Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (3)

1. Katarina Groznik: Zgradba gozda na krajinski ravni z vidika ohranjanja biotske pestrosti na primeru žoln (Picidae) na Solčavskem
2. Tomaž Skrbinšek: Varstvena genetika rjavega medveda (Ursus arctos L.) v Sloveniji
3. Marjeta Konec: Genetska diferenciacija in speciacija podzemeljskih in površinskih populacij vodnega oslička Asellus aquaticus (Crustacea: Isopoda)

Magistrska dela (12)

1. Tina Šušmelj: Razširjenost in izbor habitata velikega skovika (Otus scops) na širšem območju Krasa
2. Janja Repina Potočki: Filogenija in filogeografija potočnih rakov rodu Austropotamobius (Crustacea: Decapoda) z razjasnitvijo položaja slovenskih populacij
3. Mateja Žvikart: Odziv populacije kosca (Crex crex) na uvajanje varstvenih ukrepov v Jovsih (jugovzhodna Slovenija)
4. Stiven Kocijančič: Vpliv medvrstnih odnosov na prostorsko razporejanje gozdnih ujed in sov
5. Mateja Pecl: Analiza prehrane volka na območju Dinaridov
6. Mateja Berce: Primerjava biotske pestrosti izbranih živalskih skupin na gnezditvenih teritorijih lesne sove in kozače
7. Špela Borko: Izvor podzemeljske favne v globokih breznih
8. Meta Mavec: Razvoj metode za ugotavljanje križancev med volkom in psom v dinarski populaciji volka
9. Zarja Muršič: Evolucija svetlobnega odziva pri jamskih populacijah vodnega oslička (Asellus aquaticus)
10. Marko Rajkovič: Analiza zimskega gibanja volka v Dinaridih
11. Janez Šemrov: Prostorsko razporejanje ptičjih plenilcev malih sesalcev na Ljubljanskem barju v negnezditvenem obdobju
12. Vid Švara: Integrative taxonomy of cryptic subterranean amphipods from the genus Niphargus

Diplomska dela (16)

1. Aljaž Majer: Verjetnost apomorfije kot filogenetski optimalni kriterij
2. Blaž Filipič: Predstavitev in analiza argumentov zagovornikov in nasprotnikov evolucijske teorije
3. Petra Zor: Starostna struktura in analiza nekaterih pokazateljev fizičnega stanja srnjadi (Capreolus capreolus)
4. Maja Dacar: Vedenjski odziv jamskih in površinskih vodnih osličkov (Asellus aquaticus) na vodni tok
5. Danilo Bevk: Upadanje populacije divjega petelina v Škofjeloškem, Cerkljanskem in Polhograjskem hribovju
6. Žiga Iztok Remec: Gnezditvena ekologija velikega škurha (Numenius arquata) na Ljubljanskem barju
7. Klement Stojanovski: Zmanjševanje konflikta taksonomskih znakov z uporabo a-priori filogenetske informacije
8. Maja Jelenčič: Genetska pestrost rjavega medveda (Ursus arctos) v Sloveniji
9. Mojca Plantan: Optimizacija mikrosatelitnih lokusov pri morskem klobuku (Rhizostoma pulmo)
10. Alenka Baruca Arbeiter: Genetska variabilnost divjih fig (Ficus carica L.) vzhodne jadranske regije
11. Matej Hočevar: Raba prostora in izbor zatočišč pri navadnem mračniku (Nyctalus noctula) v urbanem okolju
12. Tomi Leon: Razvoj postopka za dokazovanje plenilcev drobnice iz DNA
13. Lea Likozar: Ekologija porodniške skupine brkatega netopirja v cerkvi sv. Jošt nad Kranjem
14. Nataša Bavec: Številčnost in razširjenost izbranih indikatorskih vrst gnezdilk ob reki Muri v Sloveniji
15. Barbara Boljte: Razlikovanje genetskih profilov volkov (Canis lupus) in psov (Canis familiaris) s pomočjo kratkih tandemskih ponovitev DNA
16. Martina Martinčič: Združbe rib v porečjih Drave, Save in Soče ugotovljene na podlagi pisnih virov iz 19. in prve polovice 20. stoletja

Druga dela (40)

1. Peter Trontelj, Cristophe J. Douady, Cene Fišer, Janine Gibert, Špela Gorički, Tristan Lefébure, Boris Sket, Valerija Zakšek: A molecular test for cryptic diversity in ground water: how large are the ranges of macro-stygobionts?
2. Nada Labus: Zvestoba gnezditvenemu območju pri repaljščici (Saxicola rubetra) na Ljubljanskem barju
3. Žiga Iztok Remec: Gnezditvena ekologija velikega škurha (Numenius arquata) na Ljubljanskem barju
4. Matej Hočevar: Raba prostora in izbor zatočišč pri navadnem mračniku (Nyctalus noctula) v urbanem okolju
5. Meredith E. Protas, Peter Trontelj, Nipam H. Patel: Genetic basis of eye and pigment loss in the cave crustacean, Asellus aquaticus
6. Peter Trontelj, Serge Y. Utevsky: Phylogeny and phylogeography of medicinal leeches (genus Hirudo)
7. Peter Trontelj, Andrej Blejec, Cene Fišer: Ecomorphological convergence of cave communities
8. David C. Culver, Peter Trontelj, Maja Zagmajster, Tanja Pipan: Paving the way for standardized and comparable subterranean biodiversity studies
9. Žiga Fišer, Hana Whitehorn, Tia Furness, Peter Trontelj, Meredith E. Protas: Genetic bias in repeated evolution of pigment loss in cave populations of the Asellus aquaticus species complex
10. Peter Trontelj, Špela Gorički, Slavko Polak, Rudi Verovnik, Valerija Zakšek, Boris Sket: Age estimates for some subterranean taxa and lineages in the Dinaric Karst
11. Špela Borko, Peter Trontelj, Ole Seehausen, Ajda Moškrič, Cene Fišer: A subterranean adaptive radiation of amphipods in Europe
12. Peter Trontelj: Soimenski, nominaten ali nominotipski? - prispevek k sistematskemu poimenovanju
13. Peter Trontelj: Unexpected record of the white-faced bush-cricket Decticus albifrons (Fabricius, 1775) (Orthoptera: Tettigoniidae) in Ljubljana, central Slovenia
14. Peter Trontelj: Popis kosca Crex crex v Sloveniji leta 1999 kaže na kratkoročno stabilno populacijo
15. Peter Trontelj: Glossiphonia slovaca (Košel 1973) (Hirudinea: Glossiphoniidae) iz Save pri Čatežu
16. Peter Trontelj: Zasedeno območje črne štorklje Ciconia nigra v Ljubljani
17. Peter Trontelj: Kritičen pogled na novejše kvantitativne raziskave v slovenski ornitologiji
18. Peter Trontelj: Popis kosca Crex crex v Sloveniji v letih 1992-93
19. Peter Trontelj, Milan Vogrin: Ptice Jovsov in predlogi za njihovo varstvo
20. Peter Trontelj: O naravovarstvenem konceptu Cerkniškega jezera s poudarkom na varstvu ptic
21. Peter Trontelj: Prispevek k poznavanju avifavne Zbiljskega in Trbojskega akumulacijskega jezera na reki Savi
22. Peter Trontelj: Gnezditev malega deževnika Charadrius dubius v antropogenih habitatih v Ljubljani
23. Hans Recknagel, Luka Močivnik, Valerija Zakšek, Yonglun Luo, Rok Kostanjšek, Peter Trontelj: Generation of genome-wide SNP markers from minimally invasive sampling in endangered animals and applications in species ecology and conservation
24. Roman Luštrik, Peter Trontelj, Cene Fišer, Serban Sarbu, Jean-François Flot: Morphological evolution of coexisting amphipod species pairs from sulfidic caves suggests competitive interactions and character displacement, but no environmental filtering and convergence
25. Pablo Hirschegger, Jernej Jakše, Peter Trontelj, Borut Bohanec: Origins of Allium ampeloprasum horticultural groups and a molecular phylogeny of the section Allium (Allium: Alliacea)
26. Cene Fišer, Boris Sket, Peter Trontelj: A phylogenetic perspective on 160 years of troubled taxonomy of Niphargus (Crustacea: Amphipoda)
27. Tomaž Skrbinšek, Maja Jelenčič, Lisette Waits, Ivan Kos, Peter Trontelj: Highly efficient multiplex PCR of noninvasive DNA does not require pre-amplification
28. Serge Y. Utevsky, Maja Zagmajster, Andrei Atemasov, Oleksandr Zinenko, Olga Utevska, Andrei Y. Utevsky, Peter Trontelj: Distribution and status of medicinal leeches (genus Hirudo) in the Western Palaearctic
29. Martin Turjak, Peter Trontelj: A method for measuring support for synapomorphy using character state distributions on phylogenetic trees
30. Magda Sindičić, Primož Polanc, Tomislav Gomerčić, Maja Jelenčič, Đuro Huber, Peter Trontelj, Tomaž Skrbinšek: Genetic data confirm critical status of the reintroduced Dinaric population of Eurasian lynx
31. Danilo Bevk, Peter Trontelj: Upadanje populacije in možni vzroki za ogroženost divjega petelina Tetrao urogallus v Škofjeloškem, Cerljanskem in Polhograjskem hribovju
32. Franc Bračko, Andrej Sovinc, Borut Štumberger, Peter Trontelj, Milan Vogrin: Rdeči seznam ogroženih ptic gnezdilk Slovenije
33. Andrej Sovinc, Davorin Tome, Peter Trontelj: Ornitološki atlas Ljubljanskega barja - poročilo o poteku popisovanja
34. Hans Recknagel, Peter Trontelj: From cave dragons to genomics
35. Susanne Reier, Luise Kruckenhauser, Aleš Snoj, Peter Trontelj, Anja Palandačić: The minnow Phoxinus lumaireul (Leuciscidae) shifts the Adriatic–Black Sea basin divide in the north-western Dinaric Karst region
36. Maja Jan, Astrid Vik Stronen, Barbara Boljte, Rok Černe, Đuro Huber, Ruben Iosif, Franc Kljun, Marjeta Konec, Ivan Kos, Miha Krofel, Josip Kusak, Roman Luštrik, Aleksandra Majić Skrbinšek, Barbara Promberger–Füerpass, Hubert Potočnik, Robin Rigg, Peter Trontelj, Tomaž Skrbinšek: Wolf genetic diversity compared across Europe using the yardstick method
37. Hans Recknagel, Valerija Zakšek, Teo Delić, Špela Gorički, Peter Trontelj: Multiple transitions between realms shape relict lineages of Proteus cave salamanders
38. Hans Recknagel, Peter Trontelj: From cave dragons to genomics
39. Cene Fišer, Špela Borko, Teo Delić, Anja Kos, Ester Premate, Peter Trontelj, Maja Zagmajster, Valerija Zakšek: Izzivi varovanja skrite naravne dediščine podzemnih voda Slovenije
40. Maja Zagmajster, Špela Borko, Gregor Bračko, Teo Delić, Cene Fišer, Ester Premate, Monika Šafhauzer, Peter Trontelj, Valerija Zakšek, Jasminko Mulaomerović: SubBIOCOD