Avtomatska segmentacija Golgijevih aparatov v volumetričnih podatkih elektronske mikroskopijeBONEŠ, EVA (Avtor)
Marolt, Matija (Mentor)
Hudoklin, Samo (Komentor)
Golgijev aparatavtomatska segmentacijakonvolucijske nevronske mrežeaktivne kontureGolgijev aparat (GA) je organel, ki ga najdemo v evkariontskih celicah.
Zaradi njegove strukture in do nedavnega pomanjkanja ustreznih pristopov je še vedno precej slabo raziskan.
Pri nadaljnjem raziskovanju bi med drugim pomagala tudi informacija o njegovi 3D organizaciji in razporeditvi v celici.
Ker je ročno segmentiranje velikega števila GA-jev časovno zelo zahtevno in je njegova kvaliteta odvisna od sposobnosti označevalca, je v diplomski nalogi predstavljen pristop k avtomatski segmentaciji GA-jev v volumetričnih podatkih elektronske mikroskopije.
Predlagan je cevovod, ki sestoji iz nevronske mreže, naučene na grobih segmentacijah, aktivnih kontur za natančnejšo segmentacijo in odstranjevanja napačnih označb.
Kolikor nam je znano, je to prvi pristop za avtomatsko segmentacijo kompleksnih GA-jev v volumetričnih podatkih.
Uporaba grobo označenega zlatega standarda je prihranila 80% časa, potrebnega za ročno označevanje vhodnih podatkov.
Metoda je bila ovrednotena na volumetrični učni množici, kjer je pokazala obetavne rezultate - pravilno je bila označena večina GA-jev in sicer z 89% občutljivostjo in 99% specifičnostjo.20202020-09-10 09:55:01Diplomsko delo/naloga119655VisID: 25782COBISS_ID: 29618179sl