20.500.12556/RUL-179378 Successful purification of DNA from PFGE agarose plugs for whole genome sequencing Uspešno čiščenje DNK iz agaroznih čepkov PFGE za sekvenciranje celotnega genoma Whole-genome sequencing (WGS) has replaced Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)-based bacterial genotyping as the reference genotyping method. We investigated the suitability of purified genomic DNA extracted from PFGE agarose plugs stored in a laboratory collection for WGS in cases where bacterial isolates are no longer available. Our study has shown that bacterial WGS can be successfully performed on DNA extracted from PFGE agarose plugs. Sekvenciranje celotnega genoma (WGS) je nadomestilo tipizacijo bakterij na osnovi gelske pulzne elektroforeze (PFGE) kot referenčne metode genotipizacije. Raziskali smo primernost genomske DNA, očiščene iz agaroznih čepkov PFGE, shranjenih v laboratorijski zbirki, za WGS v primerih, ko bakterijski izolati niso več na voljo. Naša študija je pokazala, da je bakterijski WGS mogoče uspešno izvesti na DNA, očiščeni iz agaroznih čepkov PFGE. DNA purification PFGE plugs genotyping bacterial isolates WGS čiščenje DNA čepki PFGE genotipizacija bakterijski izolati WGS true false true Angleški jezik Slovenski jezik Članek v reviji 2026-02-12 10:38:42 2026-02-12 10:38:44 2026-02-13 04:27:45 0000-00-00 00:00:00 2025 0 0 Str. 1-5 no. 3 Vol. 68 2025 0000-00-00 Zaloznikova Objavljeno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 577 1854-3073 10.14720/abs.68.3.21898 239702787 RAZ_Strasek_Smrdel_Katja_2025.pdf RAZ_Strasek_Smrdel_Katja_2025.pdf 1 DC23471409C33E7FD30D280A3C12B505 e12d710c4c9b25f0cd99d186ed8a1a59ea876ea67960e45701fbe0ca68d2ab67 93e21b83-07f6-11f1-a1ba-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=227834 https://journals.uni-lj.si/abs/article/view/21898 1 753c834c-07f6-11f1-a1ba-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=227833 Biotehniška fakulteta Medicinska fakulteta 0 0 0