izpis_h1_title_alt

Democratized image analytics by visual programming through integration of deep models and small-scale machine learning
ID Godec, Primož (Avtor), ID Pančur, Matjaž (Avtor), ID Ilenič, Nejc (Avtor), ID Čopar, Andrej (Avtor), ID Stražar, Martin (Avtor), ID Erjavec, Aleš (Avtor), ID Pretnar Žagar, Ajda (Avtor), ID Demšar, Janez (Avtor), ID Starič, Anže (Avtor), ID Toplak, Marko (Avtor), ID Žagar, Lan (Avtor), ID Hartman, Jan (Avtor), ID Hamilton, Wang (Avtor), ID Bellazzi, Riccardo (Avtor), ID Petrovič, Uroš (Avtor), ID Garagna, Silvia (Avtor), ID Zuccotti, Maurizio (Avtor), ID Park, Dongsu (Avtor), ID Shaulsky, Gad (Avtor), ID Zupan, Blaž (Avtor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,35 MB)
MD5: 0CE6AC40B49EAF2D9DF5D26C2C702E95
URLURL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://www.nature.com/articles/s41467-019-12397-x Povezava se odpre v novem oknu

Izvleček
Analysis of biomedical images requires computational expertize that are uncommon among biomedical scientists. Deep learning approaches for image analysis provide an opportunity to develop user-friendly tools for exploratory data analysis. Here, we use the visual programming toolbox Orange (http://orange.biolab.si) to simplify image analysis by integrating deep-learning embedding, machine learning procedures, and data visualization. Orange supports the construction of data analysis workflows by assembling components for data preprocessing, visualization, and modeling. We equipped Orange with components that use pre-trained deep convolutional networks to profile images with vectors of features. These vectors are used in image clustering and classification in a framework that enables mining of image sets for both novel and experienced users. We demonstrate the utility of the tool in image analysis of progenitor cells in mouse bone healing, identification of developmental competence in mouse oocytes, subcellular protein localization in yeast, and developmental morphology of social amoebae.

Jezik:Angleški jezik
Ključne besede:algorithm, biochemical composition, data assimilation, data mining, image analysis, machine learning, numerical model, protein, visualization
Vrsta gradiva:Članek v reviji
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
BF - Biotehniška fakulteta
Status publikacije:Objavljeno
Različica publikacije:Objavljena publikacija
Leto izida:2019
Št. strani:7 str.
Številčenje:Vol. 10, art. 4551
PID:20.500.12556/RUL-125567 Povezava se odpre v novem oknu
UDK:004.9:577
ISSN pri članku:2041-1723
DOI:10.1038/s41467-019-12397-x Povezava se odpre v novem oknu
COBISS.SI-ID:32755751 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:25.03.2021
Število ogledov:2051
Število prenosov:354
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Gradivo je del revije

Naslov:Nature communications
Skrajšan naslov:Nat. Commun.
Založnik:Nature Publishing Group
ISSN:2041-1723
COBISS.SI-ID:2315876 Povezava se odpre v novem oknu

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.
Začetek licenciranja:25.03.2021

Projekti

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P2-0209
Naslov:Umetna inteligenca in inteligentni sistemi

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:BI-US/17-18-014

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P1-0207
Naslov:Toksini in biomembrane

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:N1-0034
Naslov:Medsebojni vpliv med lipidnim in osrednjim ogljikovim metabolizmom

Financer:NIH - National Institutes of Health
Številka projekta:R35 GM118016

Financer:NIH - National Institutes of Health
Program financ.:National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases
Številka projekta:R01AR072018

Financer:Drugi - Drug financer ali več financerjev
Program financ.:Italian Ministry of Education, University and Research
Naslov:Dipartimenti di Eccelenza Program (2018-2022)

Financer:Drugi - Drug financer ali več financerjev
Program financ.:Fondazione Regionale per la Ricerca Biomedica
Številka projekta:2015-0042

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj