Vaš brskalnik ne omogoča JavaScript!
JavaScript je nujen za pravilno delovanje teh spletnih strani. Omogočite JavaScript ali pa uporabite sodobnejši brskalnik.
Nacionalni portal odprte znanosti
Odprta znanost
DiKUL
slv
|
eng
Iskanje
Brskanje
Novo v RUL
Kaj je RUL
V številkah
Pomoč
Prijava
All-atom simulations reveal the intricacies of signal transduction upon binding of the HLA-E ligand to the transmembrane inhibitory CD94/NKG2A receptor
ID
Ljubič, Martin
(
Avtor
),
ID
Prašnikar, Eva
(
Avtor
),
ID
Perdih, Andrej
(
Avtor
),
ID
Borišek, Jure
(
Avtor
)
PDF - Predstavitvena datoteka,
prenos
(6,74 MB)
MD5: DD62CD9B8B57F24760EE18155EC88395
URL - Izvorni URL, za dostop obiščite
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c00249
Galerija slik
Izvleček
Natural killer (NK) cells play an important role in the innate immune response against tumors and various pathogens such as viruses and bacteria. Their function is controlled by a wide array of activating and inhibitory receptors, which are expressed on their cell surface. Among them is a dimeric NKG2A/CD94 inhibitory transmembrane (TM) receptor which specifically binds to the non-classical MHC I molecule HLA-E, which is often overexpressed on the surface of senescent and tumor cells. Using the Alphafold 2 artificial intelligence system, we constructed the missing segments of the NKG2A/CD94 receptor and generated its complete 3D structure comprising extracellular (EC), TM, and intracellular regions, which served as a starting point for the multi-microsecond all-atom molecular dynamics simulations of the receptor with and without the bound HLA-E ligand and its nonameric peptide. The simulated models revealed that an intricate interplay of events is taking place between the EC and TM regions ultimately affecting the intracellular immunoreceptor tyrosine-based inhibition motif (ITIM) regions that host the point at which the signal is transmitted further down the inhibitory signaling cascade. Signal transduction through the lipid bilayer was also coupled with the changes in the relative orientation of the NKG2A/CD94 TM helices in response to linker reorganization, mediated by fine-tuned interactions in the EC region of the receptor, taking place after HLA-E binding. This research provides atomistic details of the cells’ protection mechanism against NK cells and broadens the knowledge regarding the TM signaling of ITIM-bearing receptors.
Jezik:
Angleški jezik
Ključne besede:
cells
,
ligands
,
membranes
,
peptides
,
proteins
,
receptors
Vrsta gradiva:
Članek v reviji
Tipologija:
1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:
FFA - Fakulteta za farmacijo
Status publikacije:
Objavljeno
Različica publikacije:
Objavljena publikacija
Leto izida:
2023
Št. strani:
Str. 3486-3499
Številčenje:
Vol. 63, iss. 11
PID:
20.500.12556/RUL-147225
UDK:
577
ISSN pri članku:
1549-960X
DOI:
10.1021/acs.jcim.3c00249
COBISS.SI-ID:
154332419
Datum objave v RUL:
27.06.2023
Število ogledov:
392
Število prenosov:
73
Metapodatki:
Citiraj gradivo
Navadno besedilo
BibTeX
EndNote XML
EndNote/Refer
RIS
ABNT
ACM Ref
AMA
APA
Chicago 17th Author-Date
Harvard
IEEE
ISO 690
MLA
Vancouver
:
Kopiraj citat
Objavi na:
Gradivo je del revije
Naslov:
Journal of chemical information and modeling
Založnik:
Amrican Chemical Society
ISSN:
1549-960X
COBISS.SI-ID:
3037204
Licence
Licenca:
CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:
To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.
Sekundarni jezik
Jezik:
Slovenski jezik
Ključne besede:
biokemija
,
imuski odziv
,
virusi
,
bakterije
,
simulacije
,
receptorji
Projekti
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:
P1-0017
Naslov:
Modeliranje kemijskih procesov in lastnosti spojin
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:
P1-0012
Naslov:
Molekulske simulacije, bioinformatika in načrtovanje zdravilnih učinkovin
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:
J1-3019
Naslov:
Računalniško in eksperimentalno proučevanje modulacije senescentnih celic kot novo orodje za boj proti s starostjo povezanim boleznim
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:
J1-4402
Naslov:
Dinamični model molekulskega stroja DNA topoizomeraze tipa II in razvoj katalitičnih inhibitorjev
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:
N1-0300
Naslov:
Vpogled v imunološki nadzor senescentnih celic: dinamični model zaviralnega in aktivacijskega imunskega kompleksa
Financer:
ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
Program financ.:
Young researchers
Številka projekta:
39012
Podobna dela
Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:
Nazaj