8-oxoguanine forms quartets with a large central cavity

Aleksič, Simon (avtor), Podbevšek, Peter (avtor), Plavec, Janez (avtor)

Oxidation of a guanine nucleotide in DNA yields an 8-oxoguanine nucleotide ($^{oxo}$G) and is a mutagenic event in the genome. Due to different arrangements of hydrogen-bond donors and acceptors, $^{oxo}$G can affect the secondary structure of nucleic acids. We have investigated base pairing preferences of $^{oxo}$G in the core of a tetrahelical G-quadruplex structure, adopted by analogues of d(TG$_4$T). Using spectroscopic methods, we have shown that G-quartets can be fully substituted with $^{oxo}$G nucleobases to form an $^{oxo}$G-quartet with a revamped hydrogen-bonding scheme. While an $^{oxo}$G-quartet can be incorporated into the G-quadruplex core without distorting the phosphodiester backbone, larger dimensions of the central cavity change the cation localization and exchange properties.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: cations, chemical structure, G-quadruplex, monomers, noncovalent interactions
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2022
• Št. strani: Str. 2390–2397
• Številčenje: Vol. 61, iss. 21
• PID: 20.500.12556/RUL-144310
• UDK: 577
• ISSN pri članku: 1520-4995
• DOI: 10.1021/acs.biochem.2c00478
• COBISS.SI-ID: 129721091
• Datum objave v RUL: 14.02.2023

Gradivo je del revije

• Naslov: Biochemistry
• Založnik: American Chemical Society
• ISSN: 1520-4995
• COBISS.SI-ID: 19197991

Licence

• Licenca: CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
• Povezava: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
• Opis: To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: biokemija, DNK, g-kvadrupleksi, oksidacija

Projekti

• Financer: Drugi - Drug financer ali več financerjev
• Program financ.: CERIC-ERIC

• Financer: ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: P1-0242
• Naslov: Kemija in struktura bioloških učinkovin