Pregled orodij za agentno modeliranje bioloških sistemov in njihova uporaba na modelu večceličnega biološkega oscilatorjaGazvoda, Silvo (Avtor) Moškon, Miha (Mentor) agentno modeliranjevečcelično modeliranjesimulacijabiološki sistemiskupinsko vedenjeoscilatorV magistrski nalogi smo opravili pregled orodij za agentno modeliranje bioloških sistemov. Agentno modeliranje je osredotočeno na modeliranje opazovanega sistema z avtonomnimi entitetami imenovanimi agenti. Tovrstno modeliranje nam omogoča predstavitev biološkega sistema na različnih nivojih abstrakcije. V pregled smo vključili splošno orodje za agentno modeliranje in orodja, ki so specializirana na modeliranje celice kot agent. Orodja smo primerjali in pregledali z vidika načina opisa agentove dinamike, modelirnega programskega jezika, simuliranega virtualnega okolja in z vidika implementiranih celičnih lastnosti, procesov ter dinamike, kot je na primer celična rast in celično gibanje. Podrobneje smo opisali okolja NetLogo, BSim, Gro in CellModeller. Pri vsakem smo opisali interaktivno okolje, modelirni jezik in arhitekturo oziroma implementacijo orodja. Uporabo izbranih orodij smo demonstrirali na vzorčnem primeru večceličnega modela biološkega oscilatorja. V zaključku smo podali predlog ogrodja orodja za agentno modeliranje bioloških sistemov, ki bi uporabnikom še dodatno olajšal postavitev tovrstnih modelov.20172017-10-04 10:19:41Magistrsko delo/naloga96525VisID: 19304sl