Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (2)

1. Sanja Nabergoj: Iskanje modulatorjev programirane smrti celic kronične limfocitne levkemije
2. Samo Guzelj: Development of novel NOD2 agonists and dual NOD2 and TLR7 agonists as vaccine adjuvants

Magistrska dela (24)

1. Mihael Avsec: Ocena varne uporabe fenolnih antioksidantov in njihovih derivatov v kozmetičnih izdelkih
2. Janja Škrinjar: Design and synthesis of dipeptide L-[[sup]11C]PHE-L-PHE-NH[sub]2
3. Miha Mihičinac: Načrtovanje in sinteza N-benziliranih 2-iminoindolinov kot potencialnih antagonistov receptorja NOD1
4. Uroš Malavašič: Načrtovanje in sinteza rigidnih derivatov dipeptida D-Glu-mezo-DAP
5. Maja Podlipnik: Načrtovanje in sinteza 1,2,4-oksadiazolnih analogov resveratrola
6. Žiga Gerbec: Preučevanje terapevtskega potenciala vzpostavitve gastrointestinalne homeostaze s transplantacijo fekalne mikrobiote na spih
7. Matjaž Tuš: Ocena vnosa nekaterih izbranih aditivov za živila s prehranskimi dopolnili in primerjava prisotnosti teh aditivov v prehranskih dopolnilih in zdravilih na recept
8. Sarah Siri Blejc: Vrednotenje alternativnih metod testu Draize pri določanju vpliva nanomaterialov na draženje očesa
9. Meta Ćosić: Ovrednotenje ekonomskih izidov uvedbe zaviralcev protonske črpalke v sistem terapevtskih skupin zdravil v Sloveniji
10. Asja Frank: Načrtovanje in sinteza novih antagonistov receptorjev NOD2 z benzimidazolnim skeletom
11. Katja Peric: Načrtovanje in sinteza aciliranih analogov tripeptida Gly-L-Val-D-Glu kot agonistov receptorja NOD2
12. Janez Žan Bulc: Synthesis of carbon-11 labeled substance P[sub] 1-7 peptidomimetics
13. Aljaž Jeromel: Načrtovanje in sinteza 3,5-disubstituiranih derivatov 1,2,4-oksadiazola kot zaviralcev ksantinske oksidaze
14. Alja Prah: Vrednotenje anorganskih kovinskih matric in njihovih interkalatov kot potencialnih adjuvansov
15. Barbara Pečovnik: Analiza imunomodulatornih lastnosti izbranih skupin zdravilnih učinkovin
16. Janja Toporiš: In silico vrednotenje endokrinih učinkov izbranih naravnih polifenolov
17. Špela Korat: Preclinical evaluation of the carbon-11 labeled substances P1-7 peptidomimetics
18. Samo Guzelj: Načrtovanje in sinteza zaviralcev ksantinske oksidaze s piridil-1,2,4-oksadiazolnim ogrodjem
19. Žiga Regner: Uporaba bioizosterov D-glutaminske kisline pri načrtovanju in sintezi rigidiziranih analogov tripeptida Gly-L-Val-D-Glu
20. Tanja Slabe: Vrednotenje metabolizma, endokrinih učinkov in reproduktivne toksičnosti izbranih derivatov benzofenona in silico
21. Tia Grgičevič: Vrednotenje UV-filtrov in njihovih razgradnih produktov kot okoljskih endokrinih motilcev in silico
22. Eva Mihevc: Ocena endokrinih učinkov in reproduktivne toksičnosti izbranih neopioidnih analgetikov z uporabo računalniških programov
23. Barbara Prikeržnik: Uporaba metabolno stabilnih bioizosterov estra karboksilne kisline pri načrtovanju in sintezi agonistov receptorja NOD2
24. Matevž Slivnik: Načrtovanje in sinteza novih antagonistov receptorja NOD2 na osnovi N-alkilbenzamidnega osrednjega ogrodja

Diplomska dela (19)

1. Barbara Herlah: Napovedovanje razgradnje, metabolizma in toksičnosti benzofenona-3 in silico
2. Špela Vodopivec: Varnost uporabe anorganskih ultravijoličnih filtrov v kozmetičnh izdelkih
3. Ana Poljanec: Sinteza imidazolskih derivatov toksina klatrodina s potencialnim apoptičnim delovanjem
4. Jaka Kodela: Načrtovanje in sinteza N,N-dialkilnih analogov dipeptida D-Glu-mezo-DAP s potencialnim imunomodulatornim delovanjem
5. Aleksandra Pekošak: Načrtovanje in sinteza zaviralcev proteina NOD1 z indolnim skeletom
6. Aleš Žula: Optimizacija sinteze potencialnih 1,4-benzooksazinskih modulatorjev vitronektinskega receptorja
7. Petra Okoren: Sinteza 2-aminoimidazolskih derivatov nevrotoksina klatrodina
8. Nataša Simonič: Imunološka karakterizacija nekaterih predstavnikov UV filtrov
9. Aleš Svete: Načrtovanje in sinteza potencialnih zaviralcev giraze z 1,3,4-oksadiazolnim ogrodjem
10. Neža Vrtačnik: Vrednotenje protivnetnega in antioksidativnega delovanja 1,2,4 - oksadiazolnih derivatov resveratrola
11. Mateja Testen: Varnost uporabe barvil v losjonih in mlekih za telo
12. Branka Vuković: Načrtovanje in sinteza aciliranih analogov tripeptida Gly-L-Ala-D-Glu kot agonistov receptorja NOD2
13. Urška Mirnik: In silico vrednotenje metabolizma, endokrinih učinkov in reproduktivne toksičnosti izbranih parabenov
14. Lucija Sotošek: Ocena varnosti izbranih prehranskih dopolnil za otroke
15. Nina Špegel: In silico vrednotenje metabolizma, endokrinih učinkov in reproduktivne toksičnosti izbranih derivatov kafre
16. Kristina Mervič: Vrednotenje dražilnega in senzibilizacijskega potenciala in silico, izbranih kozmetičnih sestavin strukturno sorodnih cimetni kislini
17. Kaja Ovijač: Vrednotenje metabolizma, endokrinih učinkov in reprodukcijske toksičnosti izbranih cinamatov in silico
18. Katja Pikl: Vrednotenje dražilnega in senzibilacijskega potenciala izbranih dišav in produktov njihove avtooksidacije in silico
19. Toni Hazdovac: Načrtovanje in sinteza aciliranih derivatov dipeptida D-Glu-Mezo-DAP s potencialnim imunomodulatornim učinkom

Druga dela (21)

1. Žiga Jakopin, Janez Ilaš, Michaela Barančokova, Matjaž Brvar, Päivi Tammela, Marija Sollner Dolenc, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj: Discovery of substituted oxadiazoles as a novel scaffold for DNA gyrase inhibitors
2. Sanja Nabergoj, Irena Mlinarič-Raščan, Žiga Jakopin: Harnessing the untapped potential of nucleotide‐binding oligomerization domain ligands for cancer immunotherapy
3. Sanja Nabergoj, Tijana Markovič, Damjan Avsec, Martina Gobec, Helena Podgornik, Žiga Jakopin, Irena Mlinarič-Raščan: EP4 receptor agonist L-902688 augments cytotoxic activities of ibrutinib, idelalisib, and venetoclax against chronic lymphocytic leukemia cells
4. Samo Guzelj, Tihomir Tomašič, Žiga Jakopin: Novel scaffolds for modulation of NOD2 identified by pharmacophore-based virtual screening
5. Janez Mravljak, Žiga Jakopin: Iron-binding and anti-fenton properties of novel amino acid-derived cyclic imide dioximes
6. Veronika Weiss, Martina Gobec, Žiga Jakopin: Halogenated ingredients of household and personal care products as emerging endocrine disruptors
7. Žiga Jakopin, Emanuela Corsini: THP-1 cells and pro-inflammatory cytokine production
8. Samo Guzelj, Žiga Jakopin: Nucleotide-binding oligomerization domain 1/Toll-like receptor 4 co-engagement promotes non-specific immune response against K562 cancer cells
9. Samo Guzelj, Žiga Jakopin: Synthesis of conformationally constrained D-Glu-meso-DAP analogs as innate immune agonists
10. Sjors van Klaveren, Jaka Dernovšek, Žiga Jakopin, Marko Anderluh, Hakon Leffler, Ulf J. Nilsson, Tihomir Tomašič: Design and synthesis of novel 3-triazolyl-1-thiogalactosides as galectin-1, -3 and -8 inhibitors
11. Samo Guzelj, Špela Janež, Žiga Jakopin: Discovery of desmuramylpeptide NOD2 agonists with single-digit nanomolar potency
12. Samo Guzelj, Sanja Nabergoj, Martina Gobec, Stane Pajk, Veronika Weiss, Bram Slütter, Ruža Frkanec, Adela Štimac, Primož Šket, Janez Plavec, Irena Mlinarič-Raščan, Žiga Jakopin: Structural fine-tuning of desmuramylpeptide NOD2 agonists defines their in vivo adjuvant activity
13. Mujtaba Hassan, Floriane Baussière, Samo Guzelj, Anders Sundin, Maria Håkansson, Rebeka Kovačič, Hakon Leffler, Tihomir Tomašič, Marko Anderluh, Žiga Jakopin: Structure-guided design of D-galactal derivatives with high affinity and selectivity for the galectin-8 n-terminal domain
14. Mujtaba Hassan, Sjors van Klaveren, Maria Håkansson, Carl Diehl, Rebeka Kovačič, Floriane Baussière, Anders Sundin, Jaka Dernovšek, Marko Anderluh, Tihomir Tomašič, Žiga Jakopin: Benzimidazole-galactosides bind selectively to the galectin-8 N-terminal domain
15. Samo Guzelj, Matjaž Weiss, Bram Slütter, Ruža Frkanec, Žiga Jakopin: Covalently conjugated NOD2/TLR7 agonists are potent and versatile immune potentiators
16. Samo Guzelj, Marcela Šišić, Špela Janež, Leo Frkanec, Ruža Frkanec, Žiga Jakopin: Lipidation of NOD2 agonists with adamantane and stearoyl moieties differentially regulates their In vivo adjuvant activity
17. Karolina Nowak, Žiga Jakopin: In silico profiling of endocrine-disrupting potential of bisphenol analogues and their halogenated transformation products
18. Veronika Weiss, Martina Gobec, Žiga Jakopin: Halogenation of common phenolic household and personal care product ingredients enhances their AhR-modulating capacity
19. Allegra Pelettǎ, Aurélie Marmy, Samo Guzelj, Alcidia Ramos Barros, Žiga Jakopin, Gerrit Borchard: Preliminary results on novel adjuvant combinations suggest enhanced immunogenicity of whole inactivated pandemic influenza vaccines
20. Špela Janež, Samo Guzelj, Petra Kocbek, Eveline A. de Vlieger, Bram Slütter, Žiga Jakopin: Distinctive immune signatures driven by structural alterations in desmuramylpeptide NOD2 agonists
21. Špela Janež, Samo Guzelj, Žiga Jakopin: Linker chemistry and connectivity fine-tune the immune response and kinetic solubility of conjugated NOD2/TLR7 agonists