20.500.12556/RUL-119689 Strukturne lastnosti z gvanini bogatega zaporedja v inducibilnem promotorju mdm2 Structural properties of guanine rich sequence in inducibile promoter mdm2 Večje število gvaninskih ponovitev v promotorju onkogena mdm2, ki je vključen v razvoj tumorskega fenotipa pri liposarkomih, nakazuje, da je možen nastanek različnih štirivijačnih struktur DNA ali G-kvadrupleksov. V okviru diplomskega dela smo določili zmožnost tvorbe štirivijačnih struktur DNA v inducibilnem promotorju mdm2 in določiti pogoje, kjer bo prisotna ena sama struktura, kar bi omogočilo njeno podrobno strukturno karakterizacijo. Poleg celotnega nukleotidnega zaporedja mdm2-15, ki vsebuje pet gvaninskih ponovitev, smo opazovali tudi dve skrajšani zaporedji mdm2-14 in mdm2-24, kjer pri mdm2-14 opazujemo prve štiri gvaninske ponovitve, pri mdm2-25 pa zadnje štiri gvaninske ponovitve. S pomočjo 1D 1H NMR eksperimentov smo določili število G-kvartetov v nastalih G-kvadrupleksih in s CD spektroskopijo opisali topološke značilnosti (prisotnost paralelnih, antiparalelnih in (3+1) zvrsti). Preverili smo, kako prisotnost K+ in Na+ kationov vpliva na nastanek G-kvadrupleksov in ugotovili, da so kalijevi ioni uspešnejši pri stabilizaciji G-kvadrupleksov, ki jih tvorijo z gvanini bogata zaporedja iz onkogena mdm2. Pokazali smo, da je najugodnejši pH za zvijanje oligonukleotidov nevtralen. Large number of guanine tracts in oncogene mdm2, which are responsible for development of tumor fenotype in liposarcomas, suggest formation of different G-quadruplexes is possible. The major aim of this diploma thesis was to determine the possibility of a G-quadruplex formation within inducibile promoter mdm2 and to determine the conditions where single structure would be formed. In addition to nucleotide sequence mdm2-15 (contains five guanin repetitions), we also studied two shorter sequences mdm2-14 and mdm2-25, which are shortend for the first guanine repetition from 3'- or 5'-end. With 1D 1H NMR experiments we defined the number of different G-quartets in G-quadruplexes and in combination with CD spectroscopy aimed at description of topological determinants (parallel, antiparallel and (3+1) topology). Two different cations, K+ in Na+, were tested for their ability to stabilize G-quadruplex structures and the former was recognized as more successful at stabilization of G-quadruplexes of mdm2. Among acidic, basic and neutral pH, the latter was found to be most suited for promoting formation of predominant species. NMR G-kvadrupleks CD spektroskopija NMR G-quadruplex CD spectroscopy true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2020-09-10 16:15:12 2020-09-10 16:15:16 2022-08-31 03:54:17 0000-00-00 00:00:00 2020 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 8661 31516163 Luzar_Petra_-_Strukturne_lastnosti_z_gvanini_bogatega_zaporedja_v_inducibilnem_promotorju_mdm2.pdf Luzar_Petra_-_Strukturne_lastnosti_z_gvanini_bogatega_zaporedja_v_inducibilnem_promotorju_mdm2.pdf 1 22E8FEFE1F35F73A9110EE29DA0E20C6 a6d1f9cda9ea6ac4f706d6f665427d201109732a70868b7cecbbf575bc9e597b e525c466-a1b9-11eb-a523-00155dcfd717 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=134414 Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo 0 0 0