Primerjava strategij za oceno učinkovitosti sgRNA na primeru TLR10.

Škof, Maja (avtor), Ogorevc, Jernej (mentor)

Pomemben del uspešne uporabe metode CRISPR/Cas9 predstavlja izbira ustrezne sgRNA, ki se veže na tarčno zaporedje DNA. Za optimalno uporabo tehnologije CRISPR/Cas9 mora biti sgRNA učinkovita in specifična. Na voljo je več spletnih orodij, ki predlagajo zaporedja sgRNA, a njihovo dejansko učinkovitost je potrebno preveriti v praksi. Obstaja več metod za validacijo sgRNA, ki temeljijo na različnih principih. V diplomski nalogi smo z različnimi metodami in-vitro validacije preverili učinkovitost štirih sgRNA, ki imajo tarčna mesta v TLR10. Izbrane sgRNA smo nato uporabili za poskus aktivacije transkripcije TLR10 z metodo CRISPRa. V ta namen smo celice A549 transficirali z dCas9 s pripojenimi aktivatorji transkripcije in različnimi sgRNA. Izražanje TLR10 smo uspeli povečati. Možnost regulacije transkripcije s tehnologijo CRISPR predstavlja dobro izhodišče za nadaljnje raziskave vloge tega proteina, ki je najslabše opisan receptor iz družine TLR in še nima definiranega liganda.

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: TLR10, CRISPR/Cas, sgRNA
• Vrsta gradiva: Diplomsko delo/naloga
• Tipologija: 2.11 - Diplomsko delo
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Leto izida: 2021
• PID: 20.500.12556/RUL-126284
• COBISS.SI-ID: 60839427
• Datum objave v RUL: 14.04.2021

Sekundarni jezik

• Jezik: Angleški jezik
• Naslov: Comparison of strategies for sgRNA efficiency evaluation on a TLR10 example.

Izvleček

The important part of using CRISPR/Cas9 method is the selection of adequate sgRNA that binds target region on DNA. Optimal performance of CRISPR/Cas9 technology can be accomplished only with use of highly efficient and specific sgRNA. Numerous web tools that propose possible sgRNA sequences are available. However, the sgRNA efficieny should be evaluated experimentally. Several assays for sgRNA validation based on different approaches are available. This thesis decribes validation of four sgRNA targeting TLR10 gene with different in-vitro validation methods. After validation the sgRNAs were succesfully used for activation of TLR10 transcription using CRISPRa. A549 cells were transfected with transcription activators-fused dCas9 and different sgRNAs. Transcription regulation with CRISPR technology offers solid basis for further research on TLR10, which is the least known receptor of the TLR family with no known ligand.

• Ključne besede: TLR10, CRISPR/Cas, sgRNA