ChiraKit : an online tool for the analysis of circular dichroism spectroscopy data

Burastero, Osvaldo (avtor), Jones, Nykola C. (avtor), Defelipe, Lucas A. (avtor), Zavrtanik, Uroš (avtor), Hadži, San (avtor), Hoffmann, Søren Vrønning (avtor), Garcia-Alai, Maria (avtor)

Circular dichroism (CD) spectroscopy is an established biophysical technique to study chiral molecules. CD allows investigating conformational changes under varying experimental conditions and has been used to understand secondary structure, folding, and binding of proteins and nucleic acids. Here, we present ChiraKit, a user-friendly, online, and open-source tool to process raw CD data and perform advanced analysis. ChiraKit features include the calculation of protein secondary structure with the SELCON3 and SESCA algorithms, estimation of peptide helicity using the helix-ensemble model, the fitting of thermal/chemical unfolding or user-defined models, and the decomposition of spectra through singular value decomposition or principal component analysis. ChiraKit can be accessed at https://spc.embl-hamburg.de/.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: spectroscopy, circular dichroism, biophysical chemistry, secondary structure, thermal unfolding, intrinsically disordered proteins, software
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2025
• Št. strani: 11 str.
• Številčenje: Vol. , iss. , art. gkaf350
• PID: 20.500.12556/RUL-169070
• UDK: 577.322:004.4
• ISSN pri članku: 1362-4962
• DOI: 10.1093/nar/gkaf350
• COBISS.SI-ID: 235365891
• Datum objave v RUL: 09.05.2025

Gradivo je del revije

• Naslov: Nucleic acids research online
• Skrajšan naslov: Nucleic acids res. online
• Založnik: Oxford University Press
• ISSN: 1362-4962
• COBISS.SI-ID: 2172954

Licence

• Licenca: CC BY-NC 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno 4.0 Mednarodna
• Povezava: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/deed.sl
• Opis: Licenca Creative Commons, ki prepoveduje komercialno uporabo, vendar uporabniki ne rabijo upravljati materialnih avtorskih pravic na izpeljanih delih z enako licenco.

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: spektroskopija, cirkularni dikroizem, biofizikalna kemija, sekundarna struktura proteinov, termična denaturacija, intrinzično neurejeni proteini, programska oprema