Implementacija metode asimetričnega srednjega drevesa za iskanje konsenza filogenetskih dreves
Filogenetsko drevo prikazuje evolucijska razmerja med taksonomskimi enotami. Danes jih gradimo programsko z uporabo različnih metod in na podlagi različnih virov podatkov (npr., zaporedja DNA ali RNA). To mnogokrat privede do nasprotujočih si evolucijskih hipotez, ki jih nato skušamo združiti v eno samo hipotezo oziroma konsenzno drevo. V diplomskem delu je obravnavana konsenzna metoda asimetričnega srednjega drevesa. Le-ta in še dve aproksimacijski metodi so bile implementirane v odprtokodnem paketu Biopython. Uspešnost metode asimetričnega srednjega drevesa je bila primerjana z uspešnostjo metod za gradnjo striktnega, večinskega in Adamsovega konsenza, na nekaj umetnih in enem dejanskem primeru. Pridobljena drevesa so bila ovrednotena z uporabo Robinson-Fouldsove mere in mere razrešenosti drevesa. Asimetrično srednje drevo je velikokrat najmanj podobno vhodnim drevesom, a hkrati najbolj razrešeno drevo, saj podaja največ informacije o evolucijskih razmerjih med taksonomskimi enotami.
2014
2015-07-10 21:12:54
1060
konsenz, drevo, filogenetika, asimetrično srednje drevo, Biopython, Robinson-Fouldsova mera, računalništvo, računalništvo in informatika, univerzitetni študij, diplomske naloge,
consensus, tree, phylogeny, asymmetric median tree, Biopython, Robinson-Foulds distance, computer science, computer and information science, diploma,
mb11
[U. Soban]
Urban
Soban
70
Tomaž
Curk
991
UDK
4
004.4:575(043.2)
COBISS_ID
3
1536122051
0
Predstavitvena datoteka
2015-07-10 21:12:54