20.500.12556/RUL-184080 Identification and analysis of dynamic RNA hubs during early murine embryonic development Identifikacija in analiza dinamičnih zvezdišč RNA v zgodnjem mišjem embrionalnem razvoju Early mouse embryonic development proceeds through tightly regulated transitions by specific molecular mechanisms and signalling pathways. Among the implicated mechanisms, complex RNA-protein networks are emerging as important factors. While ribonucleoproteins (RNPs) are known to play a crucial role in the formation of RNP granules and biomolecular condensates, it is still unknown how and which RNA features might contribute to their formation. Here, we identified a novel class of semi-extractable and OOPS-enriched transcripts (termed smOOPs) that are dynamic during early embryonic stem cell fate transitions. This group of transcripts exhibits elevated RBP occupancy and forms larger foci, showing characteristics of condensation propensity. Furthermore, RIC-seq revealed that smOOPs are more interconnected than expected by chance, suggesting a novel higher-order transcriptome organisation. With the newly generated high-quality and high-resolution datasets, we pinpointed an RNA hub Efl1, a highly interactive and dynamic RNA hub in naive to primed pluripotency transition. Genomic depletion of Efl1 hub resulted in minor differential expression of imprinted genes, while depletion of putative binder PTBP1 led to minimal changes in expression of its interactors. Importantly, this work has laid the foundation for mechanistic studies of RNA hubs, paving the way for deciphering functional role of RNA hubs in development and beyond. Zgodnji mišji embrionalni razvoj je tesno nadziran prek številnih specifičnih molekularnih mehanizmov in signalnih poti. Med vpletenimi mehanizmi se kot pomembni dejavniki izkazujejo kompleksne mreže RNA in proteinov. Čeprav je znano, da številni ribonukleoproteini (RNP) igrajo ključno vlogo pri nastajanju RNP granul in biomolekularnih kondenzatov, še vedno ni jasno, kako in katere lastnosti molekul RNA prispevajo k njihovemu nastanku. V tej študiji smo identificirali novo skupino semi-ekstraktabilnih in z OOPS obogatenih transkriptov (imenovanih smOOPs), ki so dinamični med zgodnjimi prehodi embrionalnih matičnih celic. Ta skupina transkriptov je bolj povezana z RNA vezavnimi proteini in tvori večje vidne točke, kar nakazuje na nagnjenost h kondenzaciji. Z metodo RIC-seq smo pokazali, da so smOOPs-i med seboj bolj povezani, kot bi bilo mogoče pričakovati po naključju, kar nakazuje na morebitno novo organizacijo transkriptoma višjega reda. Poleg globalnega pristopa smo natančneje preučili izbrano zvezdišče RNA Efl1, ki je visoko interaktivno in dinamično v prehodih med pluripotentnimi stanji. Genomski izbris zvezdišča Efl1 je vodil v manjšo diferencialno izražanje vtisnjenih genov, medtem ko je deplecija potencionalno vezanega proteina PTBP1 povzročila minimalne spremembe v izražanju interaktorjev zvezdišča Efl1. S tem delom smo postavili temelje za prihodnje mehanistične študije zvezdišč RNA in prispevali k boljšemu razumevanju njihove funkcionalne vloge v embrionalnem razvoju in drugih bioloških procesih. condensation RNA hub ribonucleoproteins RIC-seq mouse embryonic stem cells zvezdišča RNA kondenzacija ribonukleoproteini RIC-seq mišje embrionalne matične celice true false false [T. Klobučar] Angleški jezik Slovenski jezik Doktorsko delo/naloga 2026-06-26 07:15:08 2026-06-26 07:15:53 2026-06-29 08:25:07 0000-00-00 00:00:00 2026 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 577.2: 591.3 280292 282889987 57966.pdf 57966.pdf 1 C8C674DD882DCEEFC3F0D539390844BA 859150de10c4395158736bc7d224d4547fc2b896670c3f5b81c17067ef0ea23d 0af10c12-711e-11f1-9b0d-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=236543 Biotehniška fakulteta 0 0 0