izpis_h1_title_alt

Towards the well-tempered chloroplast DNA sequences
ID Turudić, Ante (Avtor), ID Liber, Zlatko (Avtor), ID Grdiša, Martina (Avtor), ID Jakše, Jernej (Avtor), ID Varga, Filip (Avtor), ID Šatović, Zlatko (Avtor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,45 MB)
MD5: B7D0458E485C74F09C71EA779FEC6513
URLURL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://www.mdpi.com/2223-7747/10/7/1360 Povezava se odpre v novem oknu

Izvleček
With the development of next-generation sequencing technology and bioinformatics tools, the process of assembling DNA sequences has become cheaper and easier, especially in the case of much shorter organelle genomes. The number of available DNA sequences of complete chloroplast genomes in public genetic databases is constantly increasing and the data are widely used in plant phylogenetic and biotechnological research. In this work, we investigated possible inconsistencies in the stored form of publicly available chloroplast genome sequence data. The impact of these inconsistencies on the results of the phylogenetic analysis was investigated and the bioinformatic solution to identify and correct inconsistencies was implemented. The whole procedure was demonstrated using five plant families (Apiaceae, Asteraceae, Campanulaceae, Lamiaceae and Rosaceae) as examples.

Jezik:Angleški jezik
Ključne besede:chloroplast genome, genome assembly, standardization, cyclic shift, inversion
Vrsta gradiva:Članek v reviji
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:BF - Biotehniška fakulteta
Status publikacije:Objavljeno
Različica publikacije:Objavljena publikacija
Leto izida:2021
Št. strani:14 str.
Številčenje:Vol. 10, iss. 7, art. 1360
PID:20.500.12556/RUL-135742 Povezava se odpre v novem oknu
UDK:602
ISSN pri članku:2223-7747
DOI:10.3390/plants10071360 Povezava se odpre v novem oknu
COBISS.SI-ID:69203459 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:30.03.2022
Število ogledov:1286
Število prenosov:96
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Gradivo je del revije

Naslov:Plants
Skrajšan naslov:Plants
Založnik:MDPI
ISSN:2223-7747
COBISS.SI-ID:523345433 Povezava se odpre v novem oknu

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.
Začetek licenciranja:02.07.2021

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:bioinformatika, kloroplasti, genom, sekvenciranje genoma, filogenetske analize, filogenetske metode

Projekti

Financer:Drugi - Drug financer ali več financerjev
Številka projekta:KK.01.1.1.01.0005
Naslov:Biodiversity and Molecular Plant Breeding

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj