20.500.12556/RUL-167273 Optimizacija izvajanja simulacije molekulskega sidranja na grafičnih pospeševalnikih Optimization of molecular docking simulation execution on graphics accelerators CmDock je programsko orodje, razvito za izvajanje simulacij molekulskega sidranja. Zaradi možnosti paralelnega procesiranja je še posebej primerno za uporabo na grafičnih procesnih enotah, kar omogoča hitrejše izvajanje računsko zahtevnih simulacij. Čeprav CmDock vključuje podporo za simula- cije na grafičnih pospeševalnikih, trenutni pristop ni optimalen, saj izvajalnih parametrov ne prilagaja dinamično glede na napravo. V sklopu tega diplom- skega dela je bil dodan način samodejnega izbora optimalnih parametrov za izvajanje kode na grafični procesni enoti. Optimizacija je prinesla opazne po- hitritve sidranja na grafičnih procesnih enotah, predvsem za večje komplekse in za grafične procesne enote podjetja AMD. CmDock is a software tool developed for performing molecular docking simu- lations. Due to the possibility of parallel processing, it is particularly suitable for use on graphics processing units, which allows for faster execution of com- putationally demanding simulations. Although CmDock includes support for simulations on graphics accelerators, the current approach is not optimal, as it does not dynamically adjust the execution parameters depending on the device. As part of this thesis, a method for automatically selecting optimal parameters for executing code on a graphics processing unit was added. The optimization brought noticeable accelerations of docking on graphics process- ing units, especially for larger complexes and for AMD graphics processing units. OpenCL grafični pospeševalniki CmDock molekulsko sidranje C++ OpenCL graphics accelerators CmDock molecular docking C++ true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2025-02-12 13:58:39 2025-02-12 13:58:43 2025-02-13 09:32:19 0000-00-00 00:00:00 2025 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 37283 226001923 Kern_Aljaz_-_Optimizacija_izvajanja_simulacije_molekulskega_sidranja_na_graficnih_pospesevalniki.pdf Kern_Aljaz_-_Optimizacija_izvajanja_simulacije_molekulskega_sidranja_na_graficnih_pospesevalniki.pdf 1 968C913930CAEC6A9E20412835A80ADF 20fe78c92f74094fd15a8c8a9cd6d22b3918d70125e5bb22c2633349029c80b3 345b0da6-e940-11ef-b232-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=199606 Fakulteta za računalništvo in informatiko 0 0 0