izpis_h1_title_alt

Small RNA sequencing and multiplex RT-PCR for diagnostics of grapevine viruses and virus-like organisms
ID Miljanić, Vanja (Avtor), ID Jakše, Jernej (Avtor), ID Rusjan, Denis (Avtor), ID Škvarč, Andreja (Avtor), ID Štajner, Nataša (Avtor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (2,51 MB)
MD5: 07DF0AE01A19F1615D19EE2EAA3C140C
URLURL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://www.mdpi.com/1999-4915/14/5/921/htm Povezava se odpre v novem oknu

Izvleček
Metagenomic approaches used for virus diagnostics allow for rapid and accurate detection of all viral pathogens in the plants. In order to investigate the occurrence of viruses and virus-like organisms infecting grapevine from the Ampelographic collection Kromberk in Slovenia, we used Ion Torrent small RNA sequencing (sRNA-seq) and the VirusDetect pipeline to analyze the sRNA-seq data. The used method revealed the presence of: Grapevine leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll-associated virus 2 (GLRaV-2), Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3), Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine fanleaf virus (GFLV) and its satellite RNA (satGFLV), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV), Grapevine Pinot gris virus (GPGV), Grapevine satellite virus (GV-Sat), Hop stunt viroid (HSVd), and Grapevine yellow speckle viroid 1 (GYSVd-1). Multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction (mRT-PCR) was developed for validation of sRNA-seq predicted infections, including various combinations of viruses or viroids and satellite RNA. mRT-PCR could further be used for rapid and cost-effective routine molecular diagnosis, including widespread, emerging, and seemingly rare viruses, as well as viroids which testing is usually overlooked.

Jezik:Angleški jezik
Ključne besede:vitis vinifera, grapevine, virome, metagenomic analysis, viruses, sRNA-seq, molecular diagnostics
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:BF - Biotehniška fakulteta
Leto izida:2022
Status objave pri reviji:Objavljeno
Verzija članka:Založnikova različica članka
Datum objave:28.04.2022
Št. strani:12 str.
Številčenje:Vol. 14, Iss. 5 (921)
PID:20.500.12556/RUL-136449 Povezava se odpre v novem oknu
UDK:577.2
ISSN pri članku:1999-4915
DOI:10.3390/v14050921 Povezava se odpre v novem oknu
COBISS.SI-ID:106521859 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:04.05.2022
Število ogledov:192
Število prenosov:68
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Gradivo je del revije

Naslov:Viruses
Skrajšan naslov:Viruses
Založnik:MDPI
ISSN:1999-4915
COBISS.SI-ID:517597977 Povezava se odpre v novem oknu

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.
Začetek licenciranja:28.04.2022

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:vinska trta, virusne bolezni, virusi, viroidi, molekularna diagnostika, metagenomska analiza

Projekti

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0077
Naslov:Kmetijske rastline - genetika in sodobne tehnologije

Financer:Drugi - Drug financer ali več financerjev
Program financ.:Public Scholarship, Development, Disability and Maintenance Fund of the Republic of Slovenia, 245

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj