Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (2)

1. Davor Obradović: Citotoksin CDT iz Aggregatibacter actinomycetemcomitans s krajšo podenoto CDTB
2. Špela Bordon: Uravnavanje celične ravni egerolizina RahU in njegova vloga v bakteriji Pseudomonas aeruginosa

Magistrska dela (9)

1. Jernej Korošec: Pomen egerolizina RahU za tvorbo biofilma bakterije Pseudomonas aeruginosa
2. Daniel Šega: Testiranje aktivnosti rekombinantnega toksina parborlizina iz nitkarja Parborlasia corrugatus
3. Mihael Špacapan: Povezava med celično gostoto, koncentracijo signalnega peptida in odzivom na signal pri bakteriji Bacillus subtilis
4. Martina Štampar: Razvoj metode za določanje kompeticije med rojenjem bakterije Bacillus subtilis
5. Miha Škalič: Integracija bioloških podatkov v napovedni model za odkrivanje molekulskih interakcij pri parodontozi
6. Katja Pajnič: Lentivirusna infekcija celic CHO-K1 za proizvodnjo proteinov iz skupine B SRCR-SF
7. Katja Uršič Valentinuzzi: Vloga proteina Tum1 v lipidnem metabolizmu kvasovke
8. Anastasija Panevska: Interakcije rekombinantnega proteina Cry34Ab1 z umetnimi in biološkimi membranami
9. Tamara Polajžer: Študij delovanja promotorjev genov PR1b in TGA2 iz krompirja

Diplomska dela (12)

1. Ana Rems: Interakcija represorja LexA in rekombinaze RecA
2. Nejc Petrovič: Vloga prolina pri pigmentaciji bakterije Vibrio ruber DSM 14379
3. Kaja Antončič: Vpliv različic toksina Cdt bakterije Aggregatibacter actinomycetemcomitans na preživelost producentskih bakterij
4. Tanja Đapa: Identifikacija nepoznanih proteinov, ki uravnavajo odziv SOS bakterije Escherichia coli
5. Vanja Papež: Priprava rekombinantnih sevov Bacillus subtilis in analiza njihovega sobivanja ter izražanja surfaktinskega operona
6. Irena Šurla: Priprava plazmidnih konstruktov za preučitev promotorske aktivnosti genov bakterije Aggregatibacter actinomycetemcomitans
7. Blaž Tomc Zidar: Izolacija in lastnosti citolitičnega proteina parborlizina iz antarktičnega nitkarja Parborlasia corrugatus
8. Jernej Čebela: Urejanje podatkov o vplivih nanomaterialov na encime za statistično obdelavo in računalniško modeliranje
9. Marko Narobe: Poskus obogatitve proteinov plazemske membrane iz želodčnega tkiva ter računalniško iskanje možnih bioloških označevalcev raka želodca
10. Peter Ota: Preučevanje vlog meddomenskih regij v Toll-podobnem receptorju 4 s povečanjem njihove fleksibilnosti
11. Metod Prelec: Kemijsko genomska analiza odziva evkariontske celice na cinkov stres
12. Gregor Zorn: Biološko aktivne snovi v vodnih ekstraktih izbranih lesnih in travniških gob

Druga dela (20)

1. Matej Butala, Zdravko Podlesek, Darja Žgur-Bertok: The SOS response affects thermoregulation of colicin K synthesis
2. Matej Butala, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: The bacterial LexA transcriptional repressor
3. Matej Butala, Steve J. W. Busby, David J. Lee: DNA sampling: a method for probing protein binding at specific loci on bacterial chromosomes
4. Matej Butala, Daniel Klose, Vesna Hodnik, Ana Rems, Zdravko Podlesek, Johann P. Klare, Gregor Anderluh, Steve J. W. Busby, Heinz-Jürgen Steinhoff, Darja Žgur-Bertok: Interconversion between bound and free conformations of LexA orchestrates the bacterial SOS response
5. Matej Butala, Silva Sonjak, Simona Kamenšek, Milan Hodošček, Douglas F. Browning, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: Double locking of an Escherichia coli promoter by two repressors prevents premature colicin expression and cell lysis
6. Matej Butala, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: The LexA regulatory system
7. Matej Butala, Anastasija Panevska: Praktikum iz biokemije
8. Eva Kočar, Tea Lenarčič, Vesna Hodnik, Anastasija Panevska, Yunjie Huang, Gregor Bajc, Rok Kostanjšek, Anjaparavanda P. Naren, Peter Maček, Gregor Anderluh, Kristina Sepčić, Marjetka Podobnik, Matej Butala: Crystal structure of RahU, an aegerolysin protein from the human pathogen Pseudomonas aeruginosa, and its interaction with membrane ceramide phosphorylethanolamine
9. Martina Mravinec, Gregor Bajc, Matej Butala: Surface plasmon resonance approach to study drug interactions with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase highlights treatment potential of suramin
10. Marko Kozjek, Damjan Vengust, Tina Radošević, Gregor Žitko, Simon Koren, Nataša Toplak, Ivan Jerman, Matej Butala, Matejka Podlogar, Manca Kovač Viršek: Dissecting giant hailstones
11. Jan Otoničar, Maja Hostnik, Maja Grundner, Rok Kostanjšek, Tajda Gredar, Maja Garvas, Zoran Arsov, Zdravko Podlesek, Cene Gostinčar, Jernej Jakše, Steve J. W. Busby, Matej Butala: A method for targeting a specified segment of DNA to a bacterial microorganelle
12. Matej Butala, Gregor Anderluh, Vesna Hodnik, Nadine Fornelos, Jaana K. Bamford, Margarita Salas: Bacteriophage GIL01 gp7 interacts with host LexA repressor to enhance DNA binding and inhibit RecA-mediated auto-cleavage
13. Simona Kamenšek, Zdravko Podlesek, Matej Butala, Douglas F. Browning, Steve J. W. Busby, Darja Žgur-Bertok: Silencing of DNase colicin E8 gene expression by a complex nucleoprotein assembly ensures timely colicin induction
14. Matej Butala, Maja Rupnik, Beata Walter, Stephen Cartman, Nigel Peter Minton: The SOS response master regulator LexA is associated with sporulation, motility and biofilm formation in Clostridium difficile
15. Katja Molan, Zdravko Podlesek, Vesna Hodnik, Matej Butala, Eric Oswald, Darja Žgur-Bertok: The Escherichia coli colibactin resistance protein ClbS is a novel DNA binding protein that protects DNA from nucleolytic degradation
16. Miha Bahun, Marko Jukič, Domen Oblak, Luka Kranjc, Gregor Bajc, Matej Butala, Krištof Bozovičar, Tomaž Bratkovič, Črtomir Podlipnik, Nataša Poklar Ulrih: Inhibition of the SARS-CoV-2 3CL$^{pro}$ main protease by plant polyphenols
17. Matic Proj, Martina Hrast, Gregor Bajc, Rok Frlan, Anže Meden, Matej Butala, Stanislav Gobec: Discovery of a fragment hit compound targeting D-Ala:D-Ala ligase of bacterial peptidoglycan biosynthesis
18. Matej Butala, Anna Dragoš: Unique relationships between phages and endospore-forming hosts
19. Anja Pavlin, Anže Lovše, Gregor Bajc, Jan Otoničar, Amela Kujović, Živa Lengar, Ion Gutiérrez-Aguirre, Rok Kostanjšek, Janez Konc, Nadine Fornelos, Matej Butala: A small bacteriophage protein determines the hierarchy over co-residential jumbo phage in Bacillus thuringiensis serovar israelensis
20. Špela Tomaž, Gregor Bajc, Matej Butala, Ajda Taler-Verčič: A mini-TGA protein modulates gene expression through heterogeneous association with transcription factors