Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (2)

1. Miha Moškon: Modeli in metrike dinamike preklopa v enostavnih bioloških sistemih za potrebe računalniških struktur prihodnosti
2. Mattia Petroni: Računalniško podprta metodologija za analizo občutljivosti večnivojskih stohastičnih modelov bioloških preklopnih gradnikov

Magistrska dela (10)

1. Beno Šircelj: Modeling of Production Processes with Mathematical Logic
2. Simon Arbajter: Analiza toka in načina hrambe podatkov o obravnavah pacientov v Urgentnem kirurškem bloku UKC Ljubljana
3. Silvo Gazvoda: Pregled orodij za agentno modeliranje bioloških sistemov in njihova uporaba na modelu večceličnega biološkega oscilatorja
4. Žiga Pušnik: Analiza prostora dopustnih rešitev v visoko-dimenzionalnih dinamičnih modelih bioloških sistemov
5. Roman Komac: Računalniško načrtovanje večceličnih sinhronskih procesnih struktur
6. Nina Velikajne: Pregled in uporaba metod za populacijsko analizo ritmičnosti
7. Jurij Nastran: Integration and analysis of scRNAseq data using genome-scale metabolic models
8. Živa Škof: Pristopi za avtomatizirano analizo metabolnih modelov na nivoju genoma
9. Jaka Bernard: Pregled, implementacija in ovrednotenje metod za predprocesiranje ritmičnih podatkov
10. Urban Kocmut: Avtomatizirano določanje optimalnega števila komponent pri analizi ritmičnih podatkov z modelom cosinor

Diplomska dela (31)

1. OŽBOLT MENEGATTI: Vzorčni primeri rešitev za RasberryPi
2. Silvo Gazvoda: Analiza delovanja računalniških omrežij s programskim orodjem CACTI
3. MATJAŽ GULJA: Analiza računalniškega omrežja na primeru Dijaškega doma Tabor
4. JURE JANŠA: Merjenje zmogljivosti in optimizacija navideznih naprav DataPower
5. NIK MIŠKOVIČ: Analiza storitve FlipIT z vidika časa dostopa
6. NEJC POLJANŠEK: Vzpostavitev spletnega vmesnika za prikaz tenziomiografskih meritev
7. Jakob Dorn: Napadi DMA na operacijske sisteme Windows
8. Ožbolt Menegatti: Vzorčni primeri programskih rešitev za Raspberry Pi
9. Maks Popović: Uporabniški vmesnik za upravljanje z datotekami in izvajanje analiz na visoko zmogljivih sistemih
10. TIMOTEJ OSOLIN: Zasnova translacije bioloških modelov v SBML zapis
11. Matej Stipič: Razvoj modula za upravljanje delovnih obremenitev v sistemu AtlasWMS
12. ALEKSANDER MERHAR: Razvoj spletne aplikacije za analizo PCR podatkov
13. NATAŠA VODOPIVEC: Prenos meritev pametne zapestnice v enovito podatkovno bazo
14. Urban Leben: Programska rešitev avtomatizacije procesa sestave turističnega itinerarja
15. Lidija Magdevska: Uporaba mehke logike za modeliranje bioloških sistemov na primeru signalne poti MAPK
16. MARKO BOLČIČ TAVČAR: Detekcija in preprečevanje napadov DDOS v okolju manjšega ponudnika internetnih storitev
17. NEJC NADIŽAR: Vzpostavitev informacijskega okolja za vodenje evidence bioloških vzorcev
18. NERMIN JUKAN: Razvoj spletne platforme za vizualizacijo in deljenje medicinskih algoritmov
19. JAŠA PLOHL: Spremljanje porabe preko spletnih orodij za vizualizacijo meritev
20. SERGEJ MUNDA: Spletna aplikacija za samodejno izdelavo sedežnih redov
21. LUKA ŽNIDARŠIČ: Mobilna aplikacija za določanje lokacij z optimalnim vremenom
22. David Miškić: Pregled in primerjava računskih pristopov za analizo ritmičnega izražanja genov
23. Jurij Nastran: Analiza uporabe hiperelipsoidov pri ocenjevanju robustnosti biološkega procesorja
24. MATEJ AJSTER: Spletna aplikacija za analizo in vizualizacijo cirkadianih podatkov s knjižnico CosinorPy
25. MATEJ VRANKAR: Razvoj aplikacije za izmenjavo sporočil na platformi Android
26. Nina Velikajne: Pregled in uporaba računskih metod za analizo ritmične pojavnosti dogodkov
27. ALJAŽ GRDADOLNIK: Pregled in primerjava metahevrističnih pristopov pri določanju dopustnih vrednosti parametrov dinamičnega sistema
28. MIMI KLINEC: Agentno modeliranje dinamike tropov volkov v okolju NetLogo
29. Nika Marolt: Analiza prometnih omrežij z uporabo računskih pristopov za analizo presnovnih omrežij
30. LUKA RATEJ: Primerjava prometnih trendov na podlagi računskih analiz štetja prometa
31. JERNEJ KNIFIC: Ocenjevanje kakovosti bivanja na izbrani lokaciji glede na uporabnikove preference

Druga dela (16)

1. Tadeja Režen, Alexandre Martins, Miha Mraz, Nikolaj Zimic, Damjana Rozman, Miha Moškon: Integration of omics data to generate and analyse COVID-19 specific genome-scale metabolic models
2. Kaja Blagotinšek Cokan, Žiga Urlep, Miha Moškon, Miha Mraz, Xiang Yi Kong, Winnie Eskild, Damjana Rozman, Peter Juvan, Tadeja Režen: Common transcriptional program of liver fibrosis in mouse genetic models and humans
3. Miha Janež, Špela Verovšek, Tadeja Zupančič, Miha Moškon: Citizen science for traffic monitoring
4. Lidija Magdevska, Miha Mraz, Nikolaj Zimic, Miha Moškon: Initial state perturbations as a validation method for data-driven fuzzy models of cellular networks
5. Tanja Cvitanović Tomaš, Žiga Urlep, Miha Moškon, Miha Mraz, Damjana Rozman: LiverSex computational model
6. Špela Verovšek, Matevž Juvančič, Simon Petrovčič, Tadeja Zupančič, Matija Svetina, Miha Janež, Žiga Pušnik, Nina Velikajne, Miha Moškon: An integrative approach to neighbourhood sustainability assessments using publicly available traffic data
7. Šimen Ravnik, Ines Žabkar, Uršula Prosenc Zmrzljak, Ivana Jovchevska, Neja Šamec, Miha Moškon, Alja Videtič Paska: OligoPrime
8. Andrew Walakira, Damjana Rozman, Tadeja Režen, Miha Mraz, Miha Moškon: Guided extraction of genome-scale metabolic models for the integration and analysis of omics data
9. Urša Kovač, Zala Žužek, Lucija Raspor Dall'Olio, Katka Pohar, Alojz Ihan, Miha Moškon, Damjana Rozman, Marjanca Starčič Erjavec: Escherichia coli affects expression of circadian clock genes in human hepatoma cells
10. Nina Velikajne, Miha Moškon: RhythmCount
11. Žiga Pušnik, Miha Mraz, Nikolaj Zimic, Miha Moškon: Review and assessment of Boolean approaches for inference of gene regulatory networks
12. Miha Moškon, Žiga Pušnik, Lidija Stanovnik, Nikolaj Zimic, Miha Mraz: A computational design of a programmable biological processor
13. Andrew Walakira, Cene Skubic, Nejc Nadižar, Damjana Rozman, Tadeja Režen, Miha Mraz, Miha Moškon: Integrative computational modeling to unravel novel potential biomarkers in hepatocellular carcinoma
14. Miha Moškon, Tadeja Režen, Matevž Juvančič, Špela Verovšek: Integrative analysis of rhythmicity
15. Ana Halužan Vasle, Miha Moškon: Synthetic biological neural networks
16. Žiga Pušnik, Miha Mraz, Nikolaj Zimic, Miha Moškon: SAILoR