Identifikacija potencialnih tarč viroidnih malih RNA (vd-sRNA) v hmelju (Humulus lupulus L.)Pokorn, Tine (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) rastlinska genetikaviroidimale RNAmale viroidne RNAhmeljtarčeHumulus lupulusNGSHmelj (Humulus lupulus L.) spada v družino konopljevk (Cannabaceae). Rastlina je dvodomna, gospodarsko je pomembna le ženska rastlina. Med njegove glavne rastlinske patogene uvrščamo tudi viroide. Poznamo štiri hmeljne viroide: hmeljev latentni viroid (HLVd), viroid zakrnelosti hmelja (HSVd), viroid grbavosti jabolk (AFCVd) in viroid razpokanosti skorje agrumov (CBCVd). V nalogi nas je zanimala interakcija med rastlino in viroidom. S pomočjo NGS tehnologij je že bilo potrjeno, da viroidne male RNA, ki v izjemno velikih količinah nastanejo pri okužbi z viroidoma HLVd ali CBCVd, predstavljajo celoten viroidni genom. S pomočjo NGS tehnologije smo ustvarili hmeljev transkriptom ter in-silico razrezali viroidna zaporedja na vse možne viroidne male RNA, velikosti 21, 22 in 24 bp. Transkriptom in razrezana viroidna zaporedja smo med seboj primerjali z uporabo dveh orodij – psRNATarget in UEA sRNA Workbench, pri čemer smo dobili množico tarč (1387 CBCVd in 1062 HLVd). Tarče smo izbirali po štirih kriterijih: 1) tarče, ki sodelujejo v metabolizmu rastlinskih hormonov, 2) tarče, ki sodelujejo v biogenezi malih RNA, 3) CBCVd tarče vd-sRNA z najvišjo pokritostjo regij viroida, in 4) geni z visoko homolognostjo z vd-sRNA. Izražanje tarčnih genov smo preverili s tehniko reverzne transkripcije in PCR v realnem času (RT-qPCR). Izbrane tarče so kazale spremenjene vzorce ekspresije v različnih tkivih hmelja. S pomočjo HLVd in CBCVd vd-sRNA smo za dva transkripta našli dokaze o morebitni zmanjšani ekspresiji, to sta LOX in GATA. Rezultati bodo lahko utrjevali nove raziskovalne poti v strategijah za boj proti viroidnim boleznim hmelja in drugih rastlin.[T. Pokorn]20172017-11-08 07:15:11Doktorsko delo/naloga97741UDK: 601.4:577.21:633.791:578.52(043.3)VisID: 9243COBISS_ID: 8871545sl