20.500.12556/RUL-102762 Implementacija in razširitve metode SCITE za bayesovsko modeliranje mutacijskih dreves Implementation and extensions of the SCITE method for Bayesian modelling of mutation trees Metoda SCITE lahko rekonstruira potek razvoja rakavih obolenj v celicah iz podatkov o njihovih mutacijah. Potek razvoja predstavi z mutacijskim drevesom, ki je sorodno filogenetskemu drevesu. V diplomski nalogi implementiramo del funkcionalnosti metode v programskem jeziku Python in zagotovimo primerljivo hitrost delovanja. Osredotočimo se na pridobitev aposteriornih porazdelitev mutacijskih dreves ter verjetnosti nezaznanih mutacij v celicah. Metodo izboljšamo z delnim ocenjevanjem mutacijskih dreves, ki omogoča hitrejše ocenjevanje. Poleg obstoječih premikov mutacijskih dreves predlagamo nov premik in na več podatkovnih množicah utemeljimo njegovo uporabnost. Nazadnje uporabniku omogočimo izračun efektivnega števila vzorcev, s katerim lahko bolje ovrednoti rezultate izvajanja algoritma. SCITE method can reconstruct the course of development of cancer in cells from data on their mutations. The course of development is represented with a mutation tree, which is similar to a phylogenetic tree. In the thesis, we implement some functionalities of the SCITE method with the Python programming language and ensure comparable execution time. We focus on the posterior distributions of mutation trees and the probabilities of overlooked mutations in cells. The method is improved with the introduction of partial mutation tree scoring which speeds up the scoring process. Along the existing tree moves we propose a new tree move and prove its usefulness on multiple datasets. Lastly, we enable the user to compute the effective sample size of posterior samples and thus enable better assessment of the results of the algorithm. mutacijska drevesa rakava obolenja algoritem Metropolis-Hastings metoda SCITE mutation trees cancer Metropolis-Hastings algorithm SCITE method true false false Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2018-09-07 13:40:03 2018-09-07 13:40:07 2022-08-15 03:43:46 0000-00-00 00:00:00 2018 0 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 1970-01-01 22168 Kolar_Luka_-_Implementacija_in_razsiritve_metode_SCITE_za_bayesovsko_modeliranje_mutacijskih_dre.pdf Kolar_Luka_-_Implementacija_in_razsiritve_metode_SCITE_za_bayesovsko_modeliranje_mutacijskih_dre.pdf 1 766D1421D06319B242111D78CD3D0E26 8fa13ca28189f0cd0e4c3bc053d038e83ef7321724800815bb3ac0b3fcca4c7d 9ce3360a-a1b5-11eb-a523-00155dcfd717 https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?lang=slv&id=113119 Fakulteta za računalništvo in informatiko 0 0 0