20.500.12556/RUL-323 New primer combinations with comparable melting temperatures detecting highest numbers of nosZ sequences from sequence databases We explored existing primer sequences targeting nitrous oxide reductase (nosZ) gene in order to explore their capability to recognize variant nosZ sequences. Published nosZ sequences longer than 380 AA residues were obtained from FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) and used for explorations with PrimerChart program. The numbers of sequences recovered using all possible forward and reverse primer combinations were determined and the stringency of primer site recognition was further varied by allowing 1, 2, or 3 primer mismatches to DNA binding site. We identified novel primer combinations resulting in satisfactory amplicon length (> 500 bp) and increased sequence recognition capabilities at comparable forward and reverse primer melting temperatures. Overall, this study indicates that current state of the art molecular methods can be and should frequently be further refined by the use of targeted bioinformatic approaches. V tej študiji sva raziskala obstoječe sekvence začetnih oligonukleotidov, s katerimi se pomnožujejo fragmenti gena za reduktazo N2O (nosZ), da bi proučila njihovo zmožnost prepoznavanja variant sekvenc nosZ. Objavljene sekvence gena nosZ daljše od 380 aminokislninskih ostankov sva pridobila od FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) in jih analizirala s programom PrimerChart. Raziskala sva število, ki ga prepoznajo posamične mone kombinacije yačetnih oligonukleotidov. V nadaljevanju sva spreminjala natančnost prileganja začetnih oligonukleotidov na tarčno DNK tako, da sva dovolila 1, 2, or 3 napačna parjenja med začetnim oligonukleotidom in DNK. Tako sva identificirala nove kombinacije začetnih oligonukleotidov, ki ustvarijo ustrezno dolge fragmente (> 500 bp), s povišano sposobnostjo prepoznavanja sekvenc pri primerljivi temperaturi taljenja začetnih oligonukleotidov. Prav tako so se nakazale nove možnosti za izboljšanje začetnih oligonukleotidov z vnosom novih degeneriranih mest. Ta študija nakazuje, da je novejše molekularne metode možno in tudi potrebno pogosto nadgrajevati s ciljanimi bioinformatskimi pristopi. micorbiology molecular biology denitrification nitrous oxide reductase melting temperature detection mikrobiologija molekularna biologija denitrifikacija dušikov oksid reduktaza temperatura taljenja zaznavanje true false false Angleški jezik Slovenski jezik Delo ni kategorizirano 2014-07-11 12:25:06 2014-07-11 12:25:06 2022-04-14 03:44:33 0000-00-00 00:00:00 2009 0 0 Str. 139-142 št. 2 Letn. 94 2009 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 579 1581-9175 2546568 http://aas.bf.uni-lj.si/zootehnika/94-2009/PDF/94-2009-2-139-142.pdf 1 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=323 Biotehniška fakulteta Acta agriculturae Slovenica 0 0 0