Setting up a gene expression study for tissue cells by method of quantitative real-time PCR

Dušanić, Daliborka (avtor), Bolha, Luka (avtor), Narat, Mojca (avtor), Oven, Irena (avtor)

Gene expression analysis by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) allows accurate and sensitive measurment of gene expression levels. However, a series of steps needs to be taken to ensure the relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability of the RT-qPCR experiment. We describe here a simple experiment of determining relative gene expression for caspase 8 gene in chicken chondrocytes treated with an apoptosis inducing compound 5-fluorouracil. We use this example to point out some important guidelines in setting up a gene expression study in tissue cells, analyzing and interpreting the results and reporting on the findings.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: molecular genetics, RT-qPCR, gene expression, tissue cells
• Vrsta gradiva: Delo ni kategorizirano
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: BF - Biotehniška fakulteta
• Leto izida: 2012
• Št. strani: Str. 19-28
• Številčenje: Letn. 100, št. 1
• PID: 20.500.12556/RUL-17710
• UDK: 575
• ISSN pri članku: 1581-9175
• COBISS.SI-ID: 3081864
• Datum objave v RUL: 11.07.2014

Gradivo je del revije

• Naslov: Acta agriculturae Slovenica
• Skrajšan naslov: Acta agric. Slov.
• Založnik: Biotehniška fakulteta
• ISSN: 1581-9175
• COBISS.SI-ID: 213840640

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik

Izvleček

Analiza izražanja genov z metodo reverznega pomnoževanja in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (RT-qPCR) omogoča natančno in občutljivo določanje nivoja izražanja tarčnih genov. Vendar je za zagotavljanje točnosti, natančne interpretacije in ponovljivosti eksperimenta, predvsem pa relevantnosti rezultatov, pomembno natančno poznavanje korakov postopka. V tem prispevku opisujemo enostaven poskus, v katerem smo v celični liniji kokošjih hondrocitov, ki smo jih tretirali s spojino 5-fluorouracil, ki sproži apoptozo, določili relativno izražanje gena, ki kodira encim kaspazo 8.Ta primer smo uporabili za izpostavitev nekaterih pomembnih smernic pri oblikovanju študije izražanja genov v tkivnih celicah, analizi in interpretaciji rezultatov ter oblikovanju zaključkov.

• Ključne besede: molekularna genetika, kvantitativni PCR v realnem času, genetsko izražanje, tkivne celice