20.500.12556/RUL-135228 Vzporedni genetski algoritem v OpenCL za simulacijo molekulske dinamike Parallel genetic algorithm in OpenCL for simulating molecular dynamics V diplomskem delu smo razvili vzporedni genetski algoritem, ki se izvaja na heterogenih računalniških arhitekturah za potrebe simulacije molekulske dinamike. Razviti algoritem uporablja empirično cenilno funkcijo za ocenjevanje rešitev. Simulirali smo sidranje molekul v receptorsko mesto proteina in iskali optimalen položaj molekule. Uporabili smo razvojno ogrodje OpenCL. Analizirali smo konvergenco in učinkovitost algoritma. Uporabljeno merilo učinkovitosti je bil izvajalni čas simulacije. Za testne primere smo uporabili dva liganda. Algoritem smo preizkusili in ovrednotili na dveh grafičnih pospeševalnikih in večjedrnem procesorju. Vzporedni algoritem konvergira in vrača pričakovane rezultate. Za učinkovitejšo rabo grafične procesne enote in večje pohitritve je potrebno algoritem dodatno optimizirati. In this thesis we developed a parallel genetic algorithm which can run on heterogeneous systems to simulate molecular dynamics. The algorithm uses an empirical scoring function. We simulated molecule docking to a receptor protein and searched for optimal molecule position. We used OpenCL framework. We analysed the convergence and efficiency of the algorithm. We were primarily concerned with the simulation execution time. We used two ligands as test cases. The algorithm was evaluated on two graphics accelerators and a multi-core processor. Parallel algorithm converges and returns the expected results. For more efficient use of a graphics processing unit and achieving better speedup the algorithm needs further optimization. genetski algoritem OpenCL molekulska dinamika genetic algorithm OpenCL molecular dynamics true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2022-03-01 15:20:00 2022-03-01 15:20:08 2022-09-14 04:12:18 0000-00-00 00:00:00 2022 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 33061 99473667 Erent_Tine_-_Vzporedni_genetski_algoritem_v_OpenCL_za_simulacijo_molekulske_dinamike.pdf Erent_Tine_-_Vzporedni_genetski_algoritem_v_OpenCL_za_simulacijo_molekulske_dinamike.pdf 1 B229DFCD1FF0418E03B62CA29344FFC5 91ca7735a966c18bca03e435524d72cde65b443cb795c0ee507b33ede134fd76 6e697e65-996a-11ec-abdb-00155dcfd717 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=154163 Fakulteta za računalništvo in informatiko 0 0 0