izpis_h1_title_alt

Identifikacija in opis malih molekul RNA pri fitopatogeni glivi Verticillium nonalfalfae
ID Jeseničnik, Taja (Avtor), ID Jakše, Jernej (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu, ID Štajner, Nataša (Komentor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (8,64 MB)
MD5: F07C863C191714165755D45BBB51338C

Izvleček
RNA-interferenca (RNAi) je ohranjen mehanizem regulacije izražanja genov, prisoten v živalih, rastlinah in glivah. Ravno v kraljestvu gliv, na modelnem organizmu Neurospora crassa, je bil mehanizem RNAi intenzivno preučevan, študije pa so vodile v odkritje glavnih komponent mehanizma, ki vodijo proces utišanja, to so proteini od RNA odvisna polimeraza RNA (RdRP), Dicer (DCL) ter Argonavt (AGO). Pri filamentoznih patogenih glivah, kamor uvrščamo tudi glivo Verticillium nonalfalfae (V. nonalfalfae), ki je povzročiteljica vaskularne bolezni hmelja, je bil mehanizem RNAi izpostavljen kot eden izmed mehanizmov patogenosti gliv. Male in mikro molekulam RNA podobne RNA (milRNA) so bile pri glivah vpletene ne samo v regulacijo izražanja endogenih genov, temveč izpostavljene kot efektorji, ki jih glive transportirajo v rastlinske gostitelje, kjer regulirajo izražanje gostiteljevih obrambnih mehanizmov. Zaradi pomembnega doprinosa mehanizma RNAi k patogenosti gliv smo v doktorski disertaciji okarakterizirali mehanizem RNAi pri glivi V. nonalfalfae z identifikacijo ključnih komponent sinteze malih RNA in milRNA ter komponente utišanja tarčnih genov. Potrdili smo obstoj in izražanje dveh proteinov RdRP, dveh DCL in dveh AGO. Nadaljnje smo identificirali ter potrdili izražanje devetih milRNA glive ter potrdili aktivnost mehanizma RNAi z eksperimentalno analizo razreza tarčnih mRNA, napovedanih v anotiranem genomu glive. Z raziskavami v okviru doktorske disertacije smo prvič poročali o obstoju mehanizma RNAi pri glivi V. nonalfalfae, kar bo bistveno doprineslo k razvoju novih strategij zatiranja škodljivca ter nadzora verticilijske bolezni hmelja.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:RNA-interferenca, milRNA, sekvenciranje NGS, AGO, DCL, RdRP, fitopatogene glive, Verticillium nonalfalfae, hmelj, verticilijska uvelost hmelja
Vrsta gradiva:Doktorsko delo/naloga
Tipologija:2.08 - Doktorska disertacija
Organizacija:BF - Biotehniška fakulteta
Založnik:[T. Jeseničnik]
Leto izida:2020
PID:20.500.12556/RUL-118133 Povezava se odpre v novem oknu
UDK:577.2:633.791:632.4(043.3)
COBISS.SI-ID:26308099 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:22.08.2020
Število ogledov:1892
Število prenosov:289
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Identification and characterization of small RNA molecules in phyto-pathogenic fungus Verticillium nonalfalfae
Izvleček:
RNA interference (RNAi) is a conserved mechanism for regulating gene expression in animals, plants and fungi. The RNAi mechanism was studied extensively in the model fungus Neurospora crassa, and these studies led to the identification of the core components of the mechanism, the RNA-dependant RNA polymerase (RdRP), Dicer (DCL) and Argonaut (AGO), that mediate silencing events. In filamentous fungi, including Verticillium nonalfalfae (V. nonalfalfae), the causal agent of wilting disease of hops, the RNAi mechanism was identified as one of the pathogenic mechanisms of these fungi. Small and microRNA-like RNAs (milRNAs) were implicated not only in regulating endogenous genes but also as effectors that fungi can export into host plants, where they regulate the expression of host defence mechanisms. Due to the important contribution of RNAi to the pathogenicity of fungi, in this doctoral dissertation, we characterised the RNAi mecahanism of V. nonalfalfae by identifying the core components of small and milRNA synthesis and the components required for gene silencing. We confirmed the existence and expression of two RdRP, two DCL and two AGO proteins. Furthermore, we identified and validated the expression of nine fungal milRNAs and confirmed the activity of the RNAi by experimental analysis of the target cleavage sites of the target gene models identified in silico in the annotated fungal genome. With the studies conducted in the scope of the doctoral dissertation, we reported on the existence of RNAi in V. nonalfalfae for the first time, and the obtained knowledge will help in the development of new strategies for the management of verticillium wilt disease in hops.

Ključne besede:RNA interference, milRNA, NGS sequencing, AGO, DCL, RdRP, pathogenic plant fungi, Verticillium nonalfalfae, hop, verticillium wilt of hops

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj