Context-specific genome-scale metabolic modelling and its application to the analysis of COVID-19 metabolic signatures

Moškon, Miha (avtor), Režen, Tadeja (avtor)

Genome-scale metabolic models (GEMs) have found numerous applications in different domains, ranging from biotechnology to systems medicine. Herein, we overview the most popular algorithms for the automated reconstruction of context-specific GEMs using high-throughput experimental data. Moreover, we describe different datasets applied in the process, and protocols that can be used to further automate the model reconstruction and validation. Finally, we describe recent COVID-19 applications of context-specific GEMs, focusing on the analysis of metabolic implications, identification of biomarkers and potential drug targets.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: context-specific genome scale metabolic modelling, constraint-based modelling, omics data integration, model extraction method, COVID-19, computational pipeline, metabolic fluxes, context-specific model
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.02 - Pregledni znanstveni članek
• Organizacija: FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko; MF - Medicinska fakulteta
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2023
• Št. strani: 28 str.
• Številčenje: Vol. 13, iss. 1, art. 126
• PID: 20.500.12556/RUL-166034
• UDK: 004:578.834
• ISSN pri članku: 2218-1989
• DOI: 10.3390/metabo13010126
• COBISS.SI-ID: 137763843
• Datum objave v RUL: 18.12.2024

Gradivo je del revije

• Naslov: Metabolites
• Skrajšan naslov: Metabolites
• Založnik: MDPI
• ISSN: 2218-1989
• COBISS.SI-ID: 523274009

Licence

• Licenca: CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
• Povezava: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
• Opis: To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: kontekstno specifično modeliranje metabolizma, modeliranje z omejitvami, integracija omskih podatkov, metode za ekstrakcijo modelov, COVID-19