izpis_h1_title_alt

Uporaba bioloških omrežij za izračun funkcijske obogatenosti skupine genov
Cvitkovič, Robert (Avtor), Curk, Tomaž (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,67 MB)
MD5: 89CABA95DDA2F3A7E1D45C53ADBAF196

Izvleček
Molekularni biologi in genetiki se dandanes ukvarjajo s proučevanjem zapisa DNA. Pri eksperimentih tipično dobijo podatke, ki se zaradi svoje narave težko interpretirajo. Klasične metode primerjajo eksperimentalno dobljeno skupino genov z znanimi, funkcijsko povezanimi skupinami genov, a pogosto niso uspešne. Izboljšava pristopa je metoda SANTA, ki vrednoti eksperimentalne rezultate na podlagi omrežja genov. Metodo SANTA smo implementirali v sklopu diplome, v dodatku Orange Bioinformatics. Orange je že dobro uveljavljen program za obdelavo podatkov. Dodatek Bioinformatics zavzema specializirane funkcionalnosti za obdelavo genskih podatkov. Dodatek smo obogatili tudi z izboljšanim dostopom do zbirk BioGRID in STRING, ki hranita podatke o eksperimentalno določenih povezavah med geni.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:Python, Orange, bioinformatika, omrežje, SANTA, STRING, BioGRID
Vrsta gradiva:Diplomsko delo/naloga (mb11)
Organizacija:FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
Leto izida:2017
Število ogledov:390
Število prenosov:281
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
 
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
:
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Gene set function enrichment analysis using biological networks
Izvleček:
Molecular biologists and geneticists are, nowadays, mostly focused on studying and understanding the DNA transcription. The gathered experimental data is difficult to interpret. Classical methods compare the discovered groups of genes with predefined gene sets. Unfortunately, these methods do not perform well. A solution is proposed by the SANTA method, which evaluates the experimental results on discovered gene sets based on known and extensive gene networks. In this thesis, we have implemented the method in Orange Bioinformatics. Orange is a well-known data-analysis programme. The Bioinformatics add-on includes specialised functionality for processing genomic data. Furthermore, we have also enriched its widgets for access to BioGRID and STRING, which store information on functional sets of genes and interactions.

Ključne besede:Python, Orange, bioinformatics, network, SANTA, STRING, BioGRID

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj