Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (2)

1. Matevž Rupar: Lokalizacija in sledenje krompirjevega virusa Y v rastlinah krompirja (Solanum tuberosum L.)
2. Simona Kamenšek: Vloga kolicinov bakterije Escherichia coli in izražanje genov za njihovo sintezo

Magistrska dela (16)

1. Maša Korošec: Vpliv mešanice izbranih protirakavih zdravil na cianobakterijo Synechococcus leopoliensis
2. Matevž Rumpret: Conjugal transfer of the plasmid pOX38 with the colicin E7 gene
3. Džejla Bajrektarević: Ugotavljanje genotoksičnega vpliva izbranih citostatikov na bakterije, človeške in ribje jetrne celice
4. Ana Kvas: Ugotavljanje prisotnosti genskih zapisov značilnih za zunajčrevesne patogene pri komenzalnih govejih sevih bakterije Escherichia coli
5. Nika Volmajer: Razširjenost podtipov otoka patogenosti usp pri uropatogenih sevih bakterije Escherichia coli
6. Urša Gubenšek: Virulentni potencial sevov Escherichia coli, izoliranih iz domačih kuncev in njihove krme
7. Mateja Jovanović: Genotipizacija bakterije Mycoplasma pneumoniae
8. Živa Hrastnik: Ugotavljanje občutljivosti urogenitalnih mikoplazem za antibiotike v Sloveniji
9. Maja Gorše: Molekularnobiološka analiza bakterij izoliranih iz pomivalnih strojev
10. Aleksandra Šakanović: Optimizacija izolacije proteina Usp (uropatogeni specifični protein) bakterije Escherichia coli in preverjanje njegove aktivnosti
11. Peter Horvat: Študij interakcije med bakterijama Campylobacter jejuni in Escherichia coli ter njunima bakteriofagoma
12. Miha Tome: Čezmerno izražanje homologa regulatornega gena ImbU pri aktinomiceti Saccharopolyspora erythraea
13. Eva Kocjan: Proliferacija limfocitov za diagnostiko kongenitalne toksoplazmoze
14. Petra Mlinar: Molekulska raznolikost izolatov fitoplazme, povzročiteljice metličavosti jablan
15. Dejan Pezdirec: Vrednotenje izbijanja genov v sesalskih celicah s tehnologijo nukleaze z motivi cinkovih prstov
16. Tamara Polajžer: Študij delovanja promotorjev genov PR1b in TGA2 iz krompirja

Diplomska dela (42)

1. Jana Nunić: Citotoksično in gentotoksično delovanje naravnih in mineralnih vod na celice HepG2
2. Julija Benko: Vpliv divjega tipa Vibrio sp. na konkurenčno sposobnost nepigmentiranih sevov Vibrio sp.
3. Simona Prus: Genetska raznolikost satelitske RNA molekule virusa pahljačavosti listov vinske trte (GFLV)
4. Irena Pohar: Priprava kvasovke Saccharomyces cerevisiae kot modelnega organizma za študij deregulirane glikolize, ki je značilna za humane rakaste celice
5. Daniela Petek: Tipizacija bakterij Campylobacter jejuni na osnovi multilokusnih zaporedij (MLST)
6. Manuela Čitar: Virulentni dejavniki izolatov bakterije Escherichia coli iz blata zdravih ljudi
7. Marko Krajnc: Vpliv okoljskih dejavnikov na produkcijo zunajceličnih signalnih molekul pri naravnem izolatu Vibrio sp.
8. Lenart Seničar: Ovrednotenje 5ʼ neprevedenih regij mRNA pri iniciaciji translacije bakterije Prevotella bryantii TC1-1
9. Ana Rems: Interakcija represorja LexA in rekombinaze RecA
10. Jure Dobovšek: Proučevanje različnih tehnik mutageneze pri glivi Aspergillus terreus
11. Gorazd Stojkovič: Vpliv hitrega periodičnega spreminjanja temperature na rast bakterije Escherichia coli
12. Sladjana Komac: Replikacijska regija RepFIIA, RepFIB in IncP plazmidov v izolatih bakterije Ecsherichia coli
13. Tanja Đapa: Identifikacija nepoznanih proteinov, ki uravnavajo odziv SOS bakterije Escherichia coli
14. Eva Bandelj: Pomen izražanja nekaterih mikroRNA v jetrih glede na genotip pri bolnikih okuženih z virusom hepatitisa C
15. Nina Skvarča: Izražanje genov odziva SOS v sevih bakterije Escherichia coli
16. Valerija Zidarič: Osamitev, karakterizacija in pogostnost bakterije Clostridium difficile pri živalih
17. Maja Borić: Razvoj nove metode za merjenje mikroviskoznosti v mikrobiologiji
18. Andreja Vesković: Genska raznolikost virusa razraščanja in pritlikavosti malin (RBDV)
19. Jerneja Mori: Priprava in izolacija himernih flagelinov za aktivacijo imunskega odziva
20. Rok Količ: Vpliv rastlinskih izvlečkov na oksidativni metabolizem kvasovke Saccharomyces cerevisiae
21. Nika Turk: Izražanje modificiranega gena pfkA glive Aspergillus niger v kvasovki Saccharomyces cerevisiae
22. Tjaša Drčar: Določanje signalnih molekul in vpliv slanosti na njihovo produkcijo pri bakteriji Vibrio sp.
23. Blaž Jesenko: Razlikovanje izolatov bakterije Escherichia coli iz blata zdravih ljudi z metodo ERIC-PCR
24. Matija Budič: Virulentni dejavniki sevov bakterije Escherichia coli izoliranih iz blata goveda
25. Anja Dular: Označevalni geni probiotičnega seva bakterije Bacillus subtilis KBL-001 - orodje za zagotavljanje kakovosti ter zaščito industrijske lastnine
26. Martina Vrhar: Vpliv temperature na izražanje gena comX bakterije Bacillus subtilis
27. Katarina Maher: Toksičnost ksantohumola za različne vrste normalnih in rakavih celic
28. Sandra Janežič: Molekularne metode za tipizacijo črevesnih patogenih bakterij Clostridium difficile
29. Simona Kamenšek: Izražanje od proteina LexA odvisnih genov bakterije Escherichia coli na ravni posameznih celic
30. Nina Kočevar Britovšek: Preiskava proteoma z dvodimenzionalno gelsko elektroforezo pri raku želodca: optimizacija postopka in preliminarni poskusi
31. Tanja Arbiter: Zapisi za sisteme privzema železa in otoke patogenosti v konjugativnih plazmidih izvenčrevesnih sevov Escherichia coli
32. Damjana Barbič: Virulentni dejavniki sevov bakterije Escherichia coli izoliranih iz blata prosto živečih medvedov in medvedov v ujetništvu
33. Živa Petkovšek: Izolacija in protimikrobna aktivnost kolicinov E1 in E4 bakterije Escherichia coli
34. Katarina Vrabec: Fizikalno-kemijski opis zunajceličnih polimernih substanc (EPS) pri bakteriji Bacillus subtilis
35. Jasmina Božič: Molekularna tipizacija proti penicilinu odpornih invazivnih izolatov bakterije Streptococcus pneumoniae, izoliranih v Sloveniji v letu 2004
36. Vid Šumak: Primerjava različnih pristopov za PCR-ribotipizacijo bakterije Clostridium difficile
37. Rok Keber: Rezistenca proti kinolonom, integroni in klebicini uropatogenih ESBL sevov bakterij iz rodu Klebsiella
38. Luka Ausec: Priprava in analiza knjižnice genov za 16S rRNA iz šotnih tal Ljubljanskega barja
39. Sara Trontelj: Fenotipske in genotipske lastnosti sevov vrste Escherichia coli izoliranih iz vzorcev živil
40. Jernej Pavšič: Genska raznolikost izolatov fitoplazem skupine AP v Sloveniji
41. Luka Predojević: Sistemi za privzem železa v izolatih bakterije Escherichia coli iz okužb kože in mehkih tkiv
42. Eva Hafner: Proteomska analiza sekretoma makrofagov stimuliranih s citokini IL-4, IL-10 in IL-13

Druga dela (21)

1. Jerneja Ambrožič, Darja Žgur-Bertok, Rok Kostanjšek, Gorazd Avguštin: Isolation and characterization of a novel violacein-like pigment producing psychrotrophic bacterial species Janthinobacterium svalbardensis sp. nov
2. Matej Butala, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: The bacterial LexA transcriptional repressor
3. Živa Petkovšek, Darja Žgur-Bertok, Marjanca Starčič Erjavec: Colicin insensitivity correlates with a higher prevalence of extraintestinal virulence factors among Escherichia coli isolates from skin and soft-tissue infections
4. Matej Butala, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: The LexA regulatory system
5. Katja Molan, Zdravko Podlesek, Vesna Hodnik, Matej Butala, Eric Oswald, Darja Žgur-Bertok: The Escherichia coli colibactin resistance protein ClbS is a novel DNA binding protein that protects DNA from nucleolytic degradation
6. Simona Kamenšek, Zdravko Podlesek, Matej Butala, Douglas F. Browning, Steve J. W. Busby, Darja Žgur-Bertok: Silencing of DNase colicin E8 gene expression by a complex nucleoprotein assembly ensures timely colicin induction
7. Marjanca Starčič Erjavec, Darja Žgur-Bertok: Teoretične osnove in navodila za vaje pri predmetu Molekulska biologija genov
8. Zdravko Podlesek, Darja Žgur-Bertok: The DNA damage inducible SOS response is a key player in the generation of bacterial persister cells and population wide tolerance
9. Matej Butala, Zdravko Podlesek, Darja Žgur-Bertok: The SOS response affects thermoregulation of colicin K synthesis
10. Marjanca Starčič Erjavec, Blaž Jesenko, Živa Petkovšek, Darja Žgur-Bertok: Prevalence and associations of tcpC, a gene encoding a Toll/Interleukin-1 receptor domain-containing protein, among Escherichia coli urinary tract infection, skin and soft tissue infection, and commensal isolates
11. Simona Kamenšek, Zdravko Podlesek, Osnat Gillor, Darja Žgur-Bertok: Genes regulated by the Escherichia coli SOS repressor LexA exhibit heterogenous expression
12. Matej Butala, Daniel Klose, Vesna Hodnik, Ana Rems, Zdravko Podlesek, Johann P. Klare, Gregor Anderluh, Steve J. W. Busby, Heinz-Jürgen Steinhoff, Darja Žgur-Bertok: Interconversion between bound and free conformations of LexA orchestrates the bacterial SOS response
13. Maruška Budič, Matija Rijavec, Živa Petkovšek, Darja Žgur-Bertok: Escherichia coli bacteriocins
14. Matej Butala, Silva Sonjak, Simona Kamenšek, Milan Hodošček, Douglas F. Browning, Darja Žgur-Bertok, Steve J. W. Busby: Double locking of an Escherichia coli promoter by two repressors prevents premature colicin expression and cell lysis
15. Simona Kamenšek, Darja Žgur-Bertok: Global transcriptional responses to the bacteriocin colicin M in Escherichia coli
16. Luka Fajs, Mateja Jelen, Maja Borić, Tanja Đapa, Darja Žgur-Bertok, Marjanca Starčič Erjavec: The discriminative power in determining genetic diversity of Escherichia coli isolates
17. Katja Molan, Darja Žgur-Bertok: Small prokaryotic DNA-binding proteins protect genome integrity throughout the life cycle
18. Luka Predojević, Darja Keše, Darja Žgur-Bertok, Taja Železnik Ramuta, Peter Veranič, Mateja Erdani-Kreft, Marjanca Starčič Erjavec: A biomimetic porcine urothelial model for assessing Escherichia coli pathogenicity
19. Marjanca Starčič Erjavec, Veronika Križan-Hergouth, Borut Gubina, Darja Žgur-Bertok: Prevalence of toxin encoding genes in Escherichia coli isolates from urinary tract infections in Slovenia
20. Marina V. Kuznetsova, Irina L. Maslennikova, Julia S. Pospelova, Darja Žgur-Bertok, Marjanca Starčič Erjavec: Differences in recipient ability of uropathogenic Escherichia coli strains in relation with their pathogenic potential
21. Marjanca Starčič Erjavec, Anja Palandačić, Darja Žgur-Bertok, Jerneja Ambrožič: Genetic background of uropathogenic Escherichia coli isolates from Slovenia in relation to fluoroquinolone and sulfamethoxazole/trimethoprim resistance