20.500.12556/RUL-181375 Primerjava genotipov bakterije Escherichia coli z betalaktamazami z razširjenim spektrom delovanja iz človeških in okoljskih vzorcev raziskovalni podatki, obravnavani v doktorskem delu Comparison of genotypes of extended-spectrum betalactamases producing Escherichia coli from human and environmental samples research data underlying the doctoral dissertation Bakterija Escherichia coli z encimi β-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL) je ena izmed glavnih prioritet pri spremljanju proti antibiotikom odpornih bakterij. Njena prisotnost je dobro raziskana v človeškem in živalskem rezervoarju, medtem ko je v okoljskem rezervoarju manj. Namen naše raziskave je bil primerjati genotipe ESBL-producentnih E. coli iz človeških in okoljskih virov v Sloveniji ter oceniti njihovo genetsko sorodnost. Med junijem 2023 in majem 2024 smo zbrali 561 človeških in 564 okoljskih izolatov iz treh slovenskih regij. Okoljske vzorce smo pridobili iz vode in sedimenta različnih vodnih virov, vključno z rekami, pritoki, jezeri, gramoznicami ter vtoki čistilnih naprav. S sekvenciranjem celotnih genomov smo izvedli multilokusno sekvenčno tipizacijo (MLST) in tipizacijo na osnovi jedrnega genoma (cgMLST), določili gene ESBL ter analizirali prisotnost plazmidov. Skupno smo identificirali 196 sekvenčnih tipov. Okoljski izolati so izkazovali večjo genetsko raznolikost kot človeški, pri katerih je zelo prevladoval sekvenčni tip ST131 (45 %). Med obema rezervoarjema smo našli 48 skupnih sekvenčnih tipov, kar predstavlja 77 % vseh izolatov. Določili smo tudi več klonalnih skupin, ki so vključevale izolate iz obeh rezervoarjev. Med ESBL geni je v obeh rezervoarjih prevladoval gen blaCTX-M-15. Večjo raznolikost plazmidov smo zaznali pri okoljskih izolatih. Hkrati smo identificirali ESBL-kodirajoče plazmide z enakimi replikonskimi tipi tako v človeškem kot okoljskem rezervoarju. Rezultati kažejo na pomembno genetsko povezanost med človeškim in okoljskim rezervoarjem ter poudarjajo pomen vključevanja okoljskega nadzora v strategije spremljanja bakterij, odpornih proti antibiotikom. Extended-spectrum β-lactamases (ESBL)-producing Escherichia coli represents one of the main priorities in the surveillance of antibiotic-resistant bacteria. Its presence is well studied in human and animal reservoirs, whereas it is less explored in environmental reservoirs. The aim of our study was to compare the genotypes of ESBL-producing E. coli from human and environmental sources in Slovenia and to assess their genetic relatedness. Between June 2023 and May 2024, we collected 561 human and 564 environmental isolates from three regions of Slovenia. Environmental samples were obtained from water and sediment of various aquatic sources, including rivers, tributaries, lakes, gravel pits, and inflows to wastewater treatment plants. Whole-genome sequencing was used to perform multilocus sequence typing (MLST) and core genome MLST (cgMLST), to identify ESBL genes, and to analyze plasmid content. In total, 196 sequence types were identified. Environmental isolates showed greater genetic diversity than human isolates, in which sequence type ST131 strongly predominated (45%). A total of 48 sequence types were shared between the two reservoirs, representing 77% of all isolates. Several clonal groups were also identified, comprising isolates from both reservoirs. Among ESBL genes, blaCTX-M-15 predominated in both reservoirs. Greater plasmid diversity was observed in environmental isolates. At the same time, ESBL-encoding plasmids with identical replicon types were identified in both human and environmental reservoirs. The results indicate a significant genetic linkage between human and environmental reservoirs and highlight the importance of including environmental surveillance in strategies for monitoring antibiotic-resistant bacteria. E. coli odpornost proti antibiotikom Eno zdravje okolje epidemiologija E. coli AMR One health environment epidemiology true false false Slovenski jezik Angleški jezik Slovenija: Prekmurje, Podravje in Gorenjska Od junija 2023 do maja 2024 Neznano 2026-04-03 09:43:17 2026-04-06 21:34:44 2026-04-07 04:20:47 0000-00-00 00:00:00 2026 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 README.txt README.txt README 1 61C9C6E0E313853311FA96ED4B9F8CF9 d718361ae4eefde904ea7b09d37f90bc2e32dff1433b26316cd145777265616a 3c430f34-2f31-11f1-b0ab-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=231773 PREBERI_ME.txt PREBERI_ME.txt PREBERI ME 1 0886B8419BD8852490CD8F4061D927AE f83407f5bc7f3fd55ee61f28b02746fdc6aee0ced1f50dbab1963ac70d568a46 3c5aa33b-2f31-11f1-b0ab-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=231774 Supplementary_File_1_research_data.xlsx Supplementary_File_1_research_data.xlsx Data on all isolates included in the study 1 8BF55BCB5379BB6C6E08DBA29285E459 a3f9728af0cfeafdf4c3d5f02ce567d8d4b80d69e28d50d82cb8ae130faf7a9a 66835d8e-2f31-11f1-b0ab-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=231776 Supplementary_File_2_research_data.pdf Supplementary_File_2_research_data.pdf A phylogenetic tree of clonal human E. coli isolates producing ESBL enzymes 1 BBD81CC26D1DC399CCF2F05A14CB370B a7712063a79a287878c7c4463dd3f84e7ed41f4137e9fcf54e28d3884a5f8974 66a720b9-2f31-11f1-b0ab-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=231777 Biotehniška fakulteta Opazovanje: Laboratorij Poskus Poskus: Laboratorij Poskus: Teren/Intervencija 0 0 0