Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (3)

1. Luka Ausec: Bakterijske lakaze od gena do encima
2. Anna Dragoš: Social interactions of Bacillus subtilis
3. Marijan Bajić: Development of miniaturized packed bed reactors with immobilized enzymes for biocatalytic processes

Magistrska dela (18)

1. Sabina Žalig: Vpliv farmacevtikov na bakterijsko združbo v pilotnih čistilnih napravah
2. Domen Zavec: Fizikalno-kemijski parametri in struktura mikrobnih združb ob zagonu industrijskih bioplinskih anaerobnih reaktorjev
3. Jerneja Planinc: Genotipska in fenotipska karakterizacija nabrežnih izolatov Bacillus subtilis
4. Klara Bojanovič: Uporaba RNAi za odkrivanje genov virulentnih dejavnikov kvasovke Candida glabrata
5. Eva Weber: Ammonium sources for archaeal and bacterial ammonia oxidisers
6. Taja Železnik Ramuta: Vloga amnijske membrane pri zaviranju rasti rakavih urotelijskih celic in uropatogene bakterije Escherichia coli
7. Mihael Špacapan: Povezava med celično gostoto, koncentracijo signalnega peptida in odzivom na signal pri bakteriji Bacillus subtilis
8. Barbara Brajer Humar: Sestava in aktivnost mikrobne združbe nitrifikacijskih bakterij v imobilizirani biokulturi
9. Bernarda Benko: Analiza potenciala sevov Bacillus spp. za biozaščito in pospeševanje rasti rastlin
10. Aleksander Mahnič: Vpliv bogatitve z ligninom na sestavo bakterijskih lakaznih genov v talnih mikrokozmih
11. Martina Štampar: Razvoj metode za določanje kompeticije med rojenjem bakterije Bacillus subtilis
12. Anton Govednik: Dynamics of denitrifying soil microbial community and greenhouse gas emissions under conventional and organic system of winter wheat production in dependence of pre-crop and fertilization
13. Anita Bahor: Optimizacija proizvodnje surfaktina z manipulacijo sistema za zaznavanje celične gostote ter gojišča pri bakteriji Bacillus subtilis
14. Ivanka Krajnik: Učinkovitost čiščenja odpadnih voda v rastlinski čistilni napravi ob zagonu
15. Matjaž Rejec: Struktura talnih mikrobnih združb v odvisnosti od načina obdelave vinogradniških tal
16. Bojana Stevović: Izolacija in opis bakteriofagov bakterije Stapylococcus [i. e. Staphylococcus] epidermidis
17. Polona Senekovič Ferčec: Vpliv kovin Zn in Cd v fermentacijskem ostanku bioplinarne na talno mikrobno združbo
18. Marko Verce: Izolacija in karakterizacija bakterijske lakaze

Diplomska dela (37)

1. Bojana Mohar: Encimska razgradnja morskih makroagregatov
2. Barbara Golob: Vpliv prisotnosti mikroorganizmov, izoliranih z delovnih površin in iz zraka, na izid postopka zunajtelesne oploditve
3. Vesna Vogrič: Vpliv temperature na medcelično signaliziranje s ComX pri bakteriji Bacillus subtilis
4. Elizabeta Benigar: Vpliv ekotipov in ferotipov na sobivanje izolatov Bacillus subtilis
5. Lenart Girandon: Eksperesija, čiščenje in karakterizacija prve rastlinske multisubstratne deoksiribonukleozidne kinaze
6. Nina Skvarča: Izražanje genov odziva SOS v sevih bakterije Escherichia coli
7. Nejc Stopnišek: Nitrifikacija v kislih šotnih tleh Ljubljanskega barja
8. Simona Gramc: Opis mikrobne združbe iz vsebine prebavnega trakta in iztrebkov močerila (Proteus anguinus) z molekularnimi metodami
9. Arne Bratkič: Sezonska nihanja dušikovih zvrsti in denitrifikacija v Blejskem jezeru
10. Tadeja Lukežič: Fenotipska karakterizacija sevov Bacillus subtilis, izoliranih iz talnega mikrookolja
11. Doroteja Repič: Aktivnost in številčnost mikrobne združbe v različnih globinah barjanskih tal
12. Neža Koron: Bentoške pretvorbe živega srebra v prehodih med oksičnim in anoksičnim okoljem v Tržaškem zalivu
13. Irena Skuk: Metilacija živega srebra in demetilacija metil živega srebra v izlivu reke Soče
14. Tamara Odar: Aktivnost in struktura bakterijskih mikrobnih združb v ledeniških sedimentih (Spitzbergen, Svalbard, Norveška) v odvisnosti od okoljskih dejavnikov
15. Marija Selak: Vpliv težkih kovin na lakazno aktivnost v tleh
16. Iztok Jevšnikar: Spremljanje delovanja biološke čistilne naprave Mežica v poskusnem obratovanju
17. Vanja Papež: Priprava rekombinantnih sevov Bacillus subtilis in analiza njihovega sobivanja ter izražanja surfaktinskega operona
18. Petra Zeme: Vpliv farmakoloških učinkovin na strukturo nitrifikacijske združbe v aktivnem blatu
19. Martina Vrhar: Vpliv temperature na izražanje gena comX bakterije Bacillus subtilis
20. Nataša Lindič: Ugotavljanje genotoksičnosti jezerskih voda v Šaleški dolini s kometnim testom na praživali Tetrahymena thermophila
21. Irena Kavčič: Ugotavljanje genotoksičnosti jezerskih voda v Šaleški dolini s testom Ames in toksičnosti s testom Protox [zgoraj] R
22. Kaja Škapin: Vpliv izbranih virov dušika in fosforja na produkcijo FK506 pri sevu Streptomyces tsukubaensis
23. Alenka Sedlar: Primerjava dveh brezceličnih sistemov za izražanje proteinov
24. Romina Kofol: Encimska razgradnja lipidov v morskih makroagregatih
25. Živa Petkovšek: Izolacija in protimikrobna aktivnost kolicinov E1 in E4 bakterije Escherichia coli
26. Levin Pal: Aktivnost in struktura denitrifikatorjev v tleh Ljubljanskega barja
27. Lara Resman: Vpliv dejavnikov okolja na dinamiko nitrifikatorjev in na emisije toplogrednih plinov v mikrokozmih tal Ljubljanskega barja
28. Tina Mikuletič: Virus hepatitisa E pri domačih prašičih in v površinskih vodah v Sloveniji
29. Mateja Lumpert: Vpeljava metode PCR v realnem času za raziskovanje izražanja gena za LX RNazo v procesu abscizije pri paradižniku
30. Maša Vodovnik: Razvoj biološkega senzorskega sistema za zaznavanje živega srebra v vodi
31. Julija Hmeljak: Bentoške pretvorbe živega srebra v oksičnem-anoksičnem prehodu v Gradeški laguni
32. Katja Kukovec: Frakcionacija stabilnih izotopov ogljika in dušika v fitoplanktonu Tržaškega zaliva
33. Rok Lenarčič: Bioremediacijski potencial šotnih tal
34. Mojca Brložnik: Vpliv gojišča na morfologijo biofilmov in sestavo zunajceličnih polimerov (EPS) bakterije Bacillus subtilis
35. Nika Zajec: Vpliv okoljskih dejavnikov na aktivnost in pestrost mikrobne združbe v barjanskih tleh
36. Vid Šumak: Primerjava različnih pristopov za PCR-ribotipizacijo bakterije Clostridium difficile
37. Luka Ausec: Priprava in analiza knjižnice genov za 16S rRNA iz šotnih tal Ljubljanskega barja

Druga dela (23)

1. Mojca Krajnc, Polonca Štefanič, Rok Kostanjšek, Ines Mandić-Mulec, Iztok Dogša, David Stopar: Systems view of Bacillus subtilis pellicle development
2. COST action 856
3. Matevž Likar, Marjana Regvar, Ines Mandić-Mulec, Blaž Stres, Hermann Bothe: Diversity and seasonal variations of mycorrhiza and rhizosphere bacteria in three common plant species at the Slovenian Ljubljana Marsh
4. Networking and plasticity of microbial communities
5. Ines Mandić-Mulec, Katja Gorenc, Marinka Gams Petrišič, Jadran Faganeli, Nives Ogrinc: Methanogenesis pathways in a stratified eutrophic alpine lake (Lake Bled, Slovenia)
6. Tjaša Danevčič, Anna Dragoš, Mihael Špacapan, Polonca Štefanič, Iztok Dogša, Ines Mandić-Mulec: Surfactin facilitates horizontal gene transfer in Bacillus subtilis
7. Barbara Kraigher, Monika Butolen, Polonca Štefanič, Ines Mandić-Mulec: Kin discrimination drives territorial exclusion during Bacillus subtilis swarming and restrains exploitation of surfactin
8. Polonca Štefanič, Katarina Belcijan, Barbara Kraigher, Rok Kostanjšek, Joseph Nesme, Jonas Stenløkke Madsen, Jasna Kovač, Søren Johannes Sørensen, Michiel Vos, Ines Mandić-Mulec: Kin discrimination promotes horizontal gene transfer between unrelated strains in Bacillus subtilis
9. Iztok Dogša, Mihael Špacapan, Anna Dragoš, Tjaša Danevčič, Žiga Pandur, Ines Mandić-Mulec: Peptide signaling without feedback in signal production operates as a true quorum sensing communication system in Bacillus subtilis
10. Katarina Šimunović, Orhan Sahin, Andi Erega, Polonca Štefanič, Qijing Zhang, Ines Mandić-Mulec, Sonja Smole Možina, Anja Klančnik: Bacillus subtilis PS-216 spores supplemented in broiler chicken drinking water reduce Campylobacter jejuni colonization and increase weight gain
11. Simona Leskovec, Ines Mandić-Mulec, Blaž Stres, Levin Pal, Tjaša Danevčič: Transformations of mineral nitrogen applied to peat soil during sequential oxic/anoxic cycling
12. Anna Dragoš, Polonca Štefanič, Ines Mandić-Mulec, Maja Rupnik, Sara Beigot Glaser, Sabina Vatovec: Exploring ComQXPA quorum-sensing diversity and biocontrol potential of Bacillus spp. isolates from tomato rhizoplane
13. Jasmina Filipič, Ines Mandić-Mulec, Brigita Tepuš, Vanja Kokol, Barbara Kraigher: Effect of low-density static magnetic field on the oxidation of ammonium by Nitrosomonas europaea and by activated sludge in municipal wastewater
14. Mihael Špacapan, Tjaša Danevčič, Ines Mandić-Mulec: ComX-induced exoproteases degrade ComX in Bacillus subtilis PS-216
15. Polonca Štefanič, Francesca Decorosi, Carlo Viti, Janine Petito, Frederick Cohan, Ines Mandić-Mulec: Links between cell-cell signalling and ecology of Bacillus
16. Polonca Štefanič, Francesca Decorosi, Carlo Viti, Janine Petito, Frederick Cohan, Ines Mandić-Mulec: Links between cell-cell signalling and ecology of Bacillus
17. Russell Durrett, Mathieu Miras, Nicolas Mirouze, Apurva Narechania, Ines Mandić-Mulec, David A. Dubnau: Genome sequence of the Bacillus subtilis biofilm-forming transformable strain PS216
18. Mihael Špacapan, Tjaša Danevčič, Polonca Štefanič, Michael Porter, Nicola R. Stanley-Wall, Ines Mandić-Mulec: The ComX quorum sensing peptide of Bacillus subtilis affects biofilm formation negatively and sporulation positively
19. Katarina Šimunović, Polonca Štefanič, Anja Klančnik, Andi Erega, Ines Mandić-Mulec, Sonja Smole Možina: Bacillus subtilis PS-216 antagonistic activities against Campylobacter jejuni NCTC 11168 are modulated by temperature, oxygen, and growth medium
20. Maja Bolješić, Barbara Kraigher, Iztok Dogša, Barbara Jerič Kokelj, Ines Mandić-Mulec: Kin discrimination modifies strain distribution, spatial segregation, and incorporation of extracellular matrix polysaccharide mutants of Bacillus subtilis strains into mixed floating biofilms
21. Andi Erega, Polonca Štefanič, Tjaša Danevčič, Sonja Smole Možina, Ines Mandić-Mulec: Impact of Bacillus subtilis antibiotic bacilysin and Campylobacter jejuni efflux pumps on pathogen survival in mixed biofilms
22. Iztok Dogša, Ines Mandić-Mulec: Multiscale spatial segregation analysis in digital images of biofilms
23. Eli Podnar, Andi Erega, Tjaša Danevčič, Eva Kovačec, Bram Lories, Hans Steenackers, Ines Mandić-Mulec: Nutrient availability and biofilm polysaccharide shape the bacillaene-dependent antagonism of Bacillus subtilis against Salmonella Typhimurium