izpis_h1_title_alt

Primerjava strategij za oceno učinkovitosti sgRNA na primeru TLR10.
ID Škof, Maja (Avtor), ID Ogorevc, Jernej (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (2,75 MB)
MD5: FA1682C0EC12EFC94126C441CCF325C4

Izvleček
Pomemben del uspešne uporabe metode CRISPR/Cas9 predstavlja izbira ustrezne sgRNA, ki se veže na tarčno zaporedje DNA. Za optimalno uporabo tehnologije CRISPR/Cas9 mora biti sgRNA učinkovita in specifična. Na voljo je več spletnih orodij, ki predlagajo zaporedja sgRNA, a njihovo dejansko učinkovitost je potrebno preveriti v praksi. Obstaja več metod za validacijo sgRNA, ki temeljijo na različnih principih. V diplomski nalogi smo z različnimi metodami in-vitro validacije preverili učinkovitost štirih sgRNA, ki imajo tarčna mesta v TLR10. Izbrane sgRNA smo nato uporabili za poskus aktivacije transkripcije TLR10 z metodo CRISPRa. V ta namen smo celice A549 transficirali z dCas9 s pripojenimi aktivatorji transkripcije in različnimi sgRNA. Izražanje TLR10 smo uspeli povečati. Možnost regulacije transkripcije s tehnologijo CRISPR predstavlja dobro izhodišče za nadaljnje raziskave vloge tega proteina, ki je najslabše opisan receptor iz družine TLR in še nima definiranega liganda.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:TLR10, CRISPR/Cas, sgRNA
Vrsta gradiva:Diplomsko delo/naloga
Tipologija:2.11 - Diplomsko delo
Organizacija:FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Leto izida:2021
PID:20.500.12556/RUL-126284 Povezava se odpre v novem oknu
COBISS.SI-ID:60839427 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:14.04.2021
Število ogledov:1012
Število prenosov:147
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Comparison of strategies for sgRNA efficiency evaluation on a TLR10 example.
Izvleček:
The important part of using CRISPR/Cas9 method is the selection of adequate sgRNA that binds target region on DNA. Optimal performance of CRISPR/Cas9 technology can be accomplished only with use of highly efficient and specific sgRNA. Numerous web tools that propose possible sgRNA sequences are available. However, the sgRNA efficieny should be evaluated experimentally. Several assays for sgRNA validation based on different approaches are available. This thesis decribes validation of four sgRNA targeting TLR10 gene with different in-vitro validation methods. After validation the sgRNAs were succesfully used for activation of TLR10 transcription using CRISPRa. A549 cells were transfected with transcription activators-fused dCas9 and different sgRNAs. Transcription regulation with CRISPR technology offers solid basis for further research on TLR10, which is the least known receptor of the TLR family with no known ligand.

Ključne besede:TLR10, CRISPR/Cas, sgRNA

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj