholin-esteraze in monoamin-oksidaze B
26. Diana Simončić: Sinteza 4'-cikloheksilsubstituiranih zaviralcev imunopreoteasoma s psoralenskim skeletom
27. Tamara Knific: Načrtovanje in sinteza zaviralcev imunoproteasoma psoralenskega strukturnega tipa

Diplomska dela (19)

1. Žiga Horvat: Iskanje ligandov Toll-u podobnega receptorja 7 s pomočjo virtualnega rešetanja
2. Uroš Hrovat: Odkrivanje novih zaviralcev ß-ketoacil-ACP reduktaze (FABG) iz Escherichie coli z virtualnim rešetanjem
3. Bernarda Grešak: Načrtovanje in sinteza benzensulfonamidov kot potencialnih zaviralcev bakterijskega encima MurF
4. Vesna Breščak: Sinteza in vrednotenje derivatov oksazola kot potencialnih inhibitorjev D-alanil-D-alanin ligaze
5. Martin Banovec: Sinteza analogov substrata Murein peptidne ligaze (Mpl)
6. Aleksander Rekič: Preučevanje citotoksičnosti analogov ksantohumola
7. Dejan Šmalc: Načrtovanje in sinteza reduciranih dipeptidov kot potencialnih inhibitorjev bakterijskih transpeptidaz
8. Polona Božnar: Uporaba suzukijeve reakcije za pripravo derivatov indola in kumarina kot potencialnih inhibitorjev 17ß-hidroksisteroid-dehidrogenaze tipa 1
9. Nejc Berčič: Sinteza kumarinskih derivatov kot potencialnih inhibitorjev encima 17ß-hidroksisteroid-dehidrogenaze tipa 1
10. Maša Sinreih: Novi derivati antranilne kisline kot inhibitorji aldo/keto-reduktaz z AKR1C1-AKRC1C3
11. Boris Brus: Odkrivanje novih inhibitorjev trihidroksinaftalen reduktaze in 17ß-hidroksisteroid dehidrogenaze tipa1 z virtualnim rešetanjem
12. Nuša Trošt: Načrtovanje in sinteza novih sulfonamidnih inhibitorjev bakterijskih transpeptidaz
13. Urban Košak: Sinteza 3-ketopalmitoil koencima A
14. Luka Marin: Načrtovanje in sinteza novih derivatov 8-hidroksi-5-nitrokinolina in 4-nitrofenola kot inhibitorjev katepsina B
15. Urban Brumen: Iskanje novih zaviralcev undekaprenil pirofosfatne sintaze z računalniškimi metodami
16. Anže Rupnik: Načrtovanje in sinteza derivatov azetidin-2-ona kot potencialnih zaviralcev penicilin vezočih proteinov iz rezistentnih sevov
17. Uroš Mesec: Iskanje novih potencialnih zaviralcev N-acetilglukozamin enolpiruvil tranferaze z rešetanjem knjižnice spojin Fakultete za farmacijo
18. Matjaž Sušec: Optimizacija postopka za določanje encimske aktivnosti in vrednotenje potencialnih zaviralcev metionin aminopeptidaze
19. Marjeta Česen: Derivati 2-fenilcimetne kisline kot inhibitorji človeških hidroksiteroid-dehidrogenaz AKR1C1 in AKR1C3

Druga dela (45)

1. Sandra Cetin, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Janko Kos, Anja Pišlar: Cell models for Alzheimer’s and Parkinson’s disease
2. Matic Proj, Krištof Bozovičar, Martina Hrast, Rok Frlan, Stanislav Gobec: DNA-encoded library screening on two validated enzymes of the peptidoglycan biosynthetic pathway
3. Oscar M. Bautista-Aguilera, José M. Alonso, Marco Catto, Isabel Iriepa, Damijan Knez, Stanislav Gobec, José Marco-Contelles: N-hydroxy-N-propargylamide derivatives of ferulic acid
4. Martina Gobec, Izidor Sosič, Boris Brus, Aleš Obreza, Stanislav Gobec, Irena Mlinarič-Raščan: Discovery of novel small-molecule compounds with selective cytotoxicity for Burkittʼs lymphoma cells using 3D ligand-based virtual screening
5. Katarina Grabrijan, Nika Strašek Benedik, Stanislav Gobec: Synthesis of 3-amino-4-substituted monocyclic ß-lactams—important structural motifs in medicinal chemistry
6. Ana Dolšak, Tomaž Bratkovič, Larisa Mlinarič, Eva Ogorevc, Urban Švajger, Stanislav Gobec, Matej Sova: Novel selective IDO1 inhibitors with isoxazolo[5,4-d]pyrimidin-4(5H)-one scaffold
7. Aljoša Bolje, Stanislav Gobec: Analytical techniques for structural characterization of proteins in solid pharmaceutical forms
8. Dawid Panek, Anna Więckowska, Anna Pasieka, Justyna Godyń, Jakub Jończyk, Marek Bajda, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Barbara Malawska: Design, synthesis, and biological evaluation of 2-(benzylamino-2-hydroxyalkyl)isoindoline-1,3-diones derivatives as potential disease-modifying multifunctional anti-Alzheimer agents
9. Bernarda Majc, Anamarija Habič, Metka Novak, Ana Rotter, Andrej Porčnik, Jernej Mlakar, Vera Župunski, Urša Pečar Fonović, Damijan Knez, Nace Zidar, Stanislav Gobec, Janko Kos, Tamara Lah Turnšek, Anja Pišlar, Barbara Breznik: Upregulation of cathepsin X in glioblastoma
10. Eva Shannon Schiffrer, Matic Proj, Martina Gobec, Luka Rejc, Andrej Šterman, Janez Mravljak, Stanislav Gobec, Izidor Sosič: Synthesis and biochemical evaluation of warhead-decorated psoralens as (immuno)proteasome inhibitors
11. Rok Frlan, Martina Hrast, Stanislav Gobec: Application of the N-dibenzyl protective group in the preparation of β-lactam pseudopeptides
12. Kaja Rožman, Evan M. Alexander, Eva Ogorevc, Krištof Bozovičar, Izidor Sosič, Courtney C. Aldrich, Stanislav Gobec: Psoralen derivatives as inhibitors of mycobacterium tuberculosis proteasome
13. Marko Jukič, Kaja Rožman, Matej Sova, Hélène Barreteau, Stanislav Gobec: Anthranilic acid inhibitors of undecaprenyl pyrophosphate synthase (UppS), an essential enzyme for bacterial cell wall biosynthesis
14. Alen Krajnc, Stanislav Gobec: Conjugates of monocyclic β-lactams and siderophore mimetics
15. Matic Proj, Steven De Jonghe, Tom Van Loy, Marko Jukič, Anže Meden, Luka Ciber, Črtomir Podlipnik, Uroš Grošelj, Janez Konc, Dominique Schols, Stanislav Gobec: A set of experimentally validated decoys for the human CC chemokine receptor 7 (CCR7) obtained by virtual screening
16. Matic Proj, Damijan Knez, Izidor Sosič, Stanislav Gobec: Redox active or thiol reactive?
17. Ana Mitrović, Emanuela Senjor, Marko Jukič, Lara Bolčina, Mateja Prunk, Matic Proj, Milica Perišić, Stanislav Gobec, Janko Kos: New inhibitors of cathepsin V impair tumor cell proliferation and elastin degradation and increase immune cell cytotoxicity
18. Damijan Knez, Stanislav Gobec, Martina Hrast: Screening of big pharma’s library against various in-house biological targets
19. Dunja Urbančič, Anita Kotar, Alenka Šmid, Marko Jukič, Stanislav Gobec, Lars Martensson, Janez Plavec, Irena Mlinarič-Raščan: Methylation of selenocysteine catalysed by thiopurine S-methyltransferase
20. Stane Pajk, Damijan Knez, Urban Košak, Maja Zorović, Xavier Brazzolotto, Nicolas Coquelle, Florian Nachon, Jacques-Philippe Colletier, Marko Živin, Jure Stojan, Stanislav Gobec: Development of potent reversible selective inhibitors of butyrylcholinesterase as fluorescent probes
21. Levente Kollár, Martina Gobec, Matic Proj, Lara Smrdel, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Izidor Sosič, György Keserü M.: Fragment-sized and bidentate (immuno)proteasome inhibitors derived from cysteine and threonine targeting warheads
22. Maja Zakošek, Sonja Prpar Mihevc, Malan Štrbenc, Urban Košak, Ilija German Ilić, Jurij Trontelj, Simon Žakelj, Stanislav Gobec, Darja Pavlin, Gregor Majdič: Treatment of canine cognitive dysfunction with novel butyrylcholinesterase inhibitor
23. Michalina Hebda, Marek Bajda, Anna Więckowska, Natalia Szałaj, Anna Pasieka, Dawid Panek, Justyna Godyń, Tomasz Wichur, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Barbara Malawska: Synthesis, molecular modelling and biological evaluation of novel heterodimeric, multiple ligands targeting cholinesterases and amyloid beta
24. Youssef Dgachi, Oscar M. Bautista-Aguilera, Mohamed Benchekroun, Hélène Martin, Alexandre Bonet, Damijan Knez, Justyna Godyń, Barbara Malawska, Stanislav Gobec, Mourad Chioua, Jana Janockova, Ondrej Soukup, Fakher Chabchoub, José Marco-Contelles, Lhassane Ismaili: Synthesis and biological evaluation of benzochromenopyrimidinones as cholinesterase inhibitors and potent antioxidant, non-hepatotoxic agents for Alzheimer's disease
25. Andrea Scarpino, Dávid Bajusz, Matic Proj, Martina Gobec, Izidor Sosič, Stanislav Gobec, György G. Ferenczy, György Keserü M.: Discovery of immunoproteasome inhibitors using large-scale covalent virtual screening
26. Tjaša Mazej, Damijan Knez, Anže Meden, Stanislav Gobec, Matej Sova: 4-phenethyl-1-propargylpiperidine-derived dual inhibitors of butyrylcholinesterase and monoamine oxidase B
27. David J. Hamilton, Péter Ábrányi-Balogh, Aaron Keeley, László Petri, Martina Hrast, Tímea Imre, Maikel Wijtmans, Stanislav Gobec, Iwan J. P. de Esch, György Keserü M.: Bromo-cyclobutenaminones as new covalent UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase (MurA) inhibitors
28. Daniel Diez-Iriepa, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Isabel Iriepa, Cristóbal de los Ríos, Isaac Bravo, Francisco López-Muñoz, José Marco-Contelles, Dimitra Hadjipavlou-Litina: Polyfunctionalized α-phenyl-tert-butyl(benzyl)nitrones
29. Anže Meden, Damijan Knez, Xavier Brazzolotto, Florian Nachon, Jose Dias, Jurij Svete, Jure Stojan, Uroš Grošelj, Stanislav Gobec: From tryptophan-based amides to tertiary amines
30. Damijan Knez, Natalia Colettis, Luca G. Iacovino, Matej Sova, Anja Pišlar, Janez Konc, Samo Lešnik, Josefina Higgs, Fabiola Kamecki, Irene Mangialavori, Ana Dolšak, Simon Žakelj, Jurij Trontelj, Janko Kos, Claudia Binda, Nora Marder Mariel, Stanislav Gobec: Stereoselective activity of 1-propargyl-4-styrylpiperidine-like analogues that can discriminate between monoamine oxidase isoforms A and B
31. Katarina Grabrijan, Martina Hrast, Matic Proj, Ana Dolšak, Irena Zdovc, Tímea Imre, László Petri, Péter Ábrányi-Balogh, György Keserü M., Stanislav Gobec: Covalent inhibitors of bacterial peptidoglycan biosynthesis enzyme MurA with chloroacetamide warhead
32. Ana Mitrović, Janja Završnik, Georgy Mikhaylov, Damijan Knez, Urša Pečar Fonović, Petra Matjan-Štefin, Miha Butinar, Stanislav Gobec, Boris Turk, Janko Kos: Evaluation of novel cathepsin-X inhibitors in vitro and in vivo and their ability to improve cathepsin-B-directed antitumor therapy
33. Péter Ábrányi-Balogh, Aaron Keeley, György G. Ferenczy, László Petri, Tímea Imre, Katarina Grabrijan, Martina Hrast, Damijan Knez, Janez Ilaš, Stanislav Gobec, György Keserü M.: Next-generation heterocyclic electrophiles as small-molecule covalent MurA inhibitors
34. Matic Proj, Martina Hrast, Gregor Bajc, Rok Frlan, Anže Meden, Matej Butala, Stanislav Gobec: Discovery of a fragment hit compound targeting D-Ala:D-Ala ligase of bacterial peptidoglycan biosynthesis
35. Carolina Marcucci, Marina Rademacher, Fabiola Kamecki, Valentina Pastore, Hernán Gerónimo Bach, Rafael Alejandro Ricco, Marcelo Luis Wagner, Damijan Knez, Stanislav Gobec, Natalia Colettis, Mariel Marder: Biological evaluation of Valeriana extracts from Argentina with potent cholinesterase inhibition for the treatment of neurodegenerative disorders and their comorbidities—The case of Valeriana carnosa Sm. (Caprifoliaceae) studied in mice
36. Matic Proj, Martina Hrast, Damijan Knez, Krištof Bozovičar, Katarina Grabrijan, Anže Meden, Stanislav Gobec, Rok Frlan: Fragment-sized thiazoles in fragment-based drug discovery campaigns
37. Damijan Knez, Anže Meden, Anja Pišlar, Janko Kos, Simon Žakelj, Jure Stojan, Stanislav Gobec, José Marco-Contelles: 8-Hydroxyquinolylnitrones as multifunctional ligands for the therapy of neurodegenerative diseases
38. Martina Hrast, Irena Zdovc, Nina Kočevar Glavač, Stanislav Gobec, Rok Frlan: Mur ligase F as a new target for the flavonoids quercitrin, myricetin, and (–)-epicatechin
39. Marija Gršič, Anže Meden, Damijan Knez, Marko Jukič, Jurij Svete, Stanislav Gobec, Uroš Grošelj: Synthesis and cholinesterase inhibitory activity of selected indole-based compounds
40. Rok Frlan, Martina Hrast, Stanislav Gobec: Inhibition of MurA enzyme from Escherichia coli by flavonoids and their synthetic analogues
41. Matic Proj, Mitja Zidar, Blaž Lebar, Nika Strašek Benedik, Goran Miličić, Aleš Žula, Stanislav Gobec: Discovery of compounds with viscosity-reducing effects on biopharmaceutical formulations with monoclonal antibodies
42. Monika Prašnikar, Matic Proj, Maja Bjelošević Žiberna, Blaž Lebar, Benjamin Knez, Nika Kržišnik, Robert Roškar, Stanislav Gobec, Iztok Grabnar, Aleš Žula, Pegi Ahlin Grabnar: The search for novel proline analogs for viscosity reduction and stabilization of highly concentrated monoclonal antibody solutions
43. Katarina Grabrijan, Nika Strašek Benedik, Alen Krajnc, Krištof Bozovičar, Damijan Knez, Matic Proj, Irena Zdovc, Izidor Sosič, Martina Hrast, Stanislav Gobec: Synthesis and biochemical evaluation of new 3-amido-4-substituted monocyclic ß-lactams as inhibitors of penicillin-binding protein(s)
44. Damijan Knez, Fen Wang, Wen-Xiang Duan, Martina Hrast, Stanislav Gobec, Xiao-Yu Cheng, Xiao-Bo Wang, Cheng-Jie Mao, Chun-Feng Liu, Rok Frlan: Development of novel aza-stilbenes as a new class of selective MAO-B inhibitors for the treatment of Parkinson’s disease
45. Svit Ferjančič Benetik, Damijan Knez, Aleš Obreza, Urban Košak, Stanislav Gobec: Dual inhibition of butyrylcholinesterase and p38α mitogen-activated protein kinase