Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (4)

1. Andraž Lamut: Načrtovanje in sinteza novih protimikrobno delujočih zaviralcev DNA-giraze in Hsp90
2. Gregor Jug: Uporaba molekulskega modeliranja pri načrtovanju antagonistov DC-SIGN in in vitro vrednotenje njihovega učinka
3. Špela Gubič: Načrtovanje in sinteza novih zaviralcev napetostno odvisnih kalijevih kanalov KV 1.3 in KV 10.1 s protitumornim delovanjem
4. Žan Toplak: Računalniško podprto načrtovanje in sinteza novih zaviralcev napetostno odvisnih kalijevih kanalov hEAG1 s protitumornim delovanjem

Magistrska dela (28)

1. Črt Ferant: Sinteza 4-bromo- in 3,4-dibromo-5-metil-1H-pirol-2-karboksamidov kot novih ATP kompetitivnih zaviralcev bakterijske DNA giraze B
2. Tjaša Jeke: Sinteza in biološko vrednotenje glicerolomanozidnih dendronov kot potencialnih antagonistov receptorja DC-SIGN
3. Nastja Marinčič: Sinteza sideroforov in konjugatov siderofor-zaviralcev DNA-giraze B
4. Elvedin Drndalaj: Sinteza tetravalentnih diarilglicerolomanozidov z etilglikolnim distančnikom kot potencialnih antagonistov receptorja DC-SIGN
5. Jasna Lorber: Vpliv substituentov na pirolnem obroču na aktivnost 4,5,6,7-tetrahidrobenzo[1,2-d]tiazolnih zaviralcev DNA giraze B
6. Ines Klemenčič: Sinteza etilsečninskih derivatov 4,5,6,7-tetrahidrobenzo[1,2-d]tiazol-2-6-diamina kot zaviralcev DNA giraze
7. Sabrina Kolenko: Sinteza novih 4,5-dibromopirolamidnih zaviralcev DNA giraze B in njihovih konjugatov s siderofori
8. Katja Vrtačnik: Sinteza monovalentnih in tetravalentnih glicerolomanozidov kot potencialnih antagonistov receptorja DC-SIGN
9. Helena Trnovec: Sinteza indolamidnih in dikloropirolamidnih zaviralcev DNA giraze B
10. Nika Hribernik: Načrtovanje in sinteza novih pirolamidnih zaviralcev DNA
11. Anja Kogoj: Sinteza pirolamidnih derivatov 4,5,6,7-tetrahidrobenzo[1,2-d]tiazol-2,6-diamina kot zaviralcev DNA-giraze B
12. Alen Kužat: Sinteza 3,4-dikloro-5-metil-1H-pirol-2-karboksamidnih zaviralcev DNA-giraze in topoizomeraze IV
13. Lidija Kovač: Načrtovanje in sinteza pirolamidnih zaviralcev proteina toplotnega šoka 90 (Hsp90) in DNA-giraze
14. Katja Vendramin: Načrtovanje in sinteza D-manozidov kot potencialnih antagonistov lektina FimH
15. Žiga Skok: Načrtovanje in sinteza derivatov 2-aminotiazola kot ATP-kompetitivnih zaviralcev HSP90 in DNA-giraze
16. Jerneja Kladnik: Sinteza potencialnih antagonistov pregnanskega X-receptorja in blokatorjev napetnostno odvisnih kalijevih kanalov z bazedoksifenskim ogrodjem
17. Suzana Kranjčec: Sinteza C-manozidov kot potencialnih antagonistov lektinskega receptorja FimH
18. Matic Mirt, Nina Žigart: Načrtovanje in sinteza novih derivatov tiazolov kot zaviralcev DNA-giraze B
19. Tina Kitanović: Sinteza etilsečninskih zaviralcev DNA-giraze B z benzotiazol-2,6-diaminskim ogrodjem
20. Amadeja Zgaga: Načrtovanje in sinteza benzotiazolnih zaviralcev HSP90 in DNA-giraze
21. Nina Malešič: Načrtovanje in sinteza C-manozidov in N-manodizov kot potencialnih antagonistov lektina FimH
22. Sara Vučko: Sinteza in biološko vrednotenje glicerolomanozidov kot potencialnih antagonistov lektinov DC-SIGN in FimH
23. Žan Toplak: Načrtovanje in sinteza pirazol[3,4-D]pirimidinov kot potencialnih antagonistov receptorja NOD2 in benzotiazolpirolamidov kot zaviralcev DNA-giraze
24. Kaja Grčar: Proučevanje vezave zaviralcev napetostno odvisnega natrijevega kanala 1.3 s pomočjo molekulskega sidranja
25. Anja Birjukov: Sinteza konjugatov 4,5,6,7-tetrahidrobenzotiazolnih zaviralcev DNA-giraze s siderofori
26. Miha Červek: Računalniško podprto odkrivanje in načrtovanje potencialnih zaviralcev O-GlcNAc transferaze
27. Aleš Nartnik: Sinteza etilsečninskih derivatov 2-aminotiazola kot potencialnih zaviralcev DNA-giraze
28. Tjaša Jeke: Sinteza in biološko vrednotenje glicerolomanozidnih dendronov kot potencialnih antagonistov receptorja DC-SIGN

Diplomska dela (7)

1. Andrej Prudnikov: Sinteza prekurzorjev kateholnih sideroforov kot gradnikov za izboljšanje protibakterijskega delovanja zaviralcev bakterijskih encimov
2. Andraž Palandačič: Povezava med fizikalno-kemijskimi lastnostmi in protibakterijskim delovanjem zaviralcev DNA-giraze
3. Kristina Vrtačnik: Sinteza novih inhibitorjev ligaz Mur s tiazolidin-4-onskim in 1,3,5-triazinskim ogrodjem
4. Karmen Robnik: Sinteza in vrednotenje reduciranih analogov 5-benzilidentiazolidin-4-onov kot potencialnih inhibitorjev ligaze MurD
5. Jasmina Horvat: Sinteza tiopirano[2,3-d]tiazolov in uporaba virtualnega rešetanja pri odkrivanju novih zaviralcev ligaze MurD
6. Sanja Nabergoj: Vrednotenje proaptotičnega delovanja sinteznih analogov klatrodina na humanih celicah embrionalnega karcinoma NTERA-2 klon D1
7. Mateja Osterc: Iskanje novih potencialnih zaviralcev DNA-giraze B s pomočjo rešetanja na osnovi strukture liganda in strukturno podprtega virtualnega rešetanja

Druga dela (48)

1. Špela Gubič, Žan Toplak, Štefan Možina, Tihomir Tomašič, Lucija Peterlin-Mašič: Design of new potent and selective thiophene-based K$_V$1.3 inhibitors and their potential for anticancer activity
2. Živa Zajec, Jaka Dernovšek, Jernej Cingl, Iza Ogris, Marius Gedgaudas, Asta Zubrienė, Ana Mitrović, Simona Golič Grdadolnik, Martina Gobec, Tihomir Tomašič: New class of Hsp90 C-terminal domain inhibitors with anti-tumor properties against triple-negative breast cancer
3. Tihomir Tomašič, Martina Durcik, Bradley M. Keegan, Darja Gramec, Živa Zajec, Brian S. J. Blagg, Sharon D. Bryant: Discovery of novel Hsp90 C-terminal inhibitors using 3D-pharmacophores derived from molecular dynamics simulations
4. Žan Toplak, Louise Antonia Hendrickx, Špela Gubič, Štefan Možina, Bojana Žegura, Alja Štern, Matjaž Novak, Xiaoyi Shi, Steve Peigneur, Jan Tytgat, Tihomir Tomašič, Luis A. Pardo, Lucija Peterlin-Mašič: 3D pharmacophore-based discovery of novel Kv10.1 inhibitors with antiproliferative activity
5. Martina Durcik, Andrej Emanuel Cotman, Žan Toplak, Štefan Možina, Žiga Skok, Maria Vittoria Piras, Nace Zidar, Janez Ilaš, Anamarija Zega, Jurij Trontelj, Danijel Kikelj, Tihomir Tomašič, Lucija Peterlin-Mašič: New dual inhibitors of bacterial topoisomerases with broad-spectrum antibacterial activity and in vivo efficacy against vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus
6. Jaka Dernovšek, Živa Zajec, Martina Durcik, Lucija Peterlin-Mašič, Martina Gobec, Nace Zidar, Tihomir Tomašič: Structure-activity relationships of benzothiazole-based Hsp90 C-terminal-domain inhibitors
7. Žan Toplak, Franci Merzel, Luis A. Pardo, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič: Molecular dynamics-derived pharmacophore model explaining the nonselective aspect of K$_V$10.1 pore blockers
8. Tihomir Tomašič, Asta Zubrienė, Žiga Skok, Riccardo Martini, Stane Pajk, Izidor Sosič, Janez Ilaš, Daumantas Matulis, Sharon D. Bryant: Selective DNA gyrase inhibitors
9. Jaka Dernovšek, Živa Zajec, Goran Poje, Dunja Urbančič, Tjaša Goričan, Simona Golič Grdadolnik, Irena Mlinarič-Raščan, Andrej Emanuel Cotman, Nace Zidar, Tihomir Tomašič: Exploration and optimisation of structure-activity relationships of new triazole-based C-terminal Hsp90 inhibitors towards in vivo anticancer potency
10. Špela Gubič, Louise Antonia Hendrickx, Žan Toplak, Maša Sterle, Steve Peigneur, Tihomir Tomašič, Luis A. Pardo, Jan Tytgat, Anamarija Zega, Lucija Peterlin-Mašič: Discovery of K$_V$1.3 ion channel inhibitors
11. Žiga Skok, Martina Durcik, Živa Zajec, Darja Gramec, Krištof Bozovičar, Anja Pišlar, Tihomir Tomašič, Anamarija Zega, Lucija Peterlin-Mašič, Danijel Kikelj, Nace Zidar, Janez Ilaš: ATP-competitive inhibitors of human DNA topoisomerase IIα with improved antiproliferative activity based on N-phenylpyrrolamide scaffold
12. Anne-Sophie Depuydt, Piyush A. Patel, Žan Toplak, Chinmaya Bhat, Manuela Voráčová, Irene Eteläinen, Fiammetta Vitulano, Nives Hribernik, Tihomir Tomašič, Lucija Peterlin-Mašič: Structure-function studies of sponge-derived compounds on the cardiac CaV3.1 channel
13. Janja Sluga, Tihomir Tomašič, Marko Anderluh, Martina Hrast, Gregor Bajc, Alen Sevšek, Nathaniel I. Martin, Roland J. Pieters, Marjana Novič, Katja Venko: Targeting N-acetylglucosaminidase in Staphylococcus aureus with iminosugar inhibitors
14. Nace Zidar, Alessia Onali, Peter Peršolja, Davide Benedetto Tiz, Jaka Dernovšek, Žiga Skok, Martina Durcik, Andrej Emanuel Cotman, Martina Hrast, Anamarija Zega, Lucija Peterlin-Mašič, Janez Ilaš, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj: Improved N-phenylpyrrolamide inhibitors of DNA gyrase as antibacterial agents for high-priority bacterial strains
15. Samo Guzelj, Tihomir Tomašič, Žiga Jakopin: Novel scaffolds for modulation of NOD2 identified by pharmacophore-based virtual screening
16. Elena Maria Loi, Tihomir Tomašič, Cyril Balsollier, Kevin van Eekelen, Matjaž Weiss, Martina Gobec, Matthew G Alteen, David J. Vocadlo, Roland J. Pieters, Marko Anderluh: Discovery of a new drug-like series of OGT inhibitors by virtual screening
17. Žiga Jakopin, Janez Ilaš, Michaela Barančokova, Matjaž Brvar, Päivi Tammela, Marija Sollner Dolenc, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj: Discovery of substituted oxadiazoles as a novel scaffold for DNA gyrase inhibitors
18. Tihomir Tomašič, Matic Mirt, Michaela Barančokova, Janez Ilaš, Nace Zidar, Päivi Tammela, Danijel Kikelj: Design, synthesis and biological evaluation of 4,5-dibromo-N-(thiazol-2-yl)-1H-pyrrole-2-carboxamide derivatives as novel DNA gyrase inhibitors
19. Elena Maria Loi, Matjaž Weiss, Stane Pajk, Martina Gobec, Tihomir Tomašič, Roland J. Pieters, Marko Anderluh: Intracellular hydrolysis of small-molecule O-linked N-acetylglucosamine transferase inhibitors differs among cells and is not required for its inhibition
20. Martina Durcik, Päivi Tammela, Michaela Barančokova, Tihomir Tomašič, Janez Ilaš, Danijel Kikelj, Nace Zidar: Synthesis and evaluation of N-phenylpyrrolamides as DNA gyrase B inhibitors
21. Martina Durcik, Žiga Skok, Janez Ilaš, Nace Zidar, Anamarija Zega, Petra Szili, Gábor Draskovits, T. Revesz, Danijel Kikelj, Ákos Nyerges, Csaba Pál, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič: Hybrid inhibitors of DNA gyrase A and B
22. Sjors van Klaveren, Jaka Dernovšek, Žiga Jakopin, Marko Anderluh, Hakon Leffler, Ulf J. Nilsson, Tihomir Tomašič: Design and synthesis of novel 3-triazolyl-1-thiogalactosides as galectin-1, -3 and -8 inhibitors
23. Živa Zajec, Jaka Dernovšek, Martina Gobec, Tihomir Tomašič: In silico discovery and optimisation of a novel structural class of Hsp90 C-terminal domain inhibitors
24. Marina Gjorgjieva, Tihomir Tomašič, Michaela Barančokova, Sotirios Katsamakas, Janez Ilaš, Päivi Tammela, Lucija Peterlin-Mašič, Danijel Kikelj: Discovery of benzothiazole scaffold-based DNA gyrase B inhibitors
25. Martina Durcik, Darja Gramec, Tihomir Tomašič, Jurij Trontelj, Lucija Peterlin-Mašič: Last piece in the puzzle of bisphenols BPA, BPS and BPF metabolism
26. Špela Gubič, Žan Toplak, Xiaoyi Shi, Jaka Dernovšek, Louise Antonia Hendrickx, Ernesto Lopes Pinheiro-Junior, Steve Peigneur, Jan Tytgat, Luis A. Pardo, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič: New diarylamine KV10.1 inhibitors and their anticancer potential
27. Mujtaba Hassan, Floriane Baussière, Samo Guzelj, Anders Sundin, Maria Håkansson, Rebeka Kovačič, Hakon Leffler, Tihomir Tomašič, Marko Anderluh, Žiga Jakopin: Structure-guided design of D-galactal derivatives with high affinity and selectivity for the galectin-8 n-terminal domain
28. Mujtaba Hassan, Sjors van Klaveren, Maria Håkansson, Carl Diehl, Rebeka Kovačič, Floriane Baussière, Anders Sundin, Jaka Dernovšek, Marko Anderluh, Tihomir Tomašič, Žiga Jakopin: Benzimidazole-galactosides bind selectively to the galectin-8 N-terminal domain
29. Matjaž Weiss, Elena Maria Loi, Maša Sterle, Cyril Balsollier, Tihomir Tomašič, Roland J. Pieters, Martina Gobec, Marko Anderluh: New quinolinone O-GlcNAc transferase inhibitors based on fragment growth
30. Nace Zidar, Daniela Secci, Tihomir Tomašič, Lucija Peterlin-Mašič, Danijel Kikelj, Daniele Passarella, Aida Nelly Garcia Argaez, Mariafrancesca Hyeraci, Lisa Via Dalla: Synthesis, antiproliferative effect and topoisomerase II inhibitory activity of 3-methyl-2-phenyl-1H-indoles
31. Žiga Skok, Michaela Barančokova, Ondřej Benek, Cristina Durante Cruz, Päivi Tammela, Tihomir Tomašič, Nace Zidar, Lucija Peterlin-Mašič, Anamarija Zega, Danijel Kikelj, Janez Ilaš: Exploring the chemical space of benzothiazole-based DNA gyrase B inhibitors
32. Martina Durcik, Žan Toplak, Nace Zidar, Janez Ilaš, Anamarija Zega, Danijel Kikelj, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič: Efficient synthesis of hydroxy-substituted 2-aminobenzo[d]thiazole-6-carboxylic acid derivatives as new building blocks in drug discovery
33. Ákos Nyerges, Tihomir Tomašič, Martina Durcik, T. Revesz, Petra Szili, Žiga Skok, Nace Zidar, Janez Ilaš, Anamarija Zega, Danijel Kikelj, Lucija Peterlin-Mašič: Rational design of balanced dual-targeting antibiotics with limited resistance
34. Andrej Emanuel Cotman, Pavel A. Dub, Maša Sterle, Matic Lozinšek, Jaka Dernovšek, Živa Zajec, Anamarija Zega, Tihomir Tomašič, Dominique Cahard: Catalytic stereoconvergent synthesis of homochiral β‑CF$_3$, β‑SCF$_3$, and β‑OCF$_3$ benzylic alcohols
35. Andrej Emanuel Cotman, Martina Durcik, Davide Benedetto Tiz, Federica Fulgheri, Daniela Secci, Maša Sterle, Štefan Možina, Žiga Skok, Nace Zidar, Anamarija Zega, Janez Ilaš, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj: Discovery and hit-to-lead optimization of benzothiazole scaffold-based DNA gyrase inhibitors with potent activity against Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa
36. Živa Zajec, Jaka Dernovšek, Martin Distel, Martina Gobec, Tihomir Tomašič: Optimisation of pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one derivatives as novel Hsp90 C-terminal domain inhibitors against Ewing sarcoma
37. Caterina Sturtzel, Živa Zajec, Jaka Dernovšek, Tihomir Tomašič, Sabine Taschner-Mandl, Martin Distel: Refined high-content imaging-based phenotypic drug screening in zebrafish xenografts
38. Nace Zidar, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj, Martina Durcik, Jan Tytgat, Steve Peigneur, Marc Rogers, Alexander Haworth, Robert W. Kirby: New aryl and acylsulfonamides as state-dependent inhibitors of Na$_v$1.3 voltage-gated sodium channel
39. Jaka Dernovšek, Tihomir Tomašič: Following the design path of isoform-selective Hsp90 inhibitors
40. Špela Gubič, Janez Ilaš, Tihomir Tomašič, Annarosa Arcangeli, Lucija Peterlin-Mašič: Immunosuppressive effects of new thiophene-based K$_V$1.3 inhibitors
41. Maša Sterle, Martina Durcik, Danijel Kikelj, Nace Zidar, Lucija Peterlin-Mašič, Janez Ilaš, Tihomir Tomašič, Andrej Emanuel Cotman, Anamarija Zega: Exploring the 5-substituted 2-aminobenzothiazole-based DNA gyrase B inhibitors active against ESKAPE pathogens
42. Simona Hašanová, Jernej Cingl, Tihomir Tomašič, Andrej Emanuel Cotman: Catalytic performance of Noyori–Ikariya-type ruthenium complex with tethered syn-ULTAM ligand for the asymmetric transfer hydrogenation of ketones
43. Nace Zidar, Andrej Emanuel Cotman, Wessel Sinnige, Ondřej Benek, Michaela Barančokova, Anamarija Zega, Lucija Peterlin-Mašič, Tihomir Tomašič, Janez Ilaš, Ricardo D. Enriz, Danijel Kikelj: Exploring the interaction of N-(benzothiazol-2-yl)pyrrolamide DNA gyrase inhibitors with the GyrB ATP-binding site lipophilic floor
44. Martina Piga, Zoltán Varga, Ádám Fehér, Ferenc Papp, Eva Korpos Pintye-Gyuri, Kavya C. Bangera, Rok Frlan, Janez Ilaš, Jaka Dernovšek, Tihomir Tomašič, Nace Zidar: Identification of a novel structural class of H$_v$1 inhibitors by structure-based virtual screening
45. Jaka Dernovšek, Nina Gradišek, Živa Zajec, Dunja Urbančič, Jernej Cingl, Tjaša Goričan, Simona Golič Grdadolnik, Tihomir Tomašič: Discovery of new Hsp90–Cdc37 protein–protein interaction inhibitors
46. Andrej Emanuel Cotman, Federica Fulgheri, Martina Piga, Peter Peršolja, Davide Benedetto Tiz, Žiga Skok, Martina Durcik, Maša Sterle, Jaka Dernovšek, Anamarija Zega, Lucija Peterlin-Mašič, Janez Ilaš, Tihomir Tomašič, Danijel Kikelj, Nace Zidar: New N-phenylpyrrolamide inhibitors of DNA gyrase with improved antibacterial activity
47. Jaka Dernovšek, Živa Zajec, Dunja Urbančič, Ana Jug, Žiga Skok, Janez Ilaš, Nace Zidar, Tihomir Tomašič: Hiding in plain sight
48. Jaka Dernovšek, Dunja Urbančič, Živa Zajec, Žiga Skok, Janez Ilaš, Nace Zidar, Tihomir Tomašič: First dual inhibitors of human topoisomerase IIα and Hsp90 C-terminal domain inhibit the growth of Ewing sarcoma in vitro and in vivo