Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (4)

1. Tomaž Curk: Computational approaches for gene network discovery
2. Martin Stražar: Low-rank matrix factorization in multiple kernel learning
3. Martin Jakomin: Incremental matrix factorization for simultaneous learning from parallel data streams
4. Amra Omanović: Data embedding and fusion by tropical matrix factorization

Magistrska dela (19)

1. Andrej Čopar: Modeliranje 3D struktur interakcij med proteini in RNA
2. Uroš Slana: Algoritem za iskanje maksimalne klike pri problemu grupiranja sosesk za de novo določanje nukleotidnega zaporedja
3. Gojko Hajduković: Optimal leaf ordering of phylogenetic trees
4. Tilen Kopač: Genome representation and comparison using embeddings
5. Anže Gregorc: Modeliranje interakcij protein-RNA z uporabo globokih konvolucijskih nevronskih mrež nad grafi
6. Andrej Čopar: Modeliranje 3D struktur interakcij med proteini in RNA
7. Aleks Huč: Napovedovanje mesta na RNA v interakciji s proteinom
8. Rok Gomišček: Prikaz in tolmačenje modelov nenegativne matrične faktorizacije
9. Tomaž Borštnik: Napovedovanje aminokislin v interakciji z RNA
10. Lovro Podgoršek: Zlivanje bioloških podatkov z uporabo večmodalnih nevronskih mrež in razcepa matrik
11. Miha Škalič: Integracija bioloških podatkov v napovedni model za odkrivanje molekulskih interakcij pri parodontozi
12. Robert Cvitkovič: Priporočanje izdelkov na zalogi
13. Uroš Bajc: Napovedovanje bakterijskih gostiteljev virusov z zlivanjem napovednih modelov
14. Sara Kužnik: Napovedovanje interakcij med proteini in RNA z globokimi 3D konvolucijskimi nevronskimi mrežami.
15. Tina Avbelj: Priporočanje slikovnih in besedilnih predstavitev turističnim ponudnikom
16. Patrik Kojanec: Modeling cell-to-cell gene expression variability from DNA sequences
17. David Miškić: Transfer learning for prediction of transcription start sites across different plant species
18. Mihael Rajh: Integration of gene expression data with causal networks
19. Uroš Polanc: Deep learning of tissue-specific gene expression from DNA sequences

Diplomska dela (36)

1. JAN PAHULJE: MiSmart – Nadzor kakovosti elektroenergetskega omrežja
2. URBAN SOBAN: Implementacija metode asimetričnega srednjega drevesa za iskanje konsenza filogenetskih dreves
3. MILUTIN SPASIĆ: Algoritem za detekcijo komponent kompleksov proteinov v interakciji z RNA
4. Jani Bevk: Določanje soodvisnih sprememb proteinov z uporabo grafičnih procesnih enot
5. Andraž Krašovec: Prototip sistema za zaznavanje trkov plovil
6. BENJAMIN FELE: Modeliranje trendov kriptovalutnih trgov z uporabo tekstovnih podatkov
7. BORUT BUDNA: Platforma za klasifikacijo zvočnih posnetkov
8. Robert Cvitkovič: Uporaba bioloških omrežij za izračun funkcijske obogatenosti skupine genov
9. TIMOTEJ GALE: Napovedovanje kakovosti povezav v brezžičnih omrežjih
10. Richard Lavrence Mrvar: Generiranje kolaža obrazov
11. MIHA DEBENJAK: Sledenje razvoju raziskovalnih tematik
12. Jan Pahulje: MiSmart - Nadzor kakovosti elektroenergetskega omrežja
13. Milutin Spasić: Algoritem za detekcijo komponent kompleksov proteinov v interakciji z RNA
14. Urban Soban: Implementacija metode asimetričnega srednjega drevesa za iskanje konsenza filogenetskih dreves
15. GREGOR CINK: Generiranje realističnih 3D kolažev obrazov
16. JERNEJ HENIGMAN: Strojno učenje kemijskih reakcij proteinov v interakciji z RNA
17. Teja Roštan: Rezanje nevronskih mrež z matrično faktorizacijo
18. Matic Pajnič: Implementacija paralelnega algoritma za analizo obogatenosti k-terk v genomskih zaporedjih
19. Matej Kopar: Klasifikacija virusnih zaporedij s strojnim učenjem
20. ŽAN STANONIK: Simulacija cestnega prometa z uporabo podatkov s števcev prometa
21. BOŠTJAN SKOK: Spletna aplikacija microCOMB za določanje komponent genske ekspresije
22. SAŠO MARIĆ: Vmesnik za dostop do portala odprtih podatkov Slovenije
23. Matic Bernik: Zlivanje podatkov v relacijskih podatkovnih bazah
24. ALEN NEMEC: Napovedovanje konceptov na podlagi toka dogodkov
25. VID BABIČ: Analiza in napovedovanje števila prikazov spletnih kampanj
26. TIBOR ČUŠ: Modeliranje obratovanja transformatorskih postaj z metodami strojnega učenja
27. Miha Svetelšek: Napovedovanje fenotipa iz podatkov o genotipu posameznikov in celotnih generacij
28. TEJO LIČEN: Uvrščanje družbenih prireditev na podlagi njihovih opisov
29. Gašper Jelovčan: Imputacija visokodimenzionalnih bioloških podatkov
30. Anže Alič: Klasifikacija virusnih in bakterijskih genomov s konvolucijskimi nevronskimi mrežami
31. ALJAŽ GLAVAČ: Vtičnik wiki za administrativno ploščo Django
32. GREGOR NOVAK: Uporaba globokega učenja za detekcijo objektov na fotografijah turističnih nastanitev
33. Tomaž Štrus: Napovedovanje oblike obraza iz genomskega zapisa
34. Rok Stanič: Iskanje povezav med dnevnimi novicami in oblikovanjem proračuna Republike Slovenije
35. JAN ROJC: Primerjava algoritmov za vizualno sledenje gibanja tkiva v endoskopskih videoposnetkih
36. TOBIJA LIČEN: Zaledni spletni sistem za združevanje in izbiranje podatkov o obiskanosti slovenskih gora

Druga dela (3)

1. Martin Stražar, Tomaž Curk: Approximate multiple kernel learning with least-angle regression
2. Amra Omanović, Polona Oblak, Tomaž Curk: Matrix tri-factorization over the tropical semiring
3. Ajda Pretnar Žagar, Tomaž Hočevar, Tomaž Curk: Open data and quantitative techniques for anthropology of road traffic