20.500.12556/RUL-171705 Transpozoni kot orodja za genetske raziskave Transposons as tools for genetic research Transpozoni, mobilni genetski elementi, so vplivali na smeri genetskih raziskav zaradi svoje zmožnosti samostojne integracije v genom. Diplomska naloga raziskuje vidike uporabe transpozonov v biotehnologiji, predvsem v funkcionalni genomiki in sekvenciranju naslednje generacije (NGS). Predstavljene so metode, kot sta transpozonsko označevanje za ustvarjanje in preučevanje mutacij, vključno z usmerjenim in naključnim označevanjem genov ter tehnikami, kot sta past za ojačevalec in saturacijska mutageneza. Poudarjena je tudi uporaba Tn5 transpozonskega sistema za pripravo knjižnic za NGS, ki je omogočil precejšnjo poenostavitev in pospešitev priprave knjižnic za sekvenciranje. Ta učinkovita fragmentacija DNA in sočasna dodaja adapterjev nista le tehnična izboljšava, temveč sta omogočili razvoj naprednih metod določevanja nukleotidnih zaporedij, kot sta ATAC-seq in ACT-seq za epigenomske analize. Praktični del raziskave je obsegal bioinformatsko analizo de-novo identifikacij ponovljivih elementov v referenčnem genomu navadnega hmelja (Humulus lupulus) z uporabo orodja EDTA pipeline. Rezultati so pokazali, da transpozoni v genomu hmelja predstavljajo izjemnih 84,40 % in potrjujejo ključno vlogo transpozonov pri določanju velikosti rastlinskih genomov. Transposons, mobile genetic elements, have influenced the direction of genetic research due to their inherent ability for autonomous genome integration. This thesis explores aspects of transposon utilization in biotechnology, primarily focusing on functional genomics and next-generation sequencing (NGS) applications. Methods like transposon tagging for generating and studying mutations are presented, encompassing targeted and random gene tagging, alongside techniques such as enhancer traps and saturation mutagenesis. The work also highlights the application of the Tn5 transposase system for NGS library preparation, where it has simplified and accelerated the preparation of libraries for sequencing. This efficient DNA fragmentation and simultaneous adapter ligation are not merely technical improvements; they have enabled the development of advanced methods of determining nucleotide sequences like ATAC-seq for chromatin accessibility and ACT-seq for epigenomic mapping. The practical part of this thesis involved a bioinformatic analysis of the common hop (Humulus lupulus) reference genome using the EDTA pipeline. Results revealed that transposons constitute an exceptional 84,40% of the hop genome's total, confirming their pivotal role in shaping plant genome size. transpozoni genetika genetske raziskave bioinformatska analiza sekvenciranje transposons genetics genetic research bioinformatic analysis sequencing true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2025-08-31 07:16:14 2025-08-31 07:16:19 2025-09-15 03:57:15 0000-00-00 00:00:00 2025 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 261883 247365891 50736.pdf 50736.pdf 1 D7C71A28FDD3205C3A1747D5E488C672 a3bd9dafd88e9cfbac183c2de7896735745cea5d243168bb969005f4345d0522 7c97d204-8629-11f0-9328-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=215087 Biotehniška fakulteta 0 0 0