PeptideVisualizer : a novel software solution for PROTOMAP analysis

Kolarič, Matej (avtor), Ivanovski, Sara (avtor), Sever, Tilen (avtor), Turk, Boris (avtor), Fonović, Marko (avtor)

PeptideVisualizer is an open-source software for PROTOMAP analysis, offering an intuitive graphical user interface and command-line compatibility. The software processes mass spectrometry data output from MaxQuant to visualize protein migration in polyacrylamide gel electrophoresis and sequence coverage. In addition, it integrates information regarding protein secondary structure and features from the UniProt database to visualize them within comprehensive peptographs. These features allow us to assess the occurrence of a proteolytic event based on sequence context and peptides abundance. The key advantages of PeptideVisualizer include the integration of quantitative information, handling of multiple experiments with biological replicates, and the introduction of a novel mismatch factor─a metric designed to rapidly identify proteolytic events. Herein, the software was validated in an apoptosis-related data set, demonstrating its effectiveness and usefulness in large-scale proteomic data analysis.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: proteolysis, proteases, PeptideVisualizer, mass spectrometry, PROTOMAP, open-source software, MaxQuant
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2026
• Št. strani: Str. 2591-2597
• Številčenje: Vol. 25, iss. 5
• PID: 20.500.12556/RUL-189586
• UDK: 577
• ISSN pri članku: 1535-3907
• DOI: 10.1021/acs.jproteome.5c01209
• COBISS.SI-ID: 281770243
• Datum objave v RUL: 09.10.2026

Gradivo je del revije

• Naslov: Journal of proteome research
• Skrajšan naslov: J. proteome res.
• Založnik: American Chemical Society
• ISSN: 1535-3907
• COBISS.SI-ID: 513576473

Licence

• Licenca: CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
• Povezava: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
• Opis: To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: proteoliza, proteaze, PeptideVisualizer, peptidi, masna spektrometrija, odprtokodna programska oprema

Projekti

• Financer: ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: J1-3022
• Naslov: Sistemska določitev fizioloških vlog legumaina

• Financer: ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: P1-0140
• Naslov: Proteoliza in njena regulacija pri zdravju in boleznih