izpis_h1_title_alt

Pregled orodij za agentno modeliranje bioloških sistemov in njihova uporaba na modelu večceličnega biološkega oscilatorja
Gazvoda, Silvo (Avtor), Moškon, Miha (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,93 MB)

Izvleček
V magistrski nalogi smo opravili pregled orodij za agentno modeliranje bioloških sistemov. Agentno modeliranje je osredotočeno na modeliranje opazovanega sistema z avtonomnimi entitetami imenovanimi agenti. Tovrstno modeliranje nam omogoča predstavitev biološkega sistema na različnih nivojih abstrakcije. V pregled smo vključili splošno orodje za agentno modeliranje in orodja, ki so specializirana na modeliranje celice kot agent. Orodja smo primerjali in pregledali z vidika načina opisa agentove dinamike, modelirnega programskega jezika, simuliranega virtualnega okolja in z vidika implementiranih celičnih lastnosti, procesov ter dinamike, kot je na primer celična rast in celično gibanje. Podrobneje smo opisali okolja NetLogo, BSim, Gro in CellModeller. Pri vsakem smo opisali interaktivno okolje, modelirni jezik in arhitekturo oziroma implementacijo orodja. Uporabo izbranih orodij smo demonstrirali na vzorčnem primeru večceličnega modela biološkega oscilatorja. V zaključku smo podali predlog ogrodja orodja za agentno modeliranje bioloških sistemov, ki bi uporabnikom še dodatno olajšal postavitev tovrstnih modelov.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:agentno modeliranje, večcelično modeliranje, simulacija, biološki sistemi, skupinsko vedenje, oscilator
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga (mb22)
Organizacija:FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
Leto izida:2017
Število ogledov:350
Število prenosov:434
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
 
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
:
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Overview of the agent-based tools for the modelling of biological systems and their application to the analysis of multi-cellular biological oscillator
Izvleček:
In this thesis, we overview computational tools for agent-based modelling of biological systems. Agent-based modelling focuses on the modelling of observed system with individual components called agents. This type of modelling offers a representation of a biological system at multiple levels of abstraction. We overview general-purpose agent-based framework and agent-based tools, which use cells as the primary agents. We compare and examine available tools from different perspectives. We examine how agent dynamics can be modelled, and properties of modelling languages, simulated environments, and built-in complex cellular traits (e.g. growth and movement) are checked. Afterwards, we examine NetLogo, BSim, Gro, and CellModeller framework. For each tool we provide description of their interactive environment, properties of modelling language, and their design and implementation principles. In the last part, we perform analysis of the above mentioned tools on the case study of a multi-cellular biological oscillator model. We conclude with the agent-based framework proposition, which would simplify the process of implementation of multi-agent biological models.

Ključne besede:agent-based modelling, multicellular modelling, simulation, biological systems, emergent behaviour, oscillator

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj