izpis_h1_title_alt

New primer combinations with comparable melting temperatures detecting highest numbers of nosZ sequences from sequence databases
Stres, Blaž (Avtor), Murovec, Boštjan (Avtor)

URLURL - Predstavitvena datoteka, za dostop obiščite http://aas.bf.uni-lj.si/zootehnika/94-2009/PDF/94-2009-2-139-142.pdf Povezava se odpre v novem oknu

Izvleček
We explored existing primer sequences targeting nitrous oxide reductase (nosZ) gene in order to explore their capability to recognize variant nosZ sequences. Published nosZ sequences longer than 380 AA residues were obtained from FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) and used for explorations with PrimerChart program. The numbers of sequences recovered using all possible forward and reverse primer combinations were determined and the stringency of primer site recognition was further varied by allowing 1, 2, or 3 primer mismatches to DNA binding site. We identified novel primer combinations resulting in satisfactory amplicon length (> 500 bp) and increased sequence recognition capabilities at comparable forward and reverse primer melting temperatures. Overall, this study indicates that current state of the art molecular methods can be and should frequently be further refined by the use of targeted bioinformatic approaches.

Jezik:Angleški jezik
Ključne besede:micorbiology, molecular biology, denitrification, nitrous oxide reductase, melting temperature, detection
Vrsta gradiva:Delo ni kategorizirano (r6)
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:BF - Biotehniška fakulteta
Leto izida:2009
Št. strani:str. 139-142
Številčenje:Letn. 94, št. 2
UDK:579
ISSN pri članku:1581-9175
COBISS.SI-ID:2546568 Povezava se odpre v novem oknu
Število ogledov:742
Število prenosov:186
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
 
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
:
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Gradivo je del revije

Naslov:Acta agriculturae Slovenica
Skrajšan naslov:Acta agric. Slov.
Založnik:Biotehniška fakulteta
ISSN:1581-9175
COBISS.SI-ID:213840640 Povezava se odpre v novem oknu

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Izvleček:
V tej študiji sva raziskala obstoječe sekvence začetnih oligonukleotidov, s katerimi se pomnožujejo fragmenti gena za reduktazo N2O (nosZ), da bi proučila njihovo zmožnost prepoznavanja variant sekvenc nosZ. Objavljene sekvence gena nosZ daljše od 380 aminokislninskih ostankov sva pridobila od FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) in jih analizirala s programom PrimerChart. Raziskala sva število, ki ga prepoznajo posamične mone kombinacije yačetnih oligonukleotidov. V nadaljevanju sva spreminjala natančnost prileganja začetnih oligonukleotidov na tarčno DNK tako, da sva dovolila 1, 2, or 3 napačna parjenja med začetnim oligonukleotidom in DNK. Tako sva identificirala nove kombinacije začetnih oligonukleotidov, ki ustvarijo ustrezno dolge fragmente (> 500 bp), s povišano sposobnostjo prepoznavanja sekvenc pri primerljivi temperaturi taljenja začetnih oligonukleotidov. Prav tako so se nakazale nove možnosti za izboljšanje začetnih oligonukleotidov z vnosom novih degeneriranih mest. Ta študija nakazuje, da je novejše molekularne metode možno in tudi potrebno pogosto nadgrajevati s ciljanimi bioinformatskimi pristopi.

Ključne besede:mikrobiologija, molekularna biologija, denitrifikacija, dušikov oksid, reduktaza, temperatura taljenja, zaznavanje

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj