Vaš brskalnik ne omogoča JavaScript!
JavaScript je nujen za pravilno delovanje teh spletnih strani. Omogočite JavaScript ali pa uporabite sodobnejši brskalnik.
Nacionalni portal odprte znanosti
Odprta znanost
DiKUL
slv
|
eng
Iskanje
Brskanje
Novo v RUL
Kaj je RUL
V številkah
Pomoč
Prijava
Algoritem za detekcijo komponent kompleksov proteinov v interakciji z RNA : diplomsko delo
ID
SPASIĆ, MILUTIN
(
Avtor
),
ID
Curk, Tomaž
(
Mentor
)
Več o mentorju...
,
ID
Ule, Jernej
(
Komentor
)
PDF - Predstavitvena datoteka,
prenos
(2,51 MB)
MD5: 95DD5B9AA5100583BB6C11CD6BD1AAE2
PID:
20.500.12556/rul/0022ad41-83e9-4d9b-ba8a-801e5ff40a7e
Galerija slik
Izvleček
Proteini so pomembni akterji v mnogih celičnih procesih. Interakcije proteinov in RNA imajo pomembno vlogo pri uravnavanju izražanja genov in posledično njihove funkcije. V interakcijo z RNA navadno vstopa več tako posameznih proteinov kakor tudi skupin proteinov. Metoda iCLIP omogoča do nukleotida natančno detekcijo mest interakcij na RNA z izbranim proteinom. V diplomskem delu smo razvili metodo, ki sprejme nabor mest na RNA, ki so v interakciji z izbranim proteinskim kompleksom. V okolici teh mest nato poišče vzorce interakcij iz nabora interakcij proteinov z RNA, za katere imamo podatke. Najdeni vzorci vključujejo tako posamezne komponente (proteine) danega kompleksa kakor tudi proteine, ki danega kompleksa ne tvorijo, ampak vseeno vplivajo na interakcije kompleksa z RNA. Razvita metoda temelji na postopeku faktorizacije nenegativnih matrik. Metodo smo uspešno preizkusili na podatkih o kompleksu SmB, kjer smo uspešno določiti nekaj proteinov, ki so soudeleženi v kompleksu SmB.
Jezik:
Slovenski jezik
Ključne besede:
interakcije protein-RNA
,
faktorizacija nenegativnih matrik
,
iCLIP
,
kompleksi proteinov in RNA
,
ačunalništvo
,
računalništvo in informatika
,
univerzitetni študij
,
diplomske naloge
Vrsta gradiva:
Diplomsko delo/naloga
Tipologija:
2.11 - Diplomsko delo
Organizacija:
FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
Založnik:
[M. Spasić]
Leto izida:
2014
Št. strani:
50 str.
PID:
20.500.12556/RUL-29479
COBISS.SI-ID:
1536122307
Datum objave v RUL:
17.09.2014
Število ogledov:
1644
Število prenosov:
529
Metapodatki:
Citiraj gradivo
Navadno besedilo
BibTeX
EndNote XML
EndNote/Refer
RIS
ABNT
ACM Ref
AMA
APA
Chicago 17th Author-Date
Harvard
IEEE
ISO 690
MLA
Vancouver
:
Kopiraj citat
Objavi na:
Sekundarni jezik
Jezik:
Angleški jezik
Naslov:
Algorithm for detecting components of ribonucleoprotein complexes
Izvleček:
Proteins play an important role in many processes in a cell. Protein-RNA interactions greatly affect the balancing of gene expressions and consequently their functions. Interaction with RNA may occur with a single protein or a protein complex. iCLIP method is able to detect the protein-RNA crosslink spots with nucleotide resolution. We developed a method that takes a set of crosslink spots that intersect with the choosen protein complex as an input. Method is searching the crosslink spots neighbourhood for the protein-RNA interaction patterns. Found patterns include parts (proteins) of the choosen complex and other proteins that are not a part of the choosen complex, but still affect the interactions of the choosen complex with the RNA. Method that we developed is based on the non-negative matrix factorization. We successfully tested the method on a SmB complex where we found a few proteins that cooporate with SmB complex.
Ključne besede:
protein-RNA interactions
,
nonnegative matrix factorization
,
iCLIP
,
protein complexes
,
computer science
,
computer and information science
,
diploma
Podobna dela
Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:
Nazaj