A computational study of calcium(II) and copper(II) ion binding to the hyaluronate molecule

Tratar-Pirc, Elizabeta (avtor), Zidar, Jernej (avtor), Bukovec, Peter (avtor)

The hyaluronate molecule is a negatively charged polysaccharide that performs a plethora of physiological functions in many cell tissues depending on its conformation. In the present paper, molecular modeling at three levels of theory and two basis sets was used to gain a deeper insight in the complex molecular structure of calcium(II) and copper(II) hyaluronate. Simulation results were compared with the experimental data (EXAFS or X-ray). It was found that B3LYP does not properly reproduce the experimental data while the HF and M06 methods do. Simulation data confirm that the N-acetyl group of the N-acetylglucosamine residue does not participate in the coordination bonding to the calcium(II) or copper(II) ion, as evident from the experimental data.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: copper(II) ion, calcium(II) ion, hyaluronic acid, QM/MM, simulation, biopolymer
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2012
• Št. strani: Str. 12036-12045
• Številčenje: Vol. 13, iss. 9
• PID: 20.500.12556/RUL-129516
• UDK: 546.562:546.41:544.1:004.4
• ISSN pri članku: 1661-6596
• DOI: 10.3390/ijms130912036
• COBISS.SI-ID: 36212485
• Datum objave v RUL: 03.09.2021

Gradivo je del revije

• Naslov: International journal of molecular sciences
• Skrajšan naslov: Int. j. mol. sci.
• Založnik: MDPI
• ISSN: 1661-6596
• COBISS.SI-ID: 36217605

Licence

• Licenca: CC BY 3.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 3.0 Nedoločena
• Povezava: https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/deed.sl
• Opis: Dovoljuje kopiranje in razširjanje vsebin v kakršnemkoli mediju in obliki. Dovoljuje remixanje, urejanje, predelava in vključevanje vsebine v lastna dela v vse namene, tudi komercialne. Primerno morate navesti avtorja, povezavo do licence in označiti spremembe, če so kakšne nastale. To lahko storite na kakršenkoli razumen način, vendar ne na način, ki bi namigoval na to, da dajalec licence podpira vas ali vašo uporabo dela. Ne smete uporabiti pravnih določil ali tehničnih ukrepov, ki bi pravno omejili ali onemogočilo druge, da bi storili karkoli, kar licenca dovoli.
• Začetek licenciranja: 20.09.2012

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: anorganska kemija, bioanorganska kemija, strukturna kemija, biopolimeri, hialuronska kislina, struktura, določevanje strukture molekul, rentgenska strukturna analiza, EXAFS, vezave kovinskih ionov, računalniška študija, simulacija, QM/MM, polisaharidi, bakrov(II) ion, kalcijev(II) ion

Projekti

• Financer: ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: P1-0012
• Naslov: Molekulske simulacije, bioinformatika in načrtovanje zdravilnih učinkovin

• Financer: ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: P1-0134
• Naslov: Kemija za trajnostni razvoj