Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (7)

1. Andrej Perdih: Dinamični model encima MurD iz E. coli in in silico načrtovanje novih inhibitorjev
2. Eva Shannon Schiffrer: Sinteza in biokemijsko vrednotenje nepeptidnih reverzibilnih in ireverzibilnih zaviralcev imunoproteasoma
3. Kaja Bergant Loboda: Načrtovanje in optimizacija katalitičnih zaviralcev človeške DNA topoizomeraze ▫$II\alpha$▫ kot potencialnih protirakavih učinkovin
4. Ana Dolšak: Strukturno podprto načrtovanje, sinteza in vrednotenje novih zaviralcev indolamin 2,3-dioksigenaze in modulatorjev toll-u podobnih receptorjev tipa 7 in 8
5. Anja Kolarič: Uporaba kemoinformatičnih in strukturno podprtih in silico metod za načrtovanje zaviralcev bakterijske DNA giraze ter modulatorjev kemokinskih receptorjev CXCR3 in CXCR4
6. Rok Martinčič: Napovedovanje antioksidativne aktivnosti in transmembranskega transporta derivatov pulvinske kisline in kumarina
7. Barbara Pogorelčnik: Strukturno podprto načrtovanje novih zaviralcev človeške DNA topoizomeraze II[alfa]

Magistrska dela (3)

1. Matej Janežič: In silico načrtovanje in ovrednotenje 1H-indazolnih zaviralcev človeške topoizomeraze [alfa]
2. Sara Bavcon: Sinteza derivatov 3,5-disubstituiranega 1,2,4-oksadiazola kot potencialnih zaviralcev človeškega DNA topoizomereze II[alfa]
3. Maruša Klemenčič: Sinteza in vrednotenje 4,6-substituiranih-1,3,5-triazin-2(1H)-onov kot katalitičnih zaviralcev človeške DNA topoizomeraze II[alfa]

Diplomska dela (1)

1. Uršula Grabnar: Ocena endokrinega delovanja barvil dovoljenih za uporabo v kozmetičnih izdelkih z in silico metodo

Druga dela (8)

1. Barbara Herlah, Tjaša Goričan, Nika Strašek Benedik, Simona Golič Grdadolnik, Izidor Sosič, Andrej Perdih: Simulation- and AI-directed optimization of 4,6-substituted 1,3,5-triazin-2(1H)-ones as inhibitors of human DNA topoisomerase IIα
2. Maša Kenda, Jan Vegelj, Barbara Herlah, Andrej Perdih, Přemysl Mladěnka, Marija Sollner Dolenc: Evaluation of firefly and Renilla luciferase inhibition in reporter-gene assays
3. Mitja Ogrizek, Matej Janežič, Katja Valjavec, Andrej Perdih: Catalytic mechanism of ATP hydrolysis in the ATPase domain of human DNA topoisomerase IIα
4. Alja Prah, Tanja Gavranić, Andrej Perdih, Marija Sollner Dolenc, Janez Mavri: Computational insights into β-carboline inhibition of monoamine oxidase A
5. Martin Ljubič, Eva Prašnikar, Andrej Perdih, Jure Borišek: All-atom simulations reveal the intricacies of signal transduction upon binding of the HLA-E ligand to the transmembrane inhibitory CD94/NKG2A receptor
6. Eva Prašnikar, Martin Ljubič, Andrej Perdih, Jure Borišek: Machine learning heralding a new development phase in molecular dynamics simulations
7. Barbara Herlah, Matic Pavlin, Andrej Perdih: Molecular choreography
8. Matic Pavlin, Barbara Herlah, Katja Valjavec, Andrej Perdih: Unveiling the interdomain dynamics of type II DNA topoisomerase through all-atom simulations