Seva Cellulophaga sp. KP1 in Polaribacter sp. VR6 kot vir biotehnološko zanimivih encimovKozak, Andrej Pavel (Avtor)
Accetto, Tomaž (Mentor)
morske bakterijeBacteroidetesbiokatalizasekvenciranje nove generacijeencimi CAZYbioinformatska analizaEncimi morskih bakterij so v industrijski biokatalizi zanimivi tako zaradi zmožnosti obdelave polisaharidov morskih alg za farmacevtsko in živilsko industrijo, kot tudi zaradi svojih procesnih lastnosti, npr. aktivnosti pri visoki slanosti, visokem tlaku, nizkih temperaturah itd. Tukaj predstavljamo seva Cellulophaga sp. KP1 in Polaribacter sp. VR6, pridobljena iz obalne vode Koprskega zaliva. Sodita v deblo Bacteroidetes, številčno pomembne razgrajevalce polisaharidov tako mikro kot makroskopskih alg, ki jih pogosto najdemo na morskih delcih, algah in okoliški vodi. Preučili smo ju tako iz biokemijskega kot bioinformacijskega stališča s sekvenciranjem celotnega genoma. Sekvenciranje celotnega genoma je nov način iskanja zanimivih encimov, pri čemer lahko v enem genomu najdemo veliko encimov z enakim substratom, a drugačnimi mehanizmi delovanja, kar je za biotehnologijo še posebno zanimivo. Iskali smo encime CAZY (ang. Carbohydrate Active enZYmes), saj so ti za biotehnologijo najzanimivejši. Glede na te encime smo primerjali naša seva z ostalimi predstavniki debla Bacteroidetes. Izbrali smo dva encima iz genoma seva Cellulophaga sp. KP1 (agarazo in karagenazo), ju rekombinantno izrazili ter jima preverili aktivnost.[A. P. Kozak]20182018-11-24 07:45:38Magistrsko delo/naloga105392UDK: 604.4:577.15:579.22:575.122VisID: 162592COBISS_ID: 5002872sl