20.500.12556/RUL-149327 Uporaba metode ScanLag za spremljanje rasti bakterijskih kolonij Using the ScanLag method to monitor the growth of bacterial colonies Hitrost bakterijske rasti je eden od temeljnih mikrobioloških parametrov. Ocenimo ga lahko z merjenjem optične gostote v različnih časovnih intervalih. Na ta način določimo čas podvojitve za celotno populacijo. Vendar tovrstna analiza na nivoju celotne populacije lahko spregleda pomembno celično heterogenost, kot so na primer razlike v hitrosti rasti posameznih kolonij. Če želimo bolj podrobno razumeti fenotipsko heterogenost ali same procese na ravni posamezne kolonije, potrebujemo metodo, ki bi torej spremljala rast posameznih kolonij. V ta namen smo testirali funkcionalnost metode ScanLag za spremljanje rasti bakterijskih kolonij in raziskali možnosti njene uporabe. V raziskavi smo načrtovali in izvajali poskuse, ki so zajeli različne pogoje rasti. Želeli smo dobiti vpogled v kinetiko rasti posameznih bakterijskih kolonij in ugotoviti omejitve metode in pripadajočega programa za analizo. Metoda temelji na avtomatičnem zajemanju slik bakterijskih kolonij na agaroznih ploščah z uporabo pisarniškega skenerja. Za analizo smo uporabili računalniške programe narejene na platformi MatLab. Analiza je avtomatična in hitra, ScanLag programi pa so brezplačni. Z avtomatično analizo slik smo spremljali širitve posameznih kolonij in tako določili hitrost rasti. Bacterial growth rate serves as a fundamental parameter in microbiology. Typically, this aspect is assessed by measuring the optical density at different time intervals. In this way, the doubling time of the entire population can be measured. However, population-level analyses may miss important heterogeneity that is present at the single-cell level. For this reason, if we want to understand in more detail the phenotypic heterogeneities or the processes themselves at the level of individual colonies, it is desirable to monitor the growth of individual cells. For this purpose, we tested the functionality of the ScanLag method for monitoring the growth of bacterial colonies and explored the possibilities of its use. To execute this investigation, we carried out experiments that would cover different growth conditions to gain insight into the growth kinetics of individual bacterial colonies, as well as to test the limitations of the ScanLag program itself. The method is based on the automatic capture of images of bacterial colonies on agarose plates using a commercial scanner. For the analysis, we used computer programs developed using MatLab. The analysis was automatic and fast, and the ScanLag programs were free. With automatic image analysis, we could monitor the expansion of individual colonies, and thus determine the speed of growth. ScanLag hitrost rasti spremljanje rasti posameznih kolonij ScanLag growth rate monitoring individual colony growth true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2023-09-06 11:40:00 2023-09-06 11:40:03 2023-10-13 12:14:22 0000-00-00 00:00:00 2023 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 22892 168326147 Milosevic_Mateja_-_Uporaba_metode_ScanLag_za_spremljanje_rasti_bakterijskih_kolonij.pdf Milosevic_Mateja_-_Uporaba_metode_ScanLag_za_spremljanje_rasti_bakterijskih_kolonij.pdf 1 C920819AAFFA8139E7493B8B87829EC9 953accae1e090547cebe8e124ae432abe11df02dfcf3d0b46f5ce93da6136f8b 5cf45855-4c99-11ee-9934-0050569b8976 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=173761 Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo 0 0 0