Zgodnji mišji embrionalni razvoj je tesno nadziran prek številnih specifičnih molekularnih mehanizmov in signalnih poti. Med vpletenimi mehanizmi se kot pomembni dejavniki izkazujejo kompleksne mreže RNA in proteinov. Čeprav je znano, da številni ribonukleoproteini (RNP) igrajo ključno vlogo pri nastajanju RNP granul in biomolekularnih kondenzatov, še vedno ni jasno, kako in katere lastnosti molekul RNA prispevajo k njihovemu nastanku. V tej študiji smo identificirali novo skupino semi-ekstraktabilnih in z OOPS obogatenih transkriptov (imenovanih smOOPs), ki so dinamični med zgodnjimi prehodi embrionalnih matičnih celic. Ta skupina transkriptov je bolj povezana z RNA vezavnimi proteini in tvori večje vidne točke, kar nakazuje na nagnjenost h kondenzaciji. Z metodo RIC-seq smo pokazali, da so smOOPs-i med seboj bolj povezani, kot bi bilo mogoče pričakovati po naključju, kar nakazuje na morebitno novo organizacijo transkriptoma višjega reda. Poleg globalnega pristopa smo natančneje preučili izbrano zvezdišče RNA Efl1, ki je visoko interaktivno in dinamično v prehodih med pluripotentnimi stanji. Genomski izbris zvezdišča Efl1 je vodil v manjšo diferencialno izražanje vtisnjenih genov, medtem ko je deplecija potencionalno vezanega proteina PTBP1 povzročila minimalne spremembe v izražanju interaktorjev zvezdišča Efl1. S tem delom smo postavili temelje za prihodnje mehanistične študije zvezdišč RNA in prispevali k boljšemu razumevanju njihove funkcionalne vloge v embrionalnem razvoju in drugih bioloških procesih.
|
