Razvoj spletne aplikacije za zaznavanje variabilnosti v zaporedju DNA

AVDIĆ, JASMIN (author), Rožanc, Igor (mentor), Gruden, Kristina (co-mentor)

V diplomski nalogi je predstavljen postopek izdelave spletne aplikacije za zaznavanje variabilnosti v zaporedju DNA z imenom Amplicode 2018. DNA je dvoverižno zaporedje, ki je zgrajeno iz štirih nukleotidov: adenina (A), citozina (C), gvanina (G) in timina (T). Tako kot so organizmi različni med seboj navzven se ti razlikujejo tudi v genetskem zapisu. Različne variacije zaporedij v genu določajo različne lastnosti; npr. pri človeku višino, barvo las, oči, naklonjenost za različne bolezni, ... Spletna aplikacija Amplicode 2018 omogoča zaznavo takšnih variacij v izbranem genu z različnimi odprtokodnimi orodji. Celoten postopek izbire orodij in potrebnih nastavitev se odvija na uporabniku prijazni spletni strani. To lahko uporabljajo tudi manj izkušeni poznavalci operacijskega sistema Linux ter vseh ukazov in stikal, ki jih odprtokodna orodja ponujajo. Končni rezultat je vedno iste oblike, ne glede na različne vmesne korake, kar daje uporabniku možnost analize kakovsti zaznave variacij glede na različna orodja in pomaga pri odločitvah za nadaljnje wet lab korake.

• Language: Slovenian
• Keywords: Bash, DNA, DNA variacije, PHP, Python, poravnava, nukleotid, spletna aplikacija, zaporedje
• Work type: Bachelor thesis/paper
• Organization: FRI - Faculty of Computer and Information Science
• Year: 2018
• PID: 20.500.12556/RUL-103193
• Publication date in RUL: 14.09.2018

Secondary language

• Language: English
• Title: The development of web application for variability detection in the DNA sequence

Abstract

This diploma thesis presents a development of web application for variability detection in the DNA sequence called Amplicode 2018. DNA consists of four nucleotides adenine (A), cytosine (C), guanine (G) and thymine (T) which are interconnected into sequence. The phenotype level differences are related to genetic code at the genotype level. Sequences with different variations can determine particular attributes, for example height, hair colour, pigmentation of the iris, predispositions to specific diseases, etc. Web application Amplicode 2018 enables detection of sequence variations within a gene of choice using different open source tools. The entire tool and parameter selection is carried out using the user-friendly website, that can be used by users with limited knowledge of Linux operating system, commands and switches of open source tools. The end result is consistently provided in the same format, regardless the various intermediate steps. It offers the ability to analyse the quality of the detection of variations with respect to different tools and helps user in further wet lab decisions.

• Keywords: alignment, Bash, DNA, DNA variations, PHP, Python, nucleotide, sequence, web application