20.500.12556/RUL-176303 Primerjava pristopov za vrednotenje različnih metod ekstrakcije nukleinskih kislin iz humane celične linije raka Comparison of approaches to evaluate different methods of nucleic acid extraction from a human cancer cell line Ustrezna ekstrakcija DNA je bistvena za molekularne raziskave in diagnostiko, saj količina in kakovost DNA vplivata na postopke analize, kot sta sekvenciranje in PCR, ter s tem na zanesljivost rezultatov. Zadostna količina DNA ustrezne kakovosti je še posebej pomembna pri diagnostiki raka, kjer je potrebno zaznati prisotnost označevalcev raka v velikokrat malih vzorcih biopsij. Če je ekstrakcija neustrezna, lahko te redke označevalce spregledamo, kar vodi do napačne diagnoze ali nepravilne ocene učinkovitosti zdravljenja. Kljub temu se pomembnost ekstrakcije DNA še vedno premalo upošteva tako pri diagnostiki kot v predkliničnih raziskavah. V naši raziskavi smo primerjali učinkovitost ekstrakcije DNA iz 2D in 3D celičnih kultur, ki smo jih pripravili iz možganskega raka glioblastoma, z uporabo štirih komercialno dostopnih metod: treh, ki temeljijo na membranah iz silikagela, ter ene, ki uporablja magnetne kroglice. Za oceno količine in kakovosti ekstrahirane DNA smo uporabili tri različne analizne pristope: fluorimetrično tehniko (Qubit), spektrofotometrično tehniko (NanoDrop) ter avtomatizirano kapilarno elektroforezo (TapeStation). Analiza rezultatov, ki je vključevala kvantitativno oceno ekstrahirane DNA in izračun koeficienta variabilnosti, je pokazala, da je komplet DNA Mini (Qiagen) najprimernejša izbira za ekstrakcijo DNA tako iz 2D kot 3D celičnih kultur. Ugotovili smo, da ekstrahirana DNA iz 2D celičnih kultur omogoča boljšo ponovljivost rezultatov med biološkimi ponovitvami v primerjavi s 3D celičnimi kulturami. S spektrofotometrom NanoDrop smo pri vseh vzorcih določili višje povprečne koncentracije DNA v primerjavi s fluorimetrom Qubit in sistemom TapeStation, ne glede na vrsto začetnega vzorca, kar kaže na občutljivost pristopa na prisotnost nečistoč in poudarja pomen izbire ustrezne metode. Naloga je bila izvedena v okviru mednarodnega projekta GenomeMET, katerega namen je razvoj meroslovnih zmogljivosti in vzpostavitev ustreznih meroslovnih okvirov za izboljšanje kakovosti, sledljivosti in ponovljivosti ključnih postopkov v genetskem profiliranju raka. Appropriate DNA extraction is essential for molecular research and diagnostics, as the quantity and quality of DNA affect analytical procedures such as sequencing and PCR, and thus the reliability of the results. A sufficient amount of DNA of high quality is particularly important in cancer diagnostics, where it is necessary to detect the presence of cancer markers in often small biopsy samples. If extraction is inadequate, these rare markers may be missed, leading to misdiagnosis or incorrect assessment of the effectiveness of treatment. Nevertheless, the importance of DNA extraction is still insufficiently considered in both diagnostics and preclinical research. In our study, we compared the efficiency of DNA extraction from 2D and 3D cell cultures prepared from glioblastoma brain cancer using four commercially available methods: three based on silica gel membranes and one using magnetic beads. Three different analytical techniques were used to assess the quantity and quality of extracted DNA: a fluorometry (Qubit), a spectrophotometry (NanoDrop), and automated capillary electrophoresis (TapeStation). Analysis of the results, which included quantitative assessment of extracted DNA and calculation of the coefficient of variability, showed that the DNA Mini kit (Qiagen) was the most suitable choice for DNA extraction from both 2D and 3D cell cultures. We found that extracted DNA from 2D cell cultures allows for better reproducibility of results between biological replicates compared to 3D cell cultures. The NanoDrop spectrophotometer determined higher average DNA concentrations in all samples compared to the Qubit fluorometer and the TapeStation system, regardless of the type of starting sample, indicating the sensitivity of the approach to the presence of impurities and emphasizing the importance of choosing the appropriate method. The study was carried out within the framework of the international GenomeMET project, which aims to develop metrology capabilities and establish appropriate metrology frameworks to improve the quality, traceability and reproducibility of key procedures in cancer genetic profiling. ekstrakcija DNA količina DNA 2D in 3D celične kulture glioblastom GenomeMET DNA extraction DNA quantity 2D and 3D cell cultures glioblastoma GenomeMET true false false Slovenski jezik Angleški jezik Magistrsko delo/naloga 2025-11-27 12:50:02 2025-11-27 12:50:14 2026-01-09 12:12:50 0000-00-00 00:00:00 2025 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 24201 264116227 Ivanova_Stefanija_-_Primerjava_pristopov_za_vrednotenje_razlicnih_metod_ekstrakcije_nukleinskih_.pdf Ivanova_Stefanija_-_Primerjava_pristopov_za_vrednotenje_razlicnih_metod_ekstrakcije_nukleinskih_.pdf 1 D6B351D2A679787CD7E0E82261C3E6B9 0334086fc60b006ab1e9a68a8f05b711aed54f36c12e259af273a6657622dacb def08459-cb86-11f0-9328-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=222601 Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo 0 0 0