Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (1)

1. Sabina Kolbl Repinc: Izboljšava anaerobne presnove blata iz komunalnih čistilnih naprav in lignoceluloznih substratov pri pridobivanju bioplina

Magistrska dela (8)

1. Maša Primožič: Biomarkerji človeškega črevesnega mikrobioma za napovedovanje depresije
2. Eva Weber: Ammonium sources for archaeal and bacterial ammonia oxidisers
3. Arijana Filipić: Vpliv mirovanja na mikrobioto prebavnega trakta ljudi
4. Petra Vidali: Sestava bakterijskih združb evropskih in ameriških gorskih ledenikov
5. Domen Zavec: Fizikalno-kemijski parametri in struktura mikrobnih združb ob zagonu industrijskih bioplinskih anaerobnih reaktorjev
6. Dean Melihen: Lastnosti mlekarskih odpadnih voda za pridobivanje bioplina
7. Bojan Papić: Biotehnološki potencial metagenomskih knjižnic iz mikrobnih skupnosti kraških jam
8. Tjaša Cesar: Preučevanje bakterijskih in glivnih združb tal v vinogradih z ekološko pridelavo grozdja

Diplomska dela (15)

1. Iva Lipovšek: Bioinformatska in molekularna analiza parametrov variabilnosti tehnik pri analizi strukture mikrobnih združb
2. Saša Jandrić: Oksigenazna aktivnost metagenomskih klonov in statistična analiza parametrov uspešnosti ekspresije obstoječih metagenomskih knjižnic
3. Nadja Robič: Analiza bakterijske združbe in sedimentov štirih nepovezanih jamskih sistemov
4. Doroteja Repič: Aktivnost in številčnost mikrobne združbe v različnih globinah barjanskih tal
5. Blaž Jesenko: Razlikovanje izolatov bakterije Escherichia coli iz blata zdravih ljudi z metodo ERIC-PCR
6. Miha Žitnik: Identifikacija pritrjenih in planktonskih bakterijskih vrst v dolomitnem vodonosniku
7. Tamara Odar: Aktivnost in struktura bakterijskih mikrobnih združb v ledeniških sedimentih (Spitzbergen, Svalbard, Norveška) v odvisnosti od okoljskih dejavnikov
8. Barbara Blažič: Razvoj genetskih orodij za pripravo metagenomskih knjižnic industrijsko pomembnih encimov
9. Andraž Godicelj: Vpliv prostih nukleinskih kislin na zaznavanje strukture in aktivnosti mikrobnih združb
10. Levin Pal: Aktivnost in struktura denitrifikatorjev v tleh Ljubljanskega barja
11. Lara Resman: Vpliv dejavnikov okolja na dinamiko nitrifikatorjev in na emisije toplogrednih plinov v mikrokozmih tal Ljubljanskega barja
12. Tina Zakotnik: Sestava in aktivnost bakterijskih mikrobnih združb v sedimentih Postojnske jame starih do 700.000 let
13. Rok Lenarčič: Bioremediacijski potencial šotnih tal
14. Nika Zajec: Vpliv okoljskih dejavnikov na aktivnost in pestrost mikrobne združbe v barjanskih tleh
15. Ajda Medjedović: Vpliv različnih pivovarskih odpadkov na proizvodnjo bioplina z granuliranim muljem iz UASB bioreaktorja

Druga dela (35)

1. Blaž Stres, Boštjan Murovec: New primer combinations with comparable melting temperatures detecting highest numbers of nosZ sequences from sequence databases
2. David Stopar, Blaž Stres, Ivan Mahne: Praktikum iz mikrobne ekologije za študente mikrobiologije
3. Blaž Stres: Antibiotic-resistant soil bacteria in high-altitude (5000-6000 m) soils of the Himalaya
4. Blaž Stres, James M. Tiedje, Boštjan Murovec: BEsTRF
5. Nika Zajec, Blaž Stres, Gorazd Avguštin: Distinct approaches for the detection and removal of chimeric 16S rRNA sequences can significantly affect the outcome of between-site comparisons
6. Sabina Kolbl Repinc, Benjamin Bizjan, Vaibhav Budhiraja, Matevž Dular, Jurij Gostiša, Barbara Brajer Humar, Anela Kaurin, Andrej Kržan, Marjetka Levstek, Juan Francisco Morales Arteaga, Martin Petkovšek, Gašper Rak, Blaž Stres, Brane Širok, Ema Žagar, Mojca Zupanc: Integral analysis of hydrodynamic cavitation effects on waste activated sludge characteristics, potentially toxic metals, microorganisms and identification of microplastics
7. COST action 856
8. V. Grüntzig, Blaž Stres, H. L. Ayala del Río, James M. Tiedje: Improved protocol for T-RFLP by capillary electrophoresis
9. Boštjan Murovec, Leon Deutsch, Blaž Stres: Predictive modeling of colorectal cancer using exhaustive analysis of microbiome information layers available from public metagenomic data
10. Leon Deutsch, Blaž Stres: The importance of objective stool classificaton in fecal 1H-NMR metabolomics
11. Matevž Likar, Mateja Grašič, Blaž Stres, Marjana Regvar, Alenka Gaberščik: Original leaf colonisers shape fungal decomposer communities of Phragmites australis in intermittent habitats
12. Domen Novak, Blaž Stres, Ilja Gasan Osojnik Črnivec, Igor Škrjanec, Romana Marinšek-Logar: General microbial community flexibility in biochemical methane potential assay is highly correlated to initial biogas production rates
13. Blaž Stres, Boštjan Murovec: Differences in melting temperatures of degenerated oligonucleotides targettingnitrous oxide reductase (nosZ) genes
14. Blaž Stres: The first decade of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) in microbial ecology
15. Boštjan Murovec, Leon Deutsch, Damjan Osredkar, Blaž Stres: MetaBakery
16. Leon Deutsch, Tadej Debevec, Grégoire P. Millet, Damjan Osredkar, Simona Opara, Robert Šket, Boštjan Murovec, Minca Mramor, Janez Plavec, Blaž Stres: Urine and Fecal $^1$H-NMR metabolomes differ significantly between pre-term and full-term born physically fit healthy adult males
17. Gemma Henderson, Faith Cox, Siva Ganesh, Arjan Jonker, Wayne Young, Peter H. Janssen: Rumen microbial community composition varies with diet and host, but a core microbiome is found across a wide geographical range
18. Eva Maria Prem, Mira Mutschlechner, Blaž Stres, Paul Illmer, Andreas Otto Wagner: Lignin intermediates lead to phenyl acid formation and microbial community shifts in meso- and thermophilic batch reactors
19. Levin Pal, Blaž Stres, Tjaša Danevčič, Simona Leskovec, Ines Mandić-Mulec: Transformations of mineral nitrogen applied to peat soil during sequential oxic/anoxic cycling
20. Blaž Stres, Jadran Faganeli, James M. Tiedje, Laurent Philippot: Frequent freeze-thaw cycles yield diminished yet resistant and responsive microbial communities in two temperate soils
21. Sabina Kolbl Repinc, Leon Deutsch, Dragiša Savić, Franci Steinman, Bojana Danilović, Blaž Stres: The impact of crude glycerol from biodiesel production and its trace element content on biomethane production in a batch experiment - modelling as a step towards impartial routine comparison of results
22. Tanja Kunej, Simon Horvat, Janez Salobir, Blaž Stres, Špela Mikec, Tomaž Accetto, Gorazd Avguštin, Bojana Bogovič Matijašić, Angela Cividini, Andreja Čanžek Majhenič, Marko Čepon, Leon Deutsch, Ida Djurdjevič, Emil Erjavec, Gregor Gorjanc, Antonija Holcman, Dušanka Jordan, Luka Juvančič, Stane Kavčič, Ajda Kermauner, Marija Klopčič, Tina Kocjančič, Milena Kovač, Aleš Kuhar, Andrej Lavrenčič, Jakob Leskovec, Alenka Levart, Špela Malovrh, Romana Marinšek-Logar, Petra Mohar Lorbeg, Mojca Narat, Tanja Obermajer, Diana Paveljšek, Tatjana Pirman, Klemen Potočnik, Ilona Rac, Vida Rezar, Irena Rogelj, Mojca Simčič, Aleš Snoj, Simona Sušnik Bajec, Tanja Šumrada, Dušan Terčič, Primož Treven, Maša Vodovnik, Manja Zupan Šemrov, Jaka Žgajnar, Silvester Žgur, Peter Dovč: How can we advance integrative biology research in animal science in 21st century?
23. Matevž Likar, Marjana Regvar, Ines Mandić-Mulec, Blaž Stres, Hermann Bothe: Diversity and seasonal variations of mycorrhiza and rhizosphere bacteria in three common plant species at the Slovenian Ljubljana Marsh
24. Patrick D. Schloss, Sarah L. Westcott, Thomas Ryabin, Justine R. Hall, Martin Hartmann, Emily B. Hollister, Ryan A. Lesniewski, Brian B. Oakley, Donovan H. Parks, Courtney J. Robinson, Jason W. Sahl, Blaž Stres, Gerhard G. Thallinger, David J. van Horn, Caroly F. Weber: Introducing mothur
25. Boštjan Murovec, James M. Tiedje, Blaž Stres: DNA encoding for an efficient 'Omics processing
26. Domen Novak, Ingrid H. Franke-Whittle, Elizabeta Tratar-Pirc, Vesna Jerman, Heribert Insam, Romana Marinšek-Logar, Blaž Stres: Biotic and abiotic processes contribute to successful anaerobic degradation of cyanide by UASB reactor biomass treating brewery waste water
27. Leon Deutsch, Damjan Osredkar, Janez Plavec, Blaž Stres: Spinal muscular atrophy after nusinersen therapy
28. Sabine M. Podmirseg, María Gómez-Brandón, Markus Muik, Blaž Stres, Martin Hell, Thomas Pümpel, Sudhir Murthy, Kartik Chandran, Hongkeun Park, Heribert Insam, Bernhard Wett: Microbial response on the first full-scale DEMON® biomass transfer for mainstream deammonification
29. Boštjan Murovec, Blaž Stres: Učinkovito kodiranje zaporedij DNA
30. Sabina Kolbl Repinc, Blaž Stres: Tveganja za posameznika in okolje pri proizvodnji bioplina
31. Nataša Ciber, Mateja Dolenc, Benjamin Drakslar, Andreja Gazvoda, Nika Klinec, Bojan Papić, Anja Pugelj, Katarina Šimunović, Tamara Zoran, Tina Zupančič, Blaž Stres: The outcomes of metabolic, molecular and physical-chemical characterization of intestinal tract microbiome on a four mammalian species model
32. Boštjan Murovec, Leon Deutsch, Blaž Stres: General Unified Microbiome Profiling Pipeline (GUMPP) for large scale, streamlined and reproducible analysis of bacterial 16S rRNA data to predicted microbial metagenomes, enzymatic reactions and metabolic pathways
33. Boštjan Murovec, Leon Deutsch, Blaž Stres: Computational framework for high-quality production and large-scale evolutionary analysis of metagenome assembled genomes
34. Zdravje živali in spremljanje kazalnikov zdravja živali
35. Mojca Zupanc, Barbara Brajer Humar, Matevž Dular, Jurij Gostiša, Marko Hočevar, Sabina Kolbl Repinc, Mario Krzyk, Lovrenc Novak, Jernej Ortar, Žiga Pandur, Blaž Stres, Martin Petkovšek: The use of hydrodynamic cavitation for waste-to-energy approach to enhance methane production from waste activated sludge