Optimizacija genetskih testov z mikrosatelitnimi označevalci pri drežniški kozi

Škerlavaj, Tinkara (author), Horvat, Simon (mentor)

Drežniška koza je edina slovenska avtohtona pasma koz. Na območju vasi Drežnice se je razvil mesni tip ter na Bovškem mlečni tip živali. Celotni stalež koz vključenih v genetsko banko je približno 200 živali v 24-ih rejskih središčih. V zadnjem času postajajo genetske analize populacij vse bolj uporabno in uporabljano orodje, ki omogoča vpogled v genetsko ozadje in razvoj populacije. Na eni strani omogočajo oceno stanja genetske raznolikosti, oceno zastopanosti osnovalcev in prednikov, kot tudi oceno prispevka vnesenih genov iz tujih populacij. Po drugi strani pa lahko rezultate izkoristimo za postopno spremembo stanja v ogroženih populacijah, saj lahko uravnotežimo prispevke prednikov v sklad genov populacije, poskušamo izenačiti velikost družin, v plemenilni sezoni uporabiti primerno število čim manj sorodnih plemenjakov. Individualne osebke lahko okarakteriziramo na ravni DNK s pomočjo različnih molekularnih tehnik, ki nam omogočajo odkrivanje genetskih razlik med osebki. Mikrosateliti so visoko polimorfni markerji, ki se nahajajo pretežno v nekodogenih regijah genoma, redkeje pa jih najdemo v kodogenih zaporedjih. Obravnavamo jih kot selekcijsko nevtralne markerje in jih pogosto uporabljamo za populacijske študije in diferenciacijo osebkov tudi znotraj populacij z relativno visokim koeficientom sorodstva. Z raziskavo smo želeli optimizirati genetske teste pri drežniški kozi z določitvijo optimalnih markerjev, ter njihove kombinacije v hkratni reakciji PCR.

• Language: Slovenian
• Keywords: koze, avtohtone pasme, drežniška koza, molekularna genetika, mikrosatelitni označevalci
• Work type: Bachelor thesis/paper
• Organization: BF - Biotechnical Faculty
• Year: 2017
• PID: 20.500.12556/RUL-95659
• COBISS.SI-ID: 3958920
• Publication date in RUL: 21.09.2017

Secondary language

• Language: English
• Title: OPTIMIZATION OF GENETIC ANALYSIS USING MICROSATELLITE INDICATORS AT DREŽNICA GOAT

Abstract

The Drežnica goat is the only Slovenian autochthonous breed of goats. In the area of Drežnica the meat type of goat has been developed and around Bovec valley there has the dairy type of goat been developed. Genetic analysis of animal populations are becoming one of the most useful and used tools in science. Using genetic analyses provides monitoring of genetic background and development of population. They allow assessment of genetic diversity in population as well as the contribution of genes from foreign populations. The genetic results can be used for changing existing population to prevent inbreeding with different tools. Using DNA molecular techniques allowing us to detect differences between species. Microsatelits are one of this techniques. Microsatellites are highly polymorphic loci in regions of DNA containing tandem repeats of a short sequence motif located in noncoding regions. These loci are particularly suitable for population studies because they can be relatively easily scored using a combination of polymerase chain reaction (PCR) amplification of each locus followed by electrophoresis to separate alleles. With the study we want to optimize the genetic test of Drežnica goat with the determination of optimal markers and their combinations in the PCR reaction.

• Keywords: goats, autochthonous breeds, Derežnica goat, molecular genetics, microsatellite markers