20.500.12556/RUL-161582 Nadgradnja cenilne funkcije molekulskega sidranja s simuliranjem vodikovih vezi Upgrading the scoring function of molecular docking by simulating hydrogen bonds Molekulsko sidranje je računalniška metoda za napovedovanje optimalne poze ene molekule v aktivnem mestu druge. V našem delu smo se osredotočili na izboljšavo odprtokodnega orodja CmDock z nadgradnjo obstoječe cenilne funkcije PLP v CHEMPLP. Ključna je bila vključitev vplivov vodikovih vezi v simulacijo. Kljub uporabi kompleksnejšega modela, se natančnost cenilne funkcije ni izboljšala, saj je na testni množici DUD-E sidranje s cenilkama PLP in CHEMPLP doseglo povprečni RMSD okoli 9 Å. Največjo točnost še vedno dosega privzeta cenilka orodja CmDock, VDW, medtem ko je čas sidranja s cenilko PLP oziroma CHEMPLP približno dvakrat krajši. Ta ugotovitev nakazuje potencial za uporabo v visoko zmogljivem virtualnem rešetanju, kjer je hitrost ključnega pomena. Molecular docking is a computational method for predicting the optimal pose of one molecule in the binding site of another. In our work, we focused on improving the open source tool CmDock by upgrading the existing PLP scor- ing function to CHEMPLP. The main focus was the inclusion of the effects of hydrogen bonds in the simulation. Despite the use of a more complex model, the accuracy of the scoring function did not improve, as on the DUD- E test set, docking with the PLP and CHEMPLP scoring functions reached an average RMSD of around 9 Å. The maximum accuracy is still achieved by the default scoring function of the CmDock tool, VDW, while the docking time with the PLP or CHEMPLP scoring functions is approximately twice as short. This finding suggests potential for use in high-performance virtual screening where speed is critical. CmDock cenilka PLP cenilka CHEMPLP CmDock scoring function PLP scoring function CHEMPLP true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2024-09-12 12:35:10 2024-09-12 12:35:14 2024-10-29 06:29:52 0000-00-00 00:00:00 2024 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 37507 213225731 Zidansek_Primoz_-_Nadgradnja_cenilne_funkcije_molekulskega_sidranja_s_simuliranjem_vodikovih_vez.pdf Zidansek_Primoz_-_Nadgradnja_cenilne_funkcije_molekulskega_sidranja_s_simuliranjem_vodikovih_vez.pdf 1 7D968388443F24EB29CFE17FEF8944D5 773fb80886b8dbd79249c370f2315e38662a0ce703f15fe941235f02db683102 a3807529-70f2-11ef-b232-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=190541 Fakulteta za računalništvo in informatiko 0 0 0