izpis_h1_title_alt

Optimizacija izolacije in analiza sestave zunajceličnega matriksa bakterij Lactobacillus spp., Lactococcus spp. in Pseudomonas spp.
ID Pavlinjek, Natalija (Avtor), ID Klančnik, Anja (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu, ID Sabotič, Jerica (Komentor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (2,68 MB)
MD5: F0BC6352D7D0925AFFA4C0A9BE9B9295

Izvleček
V naravi se mikroorganizmi običajno organizirajo v biofilme, ki so zgrajeni iz mikroorganizmov, ujetih v matrico iz zunajceličnega matriksa. Slednja je sestavljena iz polisaharidov, proteinov, eDNA, lipidov in drugih snovi ter lahko predstavlja kar 90 % suhe mase biofilma. Sestavine zunajceličnega matriksa so ključne za vzpostavitev zrelega biofilma in so odgovorne za večino koristi, ki jih imajo bakterije v biofilmu. Za izolacijo zunajceličnega matriksa se uporabljajo različne fizikalne in kemijske metode. Univerzalna metoda za izolacijo zunajceličnega matriksa ni poznana, običajno se razlikujejo glede na vrsto bakterije in komponente, ki jih želimo izolirati. Namen naloge je bil optimirati protokol za izolacijo zunajceličnega matriksa bakterij Lactococcus lactis, Lactobacillus acidophilus, Limosilactobacillus reuteri, Ligilactobacillus salivarius, Lactiplantibacillus plantarum, Pseudomonas fragi WT in Pseudomonas fragi ATCC 4973 ter analizirati sestavo zunajceličnega matriksa omenjenih bakterij. Za izolacijo zunajceličnega matriksa smo pri petih izbranih mlečnokislinskih bakterijah uporabili pet različnih metod izolacije, pri bakterijah P. fragi WT, P. fragi ATCC 4973 in pri Campylobacter jejuni pa smo uporabili devet metod za izolacijo zunajceličnega matriksa. V izolatu zunajceličnega matriksa smo opredelili vsebnost polisaharidov, proteinov in eDNA. Rezultati kažejo na to, da univerzalne metode za posamezno skupino bakterij ne moremo določiti, saj se z različnimi protokoli obogatijo različni biopolimeri v vzorcu zunajceličnega matriksa. Metoda izolacije zunajceličnega matriksa, ki povzroča najnižjo lizo celic je postopek izolacije z natrijevim kloridom. eDNA pri vseh testiranih bakterijah najuspešneje izoliramo z metodo segrevanja v natrijevem karbonatu. Ugotovili smo, da z različnimi metodami izolacije izoliramo različne vsebnosti biopolimerov v zunajceličnem matriksu, ki se razlikujejo med bakterijami iste vrste in med bakterijami različnih vrst.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:zunajcelični matriks, izolacija, mlečnokislinske bakterije, Lactobacillus spp., Lactococcus spp., Pseudomonas spp., Campylobacter jejuni, proteini, polisaharidi, eDNA
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga
Tipologija:2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:BF - Biotehniška fakulteta
Založnik:[N. Pavlinjek]
Leto izida:2023
PID:20.500.12556/RUL-151042 Povezava se odpre v novem oknu
UDK:582.23(043.2)
COBISS.SI-ID:169198083 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:28.09.2023
Število ogledov:430
Število prenosov:56
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Isolation optimization and analysis of extracellular matrix composition of the Lactobacillus spp., Lactococcus spp. and Pseudomonas spp.
Izvleček:
In nature, microorganisms are usually organised in biofilms consisting of microorganisms surrounded by extracellular matrix. Extracellular matrix is composed of polysaccharides, proteins, eDNA, lipids, and other substances and can comprise up to 90 % of the dry mass of the biofilm. Extracellular matrix components play a critical role in the development of a mature biofilm and are responsible for most of the benefits of bacterial life in the biofilm. Extracellular matrix can be isolated by a variety of physical and chemical methods, but there is no known universal method for isolating extracellular matrix because it varies among bacterial species and the components, which we want to enrich. The objective of this study was to optimise a protocol for the isolation of extracellular matrix from Lactococcus lactis, Lactobacillus acidophilus, Limosilactobacillus reuteri, Ligilactobacillus salivarius, Lactiplantibacillus plantarum, Pseudomonas fragi WT and Pseudomonas fragi ATCC 4973 and to analyse and characterise the composition of extracellular matrix from these bacteria. Five different isolation methods were used to isolate extracellular matrix in five selected lactic acid bacteria, and nine methods were used to isolate extracellular matrix from P. fragi WT, P. fragi ATCC 4973 and Campylobacter jejuni. The polysaccharide, protein and eDNA content of the isolate extracellular matrix was determined. The results show that there is no universal method for each bacterial group, as protocols vary depending on which biopolymer is enriched in the extracellular matrix sample. Extracellular matrix isolation method that results in the least cell lysis is the sodium chloride isolation method. eDNA is most successfully isolated by the sodium carbonate heating method for all bacteria tested. We have found that different isolation methods isolate different amounts of extracellular matrix biopolymers that differ between bacteria of the same species and between bacteria of different species.

Ključne besede:extracellular matrix, isolation, lactic acid bacteria, Lactobacillus spp., Lactococcus spp., Pseudomonas spp., Campylobacter jejuni, proteins, polysaccharides, eDNA

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj