Bioinformatics analysis of miRNA-target gene interactions in chicken

Petrović, Aleksa (avtor), Kunej, Tanja (mentor)

MicroRNAs (miRNAs) are key post-transcriptional regulators of gene expression and are involved in numerous physiological and pathological processes. However, no com-prehensive map of miRNA-target interactions (MTIs) has yet been constructed for chicken, an important animal model in research. This study aimed to construct an inter-action network of the complete miRNA regulome in chicken by compiling all currently experimentally validated MTIs from miRTarBase and relevant literature, including phe-notype associations and differential expression data. We extracted 115 unique MTIs comprising 64 miRNAs and 81 target genes, and constructed an interaction network using Cytoscape. The network revealed that most MTIs are associated with development and various diseases, most of which related to cancer. Several miRNAs, such as gga-miR-23b-5p and gga-miR-199-5p, exhibited persistent upregulation across multiple car-diogenesis-related MTIs, indicating potential regulatory hubs. Target genes such as CTNNB1 were regulated by multiple miRNAs and were upregulated in ovarian cancer phenotypes. This work represents the first complete depiction of the chicken miRNA regulome and provides a framework for identifying key regulatory molecules in devel-opment and disease.

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: miRNA, target genes, MTI network, differential expression, interaction hubs
• Vrsta gradiva: Diplomsko delo/naloga
• Tipologija: 2.11 - Diplomsko delo
• Organizacija: BF - Biotehniška fakulteta
• Leto izida: 2025
• PID: 20.500.12556/RUL-173748
• COBISS.SI-ID: 249831683
• Datum objave v RUL: 21.09.2025

Sekundarni jezik

• Jezik: Angleški jezik
• Naslov: Bioinformacijska analiza interakcij miRNA in tarčnih genov pri kokoši

Izvleček

Mikro RNA (miRNA) so ključni posttranskripcijski regulatorji izražanja genov, ki sodelujejo v številnih fizioloških in patoloških procesih. Kljub temu za kokoš, pomem-ben živalski model v raziskavah, še ni bila izdelana celovita karta interakcij med miRNA in tarčnimi geni (angl. miRNA-target gene interaction; MTI). Namen te študije je bil oblikovati interakcijsko mrežo celotnega miRNA reguloma pri kokoši z združitvijo vseh trenutno eksperimentalno potrjenih MTI iz podatkovne zbirke miRTarBase in ustrezne literature, vključno s podatki o fenotipih in diferencialni izraženosti. Pridobili smo 115 edinstvenih MTI, ki vključujejo 64 miRNA in 81 tarčnih genov, ter s programsko opremo Cytoscape izdelali mrežo interakcij. Mreža je pokazala, da je večina MTI-jev povezana z razvojem in boleznimi, predvsem z rakom. Nekatere miRNA, kot sta gga-miR-23b-5p in gga-miR-199-5p, sta imeli povišano izražanje v več MTI, povezanih s kardiogenezo, kar kaže na potencialna regulacijska stičišča. Tarčni geni, kot je CTNNB1, so uravnavani z več miRNA in so imeli povišano izražanje pri raku jajčnikov. To delo predstavlja prvo celovito predstavitev miRNA reguloma pri kokoši in pred-stavlja osnovo za identifikacijo ključnih regulatornih molekul pri razvoju in boleznih.

• Ključne besede: miRNA, tarčni geni, MTI mreža, diferencialno izražanje, interakcijska vozlišča