izpis_h1_title_alt

Zasnova translacije bioloških modelov v SBML zapis
OSOLIN, TIMOTEJ (Avtor), Moškon, Miha (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu, Mraz, Miha (Komentor)

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (2,28 MB)

Izvleček
Sistemska biologija, kot pomemben člen v verigi številnih področij pri raziskovanju v medicini, uporablja poleg ostalih tehnik tudi kreiranje in urejanje raznovrstnih bioloških modelov. Pri tem tudi izkorišča prednosti objektno orientiranega modeliranja in programskih orodij, namenjenih izdelavi takih modelov. Na Univerzi v Ljubljani so tako razvili knjižnico, imenovano SysBio, kot pomoč pri ustvarjanju bioloških modelov. Za izdelavo knjižnice je bil uporabljen objektno orientiran Modelica programski jezik, ki pa je na področju sistemske biologije in njej sorodnih ved sorazmerno redek. Tako je za kompatibilnost z ostalimi, pogosteje uporabljenimi orodji, potrebna pretvorba v zapis, ki ga ta orodja podpirajo. Poznamo več različnih oblik zapisa, toda v sistemski biologiji je najbolj razširjen zapis SBML (angl. Systems Biology Markup Language). V pričujočem delu predstavimo razvoj programa, ki omogoča translacijo iz jezika Modelica v zapis SBML. Translacijo demonstriramo na enostavnem modelu metabolne poti, ki jo uspešno pretvorimo iz Modelica v SBML zapis.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:sistemska biologija, SysBio, SBML zapis, Modelica, translacija, biološki modeli
Vrsta gradiva:Diplomsko delo/naloga (mb11)
Organizacija:FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
Leto izida:2016
Število ogledov:335
Število prenosov:273
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
 
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
:
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Translation of biological models to an SBML notation
Izvleček:
Systems biology is one of the important fields of study that is helping medicine with its breakthroughs. Amongst other techniques it uses object oriented modelling and corresponding software tools for creation of such models. University of Ljubljana developed a library, named SysBio, as a vital utility for developing biological models. The library was developed using object oriented Modelica programming language, which is relatively rare in the field of systems biology and its related fields. Therefore a translation to a more known format is necessary to ensure the compatibility with the most popular development tools in this field. There are many different types of formats, however SBML (Systems Biology Markup Language) is the most widespread format in systems biology. In the following work we present the development of software, which enables the translation from Modelica language to a SBML format. We demonstrate such translation on a simple model of metabolic pathway, which is successfully converted from Modelica to SBML format.

Ključne besede:systems biology, SysBio, SBML format, Modelica, translation, biologic models

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj